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- PDB-8j50: Crystal structure of Flavihumibacter petaseus GH31 alpha-galactosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j50
タイトルCrystal structure of Flavihumibacter petaseus GH31 alpha-galactosidase
要素GH31 alpha-galactosidase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase / (beta/alpha)8 barrel / Globo sphingolipid / glycolipid / Carbohydrate
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative glycosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Flavihumibacter petaseus NBRC 106054 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ikegaya, M. / Miyazaki, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K15748 日本
引用ジャーナル: Febs J. / : 2023
タイトル: Structure-function analysis of bacterial GH31 alpha-galactosidases specific for alpha-(1→4)-galactobiose.
著者: Ikegaya, M. / Park, E.Y. / Miyazaki, T.
履歴
登録2023年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH31 alpha-galactosidase
B: GH31 alpha-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,13522
ポリマ-121,9472
非ポリマー1,18820
11,782654
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint43 kcal/mol
Surface area36200 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)71.662, 72.364, 81.074
Angle α, β, γ (deg.)101.741, 104.955, 103.664
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 GH31 alpha-galactosidase


分子量: 60973.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavihumibacter petaseus NBRC 106054 (バクテリア)
: NBRC 106054 / 遺伝子: FPE01S_01_01430 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0E9MUN5, alpha-galactosidase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1 M sodium chloride, 50 mM MES-NaOH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.09 Å / Num. obs: 111441 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4433 / CC1/2: 0.77 / Rpim(I) all: 0.437 / Rrim(I) all: 0.618 / % possible all: 77.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→44.415 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.172 / WRfactor Rwork: 0.13 / SU B: 6.331 / SU ML: 0.078 / Average fsc free: 0.9761 / Average fsc work: 0.9861 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1808 5490 4.926 %
Rwork0.1365 105950 -
all0.139 --
obs-111440 96.38 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.542 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.168 Å2-0.307 Å20.92 Å2
2---1.226 Å20.392 Å2
3---0.532 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.415 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8114 0 74 654 8842
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0128401
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0167886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.621.64311354
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5571.56718111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.04951020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.874560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.159101371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.86710397
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.029900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21578
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2010.27374
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.24035
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0840.24298
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2493
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.30.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2520.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1320.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1482.7214080
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1462.7214080
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8644.885094
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8654.8825095
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.663.0724321
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6593.0724322
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6425.4876258
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6425.4876259
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.08827.3629580
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.02726.9099495
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.015316287
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.9-1.9490.2693380.23367090.23585310.9440.95982.60460.229
1.949-2.0030.2414350.19474850.19782960.9590.97295.46770.187
2.003-2.0610.2023770.16274940.16481520.9730.98296.5530.153
2.061-2.1240.1963850.14972280.15178810.9750.98596.59940.138
2.124-2.1930.1913640.13969750.14175770.9760.98796.85890.126
2.193-2.270.1913580.1467870.14273650.9760.98797.01290.126
2.27-2.3560.1873820.13165280.13471160.9780.98997.10510.117
2.356-2.4510.1683260.11463420.11768620.9820.99297.17280.101
2.451-2.560.1772950.12161090.12465780.9820.99297.35480.107
2.56-2.6850.1932970.11758480.12162730.9780.99297.95950.103
2.685-2.8290.1782810.1255720.12359780.9810.99297.9090.107
2.829-30.1682490.1252890.12256610.9820.99297.82720.108
3-3.2060.1732680.12449360.12652800.9820.99198.56060.116
3.206-3.4620.1862750.1446010.14349620.9790.98998.26680.136
3.462-3.790.1892050.14242660.14445410.9820.9998.45850.141
3.79-4.2330.1371800.11539040.11641290.990.99398.91010.117
4.233-4.8810.1471850.11334080.11536310.990.99498.95350.117
4.881-5.9590.1681120.14129360.14230770.9880.99399.05750.142
5.959-8.3530.1751080.1322480.13223650.9840.99199.61940.132
8.353-44.4150.162700.19512840.19313640.9930.98299.26690.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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