PDB-8j51: Crystal structure of Flavihumibacter petaseus GH31 alpha-galactos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j51

タイトル

Crystal structure of Flavihumibacter petaseus GH31 alpha-galactosidase in complex with galactose

要素

GH31 alpha-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase / (beta/alpha)8 barrel / Globo sphingolipid / glycolipid / Carbohydrate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Flavihumibacter petaseus NBRC 106054 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Ikegaya, M. / Miyazaki, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Structure-function analysis of bacterial GH31 alpha-galactosidases specific for alpha-(1→4)-galactobiose.
著者: Ikegaya, M. / Park, E.Y. / Miyazaki, T.

履歴

登録	2023年4月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j51.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j51.ent.gz	668.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8j51_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8j51_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8j51_validation.xml.gz	39.6 KB	表示
CIF形式データ	8j51_validation.cif.gz	57.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8j50C 8j52C 8j53C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GH31 alpha-galactosidase

B: GH31 alpha-galactosidase

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.357, 72.371, 80.884
Angle α, β, γ (deg.)	101.822, 105.114, 103.668
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	GH31 alpha-galactosidase 分子量: 60973.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavihumibacter petaseus NBRC 106054 (バクテリア) 株: NBRC 106054 / 遺伝子: FPE01S_01_01430 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0E9MUN5, alpha-galactosidase

#1: タンパク質

GH31 alpha-galactosidase

分子量: 60973.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Flavihumibacter petaseus NBRC 106054 (バクテリア)
株: NBRC 106054 / 遺伝子: FPE01S_01_01430 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0E9MUN5, alpha-galactosidase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 糖

ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 糖

ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 400分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1 M sodium chloride, 50 mM MES-NaOH, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→46.01 Å / Num. obs: 77597 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_rim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4574 / CC_1/2: 0.739 / R_pim(I) all: 0.487 / R_rim(I) all: 0.689 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→43.695 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / WR_factor R_free: 0.198 / WR_factor R_work: 0.139 / SU B: 10.904 / SU ML: 0.123 / Average fsc free: 0.9675 / Average fsc work: 0.9871 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.167 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2224	3948	5.088 %
R_work	0.152	73645	-
all	0.155	-	-
obs	-	77593	97.972 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.168 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.842 Å²	0.745 Å²	0.738 Å²
2-	-	-0.828 Å²	0.221 Å²
3-	-	-	-0.705 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→43.695 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8114	0	98	386	8598

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	8431
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7888
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.439	1.643	11410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.496	1.568	18129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.099	5	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.488	5	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.267	10	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.395	10	397
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9900
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	7504
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	4355
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.051	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.253	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.057	3.412	4080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.056	3.412	4080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.957	6.123	5094
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.957	6.125	5095
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.292	3.679	4351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.291	3.679	4352
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.29	6.644	6314
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.29	6.644	6315
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.15	33.569	9492
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.11	33.565	9461
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.81	3	16319

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.15-2.206	0.273	280	0.192	5454	0.196	5914	0.953	0.978	96.9564	0.18
2.206-2.266	0.276	329	0.181	5175	0.186	5663	0.951	0.981	97.1923	0.168
2.266-2.332	0.26	304	0.167	5082	0.172	5552	0.957	0.984	97.0101	0.15
2.332-2.403	0.244	270	0.153	4951	0.158	5360	0.963	0.986	97.4067	0.136
2.403-2.482	0.219	272	0.139	4806	0.143	5205	0.972	0.989	97.56	0.122
2.482-2.568	0.226	265	0.14	4680	0.144	5064	0.969	0.989	97.6501	0.122
2.568-2.665	0.214	238	0.155	4501	0.158	4854	0.97	0.987	97.6308	0.133
2.665-2.773	0.255	203	0.151	4420	0.156	4722	0.966	0.989	97.9034	0.129
2.773-2.896	0.246	191	0.155	4215	0.159	4490	0.965	0.988	98.1292	0.132
2.896-3.037	0.244	202	0.14	3985	0.145	4263	0.965	0.989	98.2172	0.117
3.037-3.2	0.241	222	0.146	3815	0.151	4111	0.965	0.988	98.2	0.124
3.2-3.393	0.229	181	0.154	3619	0.158	3865	0.972	0.987	98.3182	0.135
3.393-3.626	0.212	166	0.15	3412	0.153	3629	0.975	0.989	98.5947	0.138
3.626-3.914	0.183	171	0.141	3167	0.143	3380	0.981	0.991	98.7574	0.13
3.914-4.284	0.182	146	0.129	2955	0.131	3134	0.984	0.992	98.947	0.119
4.284-4.784	0.187	143	0.133	2634	0.136	2801	0.982	0.992	99.1432	0.123
4.784-5.514	0.191	107	0.151	2374	0.153	2501	0.985	0.993	99.2003	0.141
5.514-6.726	0.217	90	0.176	2007	0.178	2110	0.974	0.988	99.3839	0.159
6.726-9.401	0.199	92	0.152	1524	0.155	1626	0.977	0.987	99.385	0.143
9.401-43.695	0.238	76	0.226	866	0.227	946	0.983	0.983	99.5772	0.244

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関連情報:EMDBヘッダ

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