PDB-8i11: Crystal structure of LOV1 domain of phototropin from Klebsormidiu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i11

タイトル

Crystal structure of LOV1 domain of phototropin from Klebsormidium nitens

要素

Phototropin

キーワード

FLAVOPROTEIN / ELECTRON TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

blue light photoreceptor activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsormidium nitens (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.855 Å

データ登録者

Gautam, A.K. / Sharma, S. / Gourinath, S. / Kateriya, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Unusual photodynamic characteristics of the light-oxygen-voltage domain of phototropin linked to terrestrial adaptation of Klebsormidium nitens.
著者: Sharma, S. / Gautam, A.K. / Singh, R. / Gourinath, S. / Kateriya, S.

履歴

登録	2023年1月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2024年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i11.cif.gz	43.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i11.ent.gz	27.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i11.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/8i11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/8i11	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8il9C 8iynC 8j68C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Phototropin

ヘテロ分子

17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.868, 53.868, 137.014
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Phototropin / blue light receptor 分子量: 17010.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsormidium nitens (植物) / 遺伝子: KFL_000480260 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y1HNG4
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: magnesium Sulfate hydrate, HEPES sodium pH 7.0, lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→42.34 Å / Num. obs: 17804 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 1.855→5 Å / Num. unique obs: 858 / CC_1/2: 0.79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.855→42.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2208	904	5.078 %
R_work	0.1933	16898	-
all	0.195	-	-
obs	-	17802	99.619 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.681 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.067 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.067 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.135 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.855→42.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	979	0	31	51	1061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	920
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.661	1.649	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.907	1.556	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.562	5	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.828	10	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.785	10	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.634	10	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.223	0.2	799
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.257	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.877	4.223	511
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.877	4.223	511
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.989	6.287	637
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.985	6.305	638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.369	4.447	520
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.375	4.451	517
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.105	6.48	761
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.1	6.477	762
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.021	55.206	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.034	53.061	1181

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.855-1.903	0.289	77	0.263	1196	X-RAY DIFFRACTION	99.9215
1.903-1.955	0.257	69	0.235	1176	X-RAY DIFFRACTION	100
1.955-2.012	0.262	62	0.223	1167	X-RAY DIFFRACTION	99.9187
2.012-2.074	0.18	63	0.18	1132	X-RAY DIFFRACTION	99.6664
2.074-2.141	0.227	47	0.199	1089	X-RAY DIFFRACTION	99.7366
2.141-2.216	0.24	67	0.197	1042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.216-2.3	0.208	51	0.201	1040	X-RAY DIFFRACTION	99.817
2.3-2.393	0.225	59	0.195	983	X-RAY DIFFRACTION	99.9041
2.393-2.5	0.221	47	0.198	957	X-RAY DIFFRACTION	99.8012
2.5-2.621	0.236	47	0.196	910	X-RAY DIFFRACTION	99.7915
2.621-2.762	0.212	44	0.203	876	X-RAY DIFFRACTION	99.8914
2.762-2.929	0.27	39	0.204	840	X-RAY DIFFRACTION	99.8864
2.929-3.13	0.276	35	0.214	782	X-RAY DIFFRACTION	99.1505
3.13-3.379	0.204	48	0.204	727	X-RAY DIFFRACTION	99.6144
3.379-3.7	0.215	41	0.189	673	X-RAY DIFFRACTION	99.5816
3.7-4.132	0.187	28	0.165	637	X-RAY DIFFRACTION	99.7001
4.132-4.764	0.149	31	0.149	551	X-RAY DIFFRACTION	99.1482
4.764-5.817	0.206	23	0.166	479	X-RAY DIFFRACTION	98.6248
5.817-8.149	0.33	17	0.222	391	X-RAY DIFFRACTION	98.3133
8-10	0.284	9	0.202	250	X-RAY DIFFRACTION	97.0037

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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