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- PDB-8j29: Structures of the C-terminal subenzyme of the malonyl-CoA reducta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j29
タイトルStructures of the C-terminal subenzyme of the malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus
要素Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
キーワードOXIDOREDUCTASE / 3-hydroxypropionate(3-HP) / malonyl-CoA reductase / CO2 fixation / short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) / Chloroflexus aurantiacus
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Ma, Q. / Liu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)xxxx 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of the C-terminal subenzyme of the malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus
著者: Ma, Q. / Liu, C.
履歴
登録2023年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8943
ポリマ－73,6521
非ポリマー2422
水6,161342
1
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,7886
ポリマ－147,3042
非ポリマー4844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area7310 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area46180 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area530 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area26210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.410, 139.460, 73.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2163-

HOH

21A-2186-

HOH

31A-2424-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Short-chain dehydrogenase/reductase SDR


分子量: 73651.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (バクテリア)
遺伝子: Caur_2614 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9WIU3
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The protein was crystallized in drops containing 1.5 ul protein solution (10 mg/ml) and 1.5 ul reservoir solution (900 mM ammonium tartrate pH 6.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.877→72.902 Å / Num. obs: 68842 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.056 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.877→1.883 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 657 / CC1/2: 0.877 / Rpim(I) all: 0.282 / Rrim(I) all: 0.76 / Rsym value: 0.705 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSJan 26, 2018, built on 20180409データ削減
Aimless0.5.29データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→27.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU R Cruickshank DPI: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.112 / SU Rfree Blow DPI: 0.105 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.106
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 3400 4.97 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.177 68471 97.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.2189 Å20 Å24.219 Å2
2--3.6959 Å20 Å2
3---5.523 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.88→27.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5000 0 16 342 5358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015119HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.956947HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1797SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes120HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes768HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5119HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.97
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion678SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6244SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.93 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 261 5.19 %
Rwork0.208 4770 -
all0.21 5031 -
obs--97.85 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.3265 Å / Origin y: 71.5753 Å / Origin z: 57.9217 Å
111213212223313233
T-0.0411 Å2-0.0072 Å2-0.0132 Å2--0.0732 Å2-0.0135 Å2---0.1139 Å2
L0.2594 °20.1418 °2-0.0529 °2-0.7833 °2-0.1539 °2--0.3836 °2
S-0.0084 Å °0.0154 Å °-0.045 Å °-0.02 Å °0.0035 Å °-0.0674 Å °-0.0573 Å °-0.0184 Å °0.0049 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|561 - A|1219 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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