[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8j53: Crystal structure of Bacteroides salyersiae GH31 alpha-galactosidase -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8j53 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Bacteroides salyersiae GH31 alpha-galactosidase | ||||||
Components | GH31 alpha-galactosidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Glycoside hydrolase / (beta/alpha)8 barrel / Globo sphingolipid / Carbohydrate | ||||||
Function / homology | Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / Glycoside hydrolase Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacteroides salyersiae JCM 12988 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.5 Å | ||||||
Authors | Ikegaya, M. / Miyazaki, T. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2023 Title: Structure-function analysis of bacterial GH31 alpha-galactosidases specific for alpha-(1→4)-galactobiose. Authors: Ikegaya, M. / Park, E.Y. / Miyazaki, T. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8j53.cif.gz | 981.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8j53.ent.gz | 807.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8j53.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j53 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 8j50C 8j51C 8j52C C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 26 - 532 / Label seq-ID: 26 - 532
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 61200.734 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides salyersiae JCM 12988 (bacteria) Strain: JCM 12988 / Gene: F3F73_10765 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A7J4XIY8 |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.36 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 16% PEG 3350, 40 mM citric acid, 60 mM bis-tris propane |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: May 15, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.5→48.635 Å / Num. obs: 45955 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 9.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.5→3.62 Å / Rmerge(I) obs: 1.05 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4479 / CC1/2: 0.797 / Rpim(I) all: 0.651 / Rrim(I) all: 1.238 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.5→48.635 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU B: 51.701 / SU ML: 0.737 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.764 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 102.778 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→48.635 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|