PDB-8j52: Crystal structure of Flavihumibacter petaseus GH31 alpha-galactos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j52

タイトル

Crystal structure of Flavihumibacter petaseus GH31 alpha-galactosidase mutant D304A in complex with alpha-1,4-galactobiose

要素

GH31 alpha-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase / (beta/alpha)8 barrel / Globo sphingolipid / glycolipid / Carbohydrate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Flavihumibacter petaseus NBRC 106054 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Ikegaya, M. / Miyazaki, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Structure-function analysis of bacterial GH31 alpha-galactosidases specific for alpha-(1→4)-galactobiose.
著者: Ikegaya, M. / Park, E.Y. / Miyazaki, T.

履歴

登録	2023年4月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j52.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j52.ent.gz	682.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j52.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8j52_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8j52_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8j52_validation.xml.gz	44 KB	表示
CIF形式データ	8j52_validation.cif.gz	66.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j52	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8j50C 8j51C 8j53C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GH31 alpha-galactosidase

B: GH31 alpha-galactosidase

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.499, 72.543, 81.202
Angle α, β, γ (deg.)	101.922, 104.396, 103.708
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	GH31 alpha-galactosidase 分子量: 60929.332 Da / 分子数: 2 / 変異: D304A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavihumibacter petaseus NBRC 106054 (バクテリア) 株: NBRC 106054 / 遺伝子: FPE01S_01_01430 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0E9MUN5, alpha-galactosidase

#1: タンパク質

GH31 alpha-galactosidase

分子量: 60929.332 Da / 分子数: 2 / 変異: D304A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Flavihumibacter petaseus NBRC 106054 (バクテリア)
株: NBRC 106054 / 遺伝子: FPE01S_01_01430 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0E9MUN5, alpha-galactosidase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 糖

ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 糖

ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 807分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 794 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1 M sodium chloride, 50 mM MES-NaOH, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→46.044 Å / Num. obs: 113161 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.071 / R_rim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / R_merge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5559 / CC_1/2: 0.769 / R_pim(I) all: 0.494 / R_rim(I) all: 0.699

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→46.044 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.177 / WR_factor R_work: 0.125 / SU B: 7.089 / SU ML: 0.088 / Average fsc free: 0.9773 / Average fsc work: 0.9902 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1922	5585	4.935 %
R_work	0.1361	107575	-
all	0.139	-	-
obs	-	113160	97.443 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.858 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.449 Å²	-0.253 Å²	-1.694 Å²
2-	-	0.213 Å²	0.206 Å²
3-	-	-	-0.423 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.044 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8091	0	92	794	8977

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	8412
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7881
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.623	1.643	11385
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.566	1.567	18111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.786	5	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.247	5	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.546	10	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.142	10	395
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	9886
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	7242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	4034
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	4286
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.341	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.949	2.365	4074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.948	2.365	4074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.639	4.248	5087
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.642	4.249	5088
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.378	2.688	4338
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.378	2.689	4339
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.248	4.787	6295
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.248	4.787	6296
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.669	23.69	9616
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.581	22.972	9489
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.543	3	16293

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.264	400	0.207	7879	0.209	8609	0.961	0.982	96.1668	0.198
1.949-2.003	0.244	438	0.186	7613	0.19	8355	0.973	0.985	96.3615	0.174
2.003-2.061	0.226	383	0.168	7459	0.171	8129	0.973	0.988	96.4694	0.151
2.061-2.124	0.21	381	0.156	7259	0.158	7903	0.977	0.99	96.6721	0.138
2.124-2.193	0.212	366	0.152	7049	0.155	7659	0.974	0.99	96.8142	0.13
2.193-2.27	0.215	368	0.141	6837	0.145	7424	0.976	0.991	97.0501	0.121
2.27-2.356	0.202	393	0.136	6531	0.14	7122	0.977	0.991	97.2199	0.114
2.356-2.452	0.184	323	0.12	6349	0.124	6862	0.982	0.993	97.2311	0.1
2.452-2.56	0.196	295	0.126	6146	0.129	6603	0.981	0.993	97.5466	0.105
2.56-2.685	0.214	309	0.125	5880	0.129	6324	0.974	0.993	97.8653	0.104
2.685-2.829	0.166	272	0.123	5575	0.125	5975	0.984	0.993	97.8577	0.104
2.829-3	0.196	258	0.123	5324	0.127	5699	0.976	0.992	97.947	0.107
3-3.207	0.204	265	0.129	4946	0.133	5300	0.975	0.991	98.3208	0.116
3.207-3.462	0.18	278	0.133	4622	0.135	4979	0.982	0.991	98.4133	0.125
3.462-3.79	0.19	194	0.137	4305	0.14	4563	0.984	0.991	98.5974	0.133
3.79-4.234	0.147	186	0.115	3894	0.116	4138	0.987	0.993	98.5984	0.113
4.234-4.882	0.153	183	0.106	3424	0.108	3644	0.989	0.995	98.9846	0.107
4.882-5.963	0.192	114	0.132	2940	0.134	3091	0.986	0.993	98.803	0.13
5.963-8.363	0.172	111	0.133	2254	0.134	2381	0.984	0.991	99.328	0.131
8.363-46.044	0.173	68	0.186	1290	0.185	1365	0.989	0.983	99.4872	0.212

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関連情報:EMDBヘッダ

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