+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j50 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Flavihumibacter petaseus GH31 alpha-galactosidase | ||||||
要素 | GH31 alpha-galactosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Glycoside hydrolase / (beta/alpha)8 barrel / Globo sphingolipid / glycolipid / Carbohydrate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Flavihumibacter petaseus NBRC 106054 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Ikegaya, M. / Miyazaki, T. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2023 タイトル: Structure-function analysis of bacterial GH31 alpha-galactosidases specific for alpha-(1→4)-galactobiose. 著者: Ikegaya, M. / Park, E.Y. / Miyazaki, T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8j50.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8j50.ent.gz | 671.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8j50.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j50 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 8j51C 8j52C 8j53C C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60973.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Flavihumibacter petaseus NBRC 106054 (バクテリア) 株: NBRC 106054 / 遺伝子: FPE01S_01_01430 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0E9MUN5, alpha-galactosidase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.39 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1 M sodium chloride, 50 mM MES-NaOH |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→46.09 Å / Num. obs: 111441 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4433 / CC1/2: 0.77 / Rpim(I) all: 0.437 / Rrim(I) all: 0.618 / % possible all: 77.4 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→44.415 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.172 / WRfactor Rwork: 0.13 / SU B: 6.331 / SU ML: 0.078 / Average fsc free: 0.9761 / Average fsc work: 0.9861 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.542 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.415 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
|