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- PDB-8j2e: Structure of the C-terminal subenzyme of the malonyl-CoA reductas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j2e
タイトルStructure of the C-terminal subenzyme of the malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus, mutant N940V/K1106W/S1114R in complex with NADP+ and malonate
要素Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
キーワードOXIDOREDUCTASE / 3-hydroxypropionate(3-HP) / malonyl-CoA reductase / CO2 fixation / short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) / Chloroflexus aurantiacus
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Ma, Q. / Liu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)xxxx 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of the C-terminal subenzyme of the malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus
著者: Ma, Q. / Liu, C.
履歴
登録2023年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6123
ポリマ－73,7641
非ポリマー8472
水2,612145
1
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,2236
ポリマ－147,5282
非ポリマー1,6954
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_456-x-1,y,-z+11
Buried area9550 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area44940 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area25630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.252, 128.020, 73.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2244-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Short-chain dehydrogenase/reductase SDR


分子量: 73764.039 Da / 分子数: 1 / 変異: N940V/K1106W/S1114R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (バクテリア)
遺伝子: Caur_2614 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9WIU3
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The protein in complex with NADP+ and malonate was obtained by crystallizing in drops containing 1.5 ul protein solution (10 mg/ml protein+1.7 mM NADP disodium salt, incubated at 4 degrees ...詳細: The protein in complex with NADP+ and malonate was obtained by crystallizing in drops containing 1.5 ul protein solution (10 mg/ml protein+1.7 mM NADP disodium salt, incubated at 4 degrees for 1 h) and 1.5 ul reservoir solution (1 M sodium malonate pH 7.0).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97876 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97876 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.116→76.591 Å / Num. obs: 50331 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.058 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.116→2.152 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2487 / CC1/2: 0.886 / Rpim(I) all: 0.262 / Rrim(I) all: 0.699 / Rsym value: 0.647 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSMar 15, 2019 (BUILT 20190315)データ削減
Aimless0.5.29データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.12→31.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU R Cruickshank DPI: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.163 / SU Rfree Blow DPI: 0.14 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.144
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 2521 5.04 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.189 50002 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.3988 Å20 Å23.2898 Å2
2---0.234 Å20 Å2
3---5.6328 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.12→31.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5058 0 55 145 5258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015221HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.017095HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1832SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes119HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes800HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5221HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.13
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion688SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5974SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.17 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 196 5.29 %
Rwork0.199 3509 -
all0.201 3705 -
obs--99.97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -45.9194 Å / Origin y: 6.439 Å / Origin z: 21.482 Å
111213212223313233
T-0.1531 Å2-0.0202 Å2-0.0147 Å2--0.183 Å2-0.0469 Å2---0.1978 Å2
L0.5583 °20.2346 °2-0.1551 °2-1.2914 °2-0.4599 °2--1.3351 °2
S0.0018 Å °0.0542 Å °-0.1032 Å °-0.0549 Å °0.0179 Å °-0.1824 Å °-0.1766 Å °0.0079 Å °-0.0198 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|562 - A|1219 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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