PDB-8izt: Crystal structure of the N-terminal domain (residues 1-121) of MPXV A7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8izt

タイトル

Crystal structure of the N-terminal domain (residues 1-121) of MPXV A7

要素

Virion morphogenesis protein OPG132

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / MPXV / A7 /

N-terminus (N末端)

機能・相同性

Poxvirus A6 / Poxvirus A6 protein /

virion component / host cell cytoplasm / Virion morphogenesis protein OPG132

機能・相同性情報

生物種

Monkeypox virus (サル痘ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Ni, X.C. / Lei, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Virol Sin / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of conformational changes in the mpox virus A7 protein.
著者: Ni, X. / Wang, K. / Han, Y. / Lei, J.

履歴

登録	2023年4月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8izt.cif.gz	44.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8izt.ent.gz	27.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8izt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/8izt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/8izt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8izuC 6cb6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Virion morphogenesis protein OPG132

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.950, 31.263, 49.838
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.342, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Virion morphogenesis protein OPG132 分子量: 14280.537 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (residues 1-121) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: OPG132, MPXVgp117 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7H0DNA4
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.91 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0,01 M Zinc chloride, 0.1 M MES pH 6.0, 20% w/v PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→35.1 Å / Num. obs: 10782 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / Num. unique obs: 612 / CC_1/2: 0.255

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6CB6

6cb6

解像度: 1.74→35.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.553 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2057	528	4.91 %
R_work	0.1725	10225	-
all	0.174	-	-
obs	-	10753	94.891 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.466 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.031 Å²	-0 Å²	-0.818 Å²
2-	-	-0.371 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→35.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	993	0	2	146	1141

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.539	1.634	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.39	1.582	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.373	5	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.426	24.468	47
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.39	15	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.973	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	203
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.167	0.2	894
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	462
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.194	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.254	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.65	1.998	495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.62	1.995	494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.336	2.987	618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.335	2.992	619
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.527	2.316	524
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.525	2.32	525
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.026	3.349	759
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.023	3.354	760
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.678	24.788	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.5	24.192	1204

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.785	0.277	42	0.216	792	X-RAY DIFFRACTION	99.6416
1.785-1.834	0.255	38	0.211	764	X-RAY DIFFRACTION	100
1.834-1.887	0.26	46	0.227	727	X-RAY DIFFRACTION	99.3573
1.887-1.945	0.394	42	0.266	704	X-RAY DIFFRACTION	97.772
1.945-2.009	0.242	48	0.224	688	X-RAY DIFFRACTION	99.1914
2.009-2.079	0.284	40	0.254	686	X-RAY DIFFRACTION	99.045
2.079-2.157	0.235	34	0.204	644	X-RAY DIFFRACTION	99.5595
2.157-2.245	0.206	18	0.212	429	X-RAY DIFFRACTION	67.4208
2.245-2.345	0.327	17	0.155	465	X-RAY DIFFRACTION	75.5486
2.345-2.459	0.181	33	0.141	577	X-RAY DIFFRACTION	99.6732
2.459-2.592	0.21	30	0.158	555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.592-2.748	0.174	33	0.16	535	X-RAY DIFFRACTION	99.4746
2.748-2.937	0.191	24	0.159	490	X-RAY DIFFRACTION	99.8058
2.937-3.172	0.199	26	0.156	454	X-RAY DIFFRACTION	99.5851
3.172-3.473	0.158	10	0.152	303	X-RAY DIFFRACTION	68.6404
3.473-3.88	0.117	14	0.141	376	X-RAY DIFFRACTION	98.4848
3.88-4.475	0.131	9	0.141	357	X-RAY DIFFRACTION	99.187
4.475-5.468	0.133	11	0.146	298	X-RAY DIFFRACTION	99.3569
5.468-7.678	0.194	6	0.191	242	X-RAY DIFFRACTION	99.5984
7.678-35.1	0.205	7	0.145	139	X-RAY DIFFRACTION	97.9866

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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