PDB-8j4x: Structure of Mycobacterium tuberculosis NrdF2:NrdIcomplex (oxidis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j4x

タイトル

Structure of Mycobacterium tuberculosis NrdF2:NrdIcomplex (oxidised) determined at 3 angstrom resolution

要素

Protein NrdI
Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide reductase NrdF2 / NrdI protein complex / Metal cofactor assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein modification process / FMN binding / DNA replication / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.04 Å

データ登録者

Yadav, L.R. / Mande, S.C.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the initiation of free radical formation in the Class Ib ribonucleotide reductases in Mycobacteria.
著者: Yadav, L.R. / Sharma, V. / Shanmugam, M. / Mande, S.C.

履歴

登録	2023年4月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j4x.cif.gz	968.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j4x.ent.gz	672.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j4x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/8j4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/8j4x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8j4vC 8j4wC 8j4yC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (7)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

D: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

E: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

F: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

G: Protein NrdI

I: Protein NrdI

ヘテロ分子

257 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

G: Protein NrdI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS analysis indicates the protein to be complex of dimer of NrdF2 that interacts with 1 molecule of NrdI
91.3 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

ヘテロ分子

B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.2 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

F: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

I: Protein NrdI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.3 kDa, 3 ポリマー
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4

E: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

ヘテロ分子

E: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	160.500, 160.500, 312.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2
Space group name Hall	P4n2n
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and resid 11 through 291)
d_2	ens_1	(chain "B" and resid 11 through 291)
d_3	ens_1	(chain "C" and resid 11 through 291)
d_4	ens_1	(chain "D" and resid 11 through 291)
d_5	ens_1	(chain "E" and resid 11 through 291)
d_6	ens_1	(chain "F" and resid 11 through 291)
d_1	ens_2	chain "G"
d_2	ens_2	(chain "I" and (resid 7 through 58 or resid 62 through 141))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	11 - 291	11 - 291
d_2	1	ens_1	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	11 - 291	11 - 291
d_3	1	ens_1	VAL	VAL	LEU	LEU	C	C	11 - 291	11 - 291
d_4	1	ens_1	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	11 - 291	11 - 291
d_5	1	ens_1	VAL	VAL	LEU	LEU	E	E	11 - 291	11 - 291
d_6	1	ens_1	VAL	VAL	LEU	LEU	F	F	11 - 291	11 - 291
d_1	1	ens_2	SER	SER	THR	THR	G	G	7 - 141	7 - 141
d_2	1	ens_2	SER	SER	PRO	PRO	I	H	7 - 58	7 - 58
d_2	2	ens_2	ALA	ALA	THR	THR	I	H	62 - 141	62 - 141

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGI

#1: タンパク質	Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2 / Ribonucleoside-diphosphate reductase nrdF2 / Ribonucleotide reductase R2-2 small subunit 分子量: 36994.289 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Ribonucleotide reductase NrdF2 metallocofactor subunit essential for the initiation of nucleotide reduction 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: nrdF2 / プラスミド: pET32a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P9WH71, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: タンパク質	Protein NrdI 分子量: 16508.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Ribonucleotide reductase NrdI metallocofactor assembly subunit essential for the initiation of nucleotide reduction 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: nrdI / プラスミド: pET32a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WIZ3

#1: タンパク質

Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2 / Ribonucleoside-diphosphate reductase nrdF2 / Ribonucleotide reductase R2-2 small subunit

分子量: 36994.289 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Ribonucleotide reductase NrdF2 metallocofactor subunit essential for the initiation of nucleotide reduction
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: nrdF2 / プラスミド: pET32a+ / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P9WH71, ribonucleoside-diphosphate reductase

#2: タンパク質

Protein NrdI

分子量: 16508.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Ribonucleotide reductase NrdI metallocofactor assembly subunit essential for the initiation of nucleotide reduction
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: nrdI / プラスミド: pET32a+ / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WIZ3

-
非ポリマー , 5種, 53分子

#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド分子量: 17.007 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.79 % / 解説: square shaped crystals
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES pH 6, 1.4M NaCl, 0.075M sodium phosphate monobasic, 0.075M potassium phosphate monobasic Temp details: 293.15

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.04→48.37 Å / Num. obs: 149656 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 20 % / B_iso Wilson estimate: 54.43 Å² / CC_1/2: 0.722 / CC star: 0.916 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 3.04→3.149 Å / Num. unique obs: 7797 / CC_1/2: 0.387 / CC star: 0.747

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.04→48.27 Å / SU ML: 0.4565 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.453
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2536	7524	5.03 %
R_work	0.219	142132	-
obs	0.2207	149656	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.04→48.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15901	0	92	31	16024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	16336
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4366	22205
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0345	2456
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	2842
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.6051	2202

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.576465222957
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.711236860899
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.47183011791
ens_1	d_5	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.644573268351
ens_1	d_6	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.691009405147
ens_2	d_2	G	G	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.04329605702

