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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j2a | ||||||
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タイトル | Structure of the C-terminal subenzyme of the malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus, in complex with NADP+ | ||||||
![]() | Short-chain dehydrogenase/reductase SDR | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / 3-hydroxypropionate(3-HP) / malonyl-CoA reductase / CO2 fixation / short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) / Chloroflexus aurantiacus | ||||||
機能・相同性 | fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / metal ion binding / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ma, Q. / Liu, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of the C-terminal subenzyme of the malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus 著者: Ma, Q. / Liu, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 275.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 218.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 800.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 802.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73651.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Caur_2614 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: The protein in complex with NADP+ was crystallized in drops containing 1.5 ul protein solution (15 mg/ml protein+2.6 mM NADP disodium salt, incubated at 4 degrees for 1 h) and 1.5 ul ...詳細: The protein in complex with NADP+ was crystallized in drops containing 1.5 ul protein solution (15 mg/ml protein+2.6 mM NADP disodium salt, incubated at 4 degrees for 1 h) and 1.5 ul reservoir solution (100 mM HEPES pH 7.0, 20% w/v poly(acrylic acid sodium) 5100, 5 mM MgCl2) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97849 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.696→69.968 Å / Num. obs: 95052 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.063 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 1.696→1.726 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4737 / CC1/2: 0.858 / Rpim(I) all: 0.32 / Rrim(I) all: 0.853 / Rsym value: 0.79 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.76 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.7→24.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -0.5021 Å / Origin y: 71.2491 Å / Origin z: 58.0139 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|562 - A|1219 } |