[日本語] English
万見
- PDB-8j0o: cryo-EM structure of human EMC and VDAC -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j0o
タイトルcryo-EM structure of human EMC and VDAC
要素
  • (ER membrane protein complex subunit ...) x 9
  • Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ER membrane protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of calcium import into the mitochondrion / extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / voltage-gated monoatomic anion channel activity / omegasome membrane / mitochondrial transmembrane transport / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / neuron-neuron synaptic transmission / magnesium ion transport ...negative regulation of calcium import into the mitochondrion / extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / voltage-gated monoatomic anion channel activity / omegasome membrane / mitochondrial transmembrane transport / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / neuron-neuron synaptic transmission / magnesium ion transport / Mitochondrial calcium ion transport / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / Miscellaneous transport and binding events / cobalt ion transmembrane transporter activity / regulation of autophagy of mitochondrion / calcium import into the mitochondrion / ferrous iron transmembrane transporter activity / ceramide binding / mitochondrial permeability transition pore complex / copper ion transport / magnesium ion transmembrane transporter activity / voltage-gated monoatomic ion channel activity / phosphatidylcholine binding / positive regulation of type 2 mitophagy / Mitochondrial protein import / oxysterol binding / Pyruvate metabolism / monoatomic anion transport / pyruvate metabolic process / cholesterol binding / lipid transport / porin activity / pore complex / mitochondrial nucleoid / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / autophagosome assembly / RHOA GTPase cycle / behavioral fear response / positive regulation of endothelial cell proliferation / epithelial cell differentiation / positive regulation of endothelial cell migration / learning / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / mitochondrial membrane / positive regulation of angiogenesis / carbohydrate binding / early endosome membrane / angiogenesis / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / early endosome / Ub-specific processing proteases / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / Golgi membrane / apoptotic process / synapse / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ER membrane protein complex subunit 8/9 / : / Uncharacterised protein family (UPF0172) / EMC2 TPR-like repeat domain / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 6 ...ER membrane protein complex subunit 8/9 / : / Uncharacterised protein family (UPF0172) / EMC2 TPR-like repeat domain / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6-like / EMC6 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 10 / Eukaryotic mitochondrial porin signature. / Porin, eukaryotic type / ER membrane protein complex subunit 2-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein DUF106 / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Carbohydrate-binding-like fold / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / Porin domain superfamily / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ER membrane protein complex subunit 8 / Non-selective voltage-gated ion channel VDAC1 / ER membrane protein complex subunit 2 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 5 / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6 / Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Li, M. / Zhang, C. / Wu, J. / Lei, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930063 中国
引用ジャーナル: Aging (Albany NY) / 年: 2024
タイトル: Structural insights into human EMC and its interaction with VDAC.
著者: Mingyue Li / Chunli Zhang / Yuntao Xu / Shaobai Li / Chenhui Huang / Jian Wu / Ming Lei /
要旨: The endoplasmic reticulum (ER) membrane protein complex (EMC) is a conserved, multi-subunit complex acting as an insertase at the ER membrane. Growing evidence shows that the EMC is also involved in ...The endoplasmic reticulum (ER) membrane protein complex (EMC) is a conserved, multi-subunit complex acting as an insertase at the ER membrane. Growing evidence shows that the EMC is also involved in stabilizing and trafficking membrane proteins. However, the structural basis and regulation of its multifunctionality remain elusive. Here, we report cryo-electron microscopy structures of human EMC in apo- and voltage-dependent anion channel (VDAC)-bound states at resolutions of 3.47 Å and 3.32 Å, respectively. We discovered a specific interaction between VDAC proteins and the EMC at mitochondria-ER contact sites, which is conserved from yeast to humans. Moreover, we identified a gating plug located inside the EMC hydrophilic vestibule, the substrate-binding pocket for client insertion. Conformation changes of this gating plug during the apo-to-VDAC-bound transition reveal that the EMC unlikely acts as an insertase in the VDAC1-bound state. Based on the data analysis, the gating plug may regulate EMC functions by modifying the hydrophilic vestibule in different states. Our discovery offers valuable insights into the structural basis of EMC's multifunctionality.
履歴
登録2023年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ER membrane protein complex subunit 1
B: ER membrane protein complex subunit 2
C: ER membrane protein complex subunit 3
D: ER membrane protein complex subunit 4
E: ER membrane protein complex subunit 5
F: ER membrane protein complex subunit 6
G: ER membrane protein complex subunit 7
H: ER membrane protein complex subunit 8
J: ER membrane protein complex subunit 10
K: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)328,24813
ポリマ－326,48910
非ポリマー1,7603
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
ER membrane protein complex subunit ... , 9種, 9分子 ABCDEFGHJ

#1: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 1


分子量: 111886.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N766
#2: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 2 / Tetratricopeptide repeat protein 35 / TPR repeat protein 35


分子量: 34882.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15006
#3: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 3 / Transmembrane protein 111


分子量: 29981.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0I2
#4: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 4 / Cell proliferation-inducing gene 17 protein / Transmembrane protein 85


分子量: 20104.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5J8M3
#5: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 5 / Membrane magnesium transporter 1 / Transmembrane protein 32


分子量: 14706.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N4V1
#6: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 6 / Transmembrane protein 93


分子量: 12029.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BV81
#7: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 7


分子量: 26501.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPA0
#8: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 8 / Neighbor of COX4 / Protein FAM158B


分子量: 23807.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43402
#9: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 10 / Hematopoietic signal peptide-containing membrane domain-containing protein 1


分子量: 21781.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5UCC4

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 K

#10: タンパク質 Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 / VDAC-1 / hVDAC1 / Outer mitochondrial membrane protein porin 1 / Plasmalemmal porin / Porin 31HL / Porin 31HM


分子量: 30807.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21796
#11: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: EMC_VDAC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 455504 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01421456
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.03629068
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.7522911
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0443279
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0083679

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る