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.04-3.07	0.3604	274	0.3687	4715	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.07-3.11	0.358	309	0.361	4664	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.11-3.15	0.3744	245	0.3568	4788	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.15-3.19	0.4047	249	0.355	4687	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.19-3.23	0.3948	251	0.3433	4708	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.23-3.27	0.3708	275	0.3218	4783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.32	0.3688	222	0.3255	4762	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.32-3.37	0.3103	209	0.3157	4739	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.37-3.42	0.3061	212	0.3072	4805	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.48	0.3026	235	0.2986	4759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.54	0.3348	236	0.2778	4775	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.54-3.6	0.2934	267	0.2534	4707	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.6-3.67	0.3143	215	0.2505	4780	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-3.75	0.246	271	0.2259	4712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-3.83	0.2472	275	0.2206	4726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-3.92	0.2711	287	0.2035	4689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.02	0.2378	219	0.1912	4796	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.02-4.13	0.2457	236	0.1827	4749	X-RAY DIFFRACTION	100
4.13-4.25	0.2276	278	0.1823	4700	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-4.38	0.2185	262	0.1725	4751	X-RAY DIFFRACTION	100
4.38-4.54	0.1817	274	0.1648	4724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.54-4.72	0.1974	239	0.1627	4756	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.72-4.94	0.1943	276	0.1563	4698	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.94-5.2	0.2181	215	0.1723	4777	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.2-5.52	0.2614	233	0.1892	4790	X-RAY DIFFRACTION	99.94
5.52-5.95	0.2276	269	0.1938	4712	X-RAY DIFFRACTION	100
5.95-6.54	0.206	212	0.1803	4754	X-RAY DIFFRACTION	100
6.54-7.49	0.2078	245	0.1715	4747	X-RAY DIFFRACTION	99.96
7.49-9.42	0.1816	264	0.1434	4755	X-RAY DIFFRACTION	100
9.42-48.27	0.1784	270	0.1691	4624	X-RAY DIFFRACTION	97.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4112929384	0.101859473519	-1.76248033506	1.76170943211	0.122247057655	3.09261752874	-0.205874646771	-0.200094214763	0.324676200086	0.236851546277	0.0408540304426	0.320680999422	-0.606881579589	-0.664307597344	0.0738760653429	0.603388326296	0.184729388494	-0.096012075006	0.804726487315	-0.202537160835	0.314632402	-36.465	-53.677	-20.594
2	2.09340662569	-0.226763491347	0.0790020439557	0.621105449779	-0.0544937103745	1.46555573611	-0.196468986954	-0.333964136717	0.123582682398	0.22487667254	0.0626109619885	0.196002943096	-0.234500187815	-0.642227311898	0.122465784733	0.447944545397	0.13379361143	0.0351395996946	0.697238969082	-0.174210582537	0.352762404721	-43.922	-59.686	-29.306
3	4.61010511187	-0.648397990657	0.317462717154	1.6011351389	0.00528957432415	0.136734720508	-0.133021798779	-0.525493171581	0.555056970119	-0.152112823476	0.22015986384	-0.259761532049	-0.180528042872	0.0633552976809	-0.0943178563253	0.368850619269	-0.020338881036	0.0153451906182	0.222600656694	-0.0939733562711	0.298739107532	-67.504	-76.085	-55.806
4	2.68540780912	-1.34126771948	-1.11696902306	7.37383328306	2.05459470856	4.40265322449	-0.131713370782	-0.173164534224	0.560108903793	-0.721544484096	-0.0304058400049	-0.882360473309	-0.227441531947	0.22584576935	0.0261836893036	0.278147188695	-0.0686717022543	0.0252250867991	0.323865796814	-0.210551429734	0.583422974269	-53.392	-67.949	-54.115
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13	1.45066638565	1.52309306966	0.416640482306	3.09160240257	1.0307116167	3.54540799182	-0.263263769081	-0.972378725342	0.104058307488	0.780919664869	0.167170817919	0.00673290929447	-0.0618657492189	-0.0740334747911	0.121670366972	0.73804305226	0.19020034662	-0.0638429021052	1.24167485462	-0.0985784078629	0.39681578804	-15.068	-64.729	10.633
14	6.17076488182	1.72370069723	0.299861203577	3.68366048958	0.481690906508	9.83503259641	-0.257360518716	0.967196324608	-0.0648786358857	-1.24959728757	0.224521392164	-0.0114272747695	-0.000565369497124	-0.126242558636	-0.04248438888	0.726144755384	0.0606612031044	0.000636589682938	0.452280894805	-0.0149963844096	0.415415197177	-15.907	-65.477	-107.674

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 10:68 )	A	10 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 69:293 )	A	69 - 293
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 11:228 )	B	11 - 228
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 229:292 )	B	229 - 292
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID 9:43 )	C	9 - 43
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN C AND RESID 44:291 )	C	44 - 291
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN D AND RESID 9:72 )	D	9 - 72
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 73:293 )	D	73 - 293
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN E AND RESID 11:244 )	E	11 - 244
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN E AND RESID 245:292 )	E	245 - 292
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN F AND RESID 8:37 )	F	8 - 37
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN F AND RESID 38:293 )	F	38 - 293
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN G AND RESID 7:141 )	G	7 - 141
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN I AND RESID 7:143 )	I	7 - 143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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