PDB-8iyu: CfbA S11T variant with Ni(II) ions

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iyu

タイトル

CfbA S11T variant with Ni(II) ions

要素

Sirohydrochlorin cobaltochelatase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Chelatase / Nickel

機能・相同性

機能・相同性情報

sirohydrochlorin nickelchelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase activity / anaerobic cobalamin biosynthetic process / methanogenesis / cobalt ion binding / nickel cation binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Ogawa, S. / Fujishiro, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the recognition of tetrapyrrole substrates by ancestral class II chelatase CfbA.
著者: Ogawa, S. / Hikita, M. / Fujishiro, T.

履歴

登録	2023年4月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月11日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iyu.cif.gz	111.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iyu.ent.gz	85.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iyu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iyu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8i55C 8i56C 8i57C 8i58C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sirohydrochlorin cobaltochelatase

B: Sirohydrochlorin cobaltochelatase

ヘテロ分子

33.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.180, 67.180, 84.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Sirohydrochlorin cobaltochelatase 分子量: 16568.070 Da / 分子数: 2 / 変異: S11T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) 遺伝子: cbiX, cfbA, MJ0970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q58380
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.3M Na-malonate, 0.1M Tris-HCl, 8% (w/v) Gamma-PGA

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 1.49 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月25日

放射

モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.49 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 21846 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_rim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 20.71

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.1-2.2	0.653	2804	0.852	0.7	1
2.2-2.3	0.436	2373	0.919	0.467	1
2.3-2.5	0.249	3673	0.974	0.268	1
2.5-2.7	0.148	2663	0.989	0.16	1
2.7-3	0.086	2780	0.997	0.092	1
3-3.5	0.047	2784	0.999	0.05	1
3.5-4	0.037	1556	0.999	0.039	1
4-5	0.033	1551	0.999	0.036	1
5-6	0.032	700	0.999	0.034	1
6-10	0.031	746	0.999	0.034	1
10-50	0.027	216	0.999	0.03	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→47.5 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2044	1092	5 %
R_work	0.1856	-	-
obs	0.1865	21839	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1897	0	2	53	1952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1927
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.24	2605
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	38.911	259
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	311
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	333

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.2	0.2326	136	0.2138	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.31	0.2756	136	0.2152	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.46	0.3041	135	0.2161	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.65	0.2511	137	0.2206	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.91	0.275	136	0.2422	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.33	0.2535	136	0.2161	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-4.2	0.1712	138	0.1667	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-47.5	0.1653	138	0.1586	2628	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9385	-2.0453	-2.3723	4.7901	3.2607	5.9266	0.1617	0.1526	-0.1782	-0.0589	-0.306	0.533	-0.0455	-0.2887	0.0634	0.5612	-0.0223	-0.0535	0.4346	0.0352	0.4525	-22.5069	14.4384	11.4927
2	2.9724	-0.1397	-3.0732	7.0766	0.7629	4.9413	0.0033	-0.2999	-0.0637	0.5515	0.0576	-0.3442	0.3296	0.4836	-0.1075	0.5256	-0.0275	-0.1294	0.4825	0.0216	0.4044	-15.0737	17.3334	13.7685
3	6.7578	0.6843	0.4532	2.2715	2.4555	2.6858	0.0346	-0.4966	-0.7363	1.0179	-0.1118	0.6864	1.0161	-0.9806	0.0875	0.8033	-0.0832	0.0252	0.4722	0.1205	0.6044	-27.5639	12.8076	17.1684
4	2.0983	0.6756	1.497	3.3154	1.8925	9.068	0.2052	-0.1601	0.2706	0.4118	-0.2507	0.3996	-0.218	-1.3684	0.0649	0.5254	0.0164	0.0333	0.576	0.0204	0.5141	-31.9302	20.4534	10.9423
5	4.3995	-1.2578	-2.6435	2.3908	1.0668	8.1312	0.2997	0.1626	0.6924	-0.1057	0.1921	-0.4427	-0.8883	0.5725	-0.4633	0.4528	-0.0999	-0.0146	0.3881	-0.012	0.5027	-15.266	21.2135	-1.1562
6	3.0521	-3.4614	-2.3355	3.8866	2.9473	6.2406	-0.1771	-1.144	-0.2598	0.2261	0.1333	0.2773	0.4257	0.5832	0.0541	0.4023	0.0037	-0.0268	0.5033	0.0437	0.4575	-18.3276	10.6866	-12.5803
7	6.9825	0.0437	-1.9504	3.3033	2.2701	5.1237	0.1897	0.4564	0.327	-0.3499	-0.0138	0.2414	-0.6768	-0.2953	-0.2247	0.4501	-0.0184	-0.0232	0.4715	0.1033	0.3772	-16.62	18.4827	-14.6108
8	8.3854	-0.7628	-1.6656	5.9996	1.1482	5.7371	0.0956	1.2506	-0.4428	-0.2205	0.1247	0.694	0.5253	-1.1466	-0.014	0.4317	-0.055	-0.1194	0.6205	-0.0065	0.5551	-20.7644	6.0135	-18.142
9	2.2248	0.6296	0.0537	1.9697	0.7686	7.1322	0.0187	0.199	-0.2643	0.2179	0.1211	-0.1954	0.5684	0.5094	-0.1093	0.4213	0.0436	-0.0391	0.4897	-0.0015	0.5254	-13.1522	6.0678	-9.2021
10	7.1961	1.5283	-2.0155	7.0501	0.113	9.3442	-0.324	0.3151	-0.6359	-0.3709	0.4352	-0.2812	2.1421	-0.1216	-0.3301	0.8888	-0.029	-0.0742	0.5291	-0.0849	0.5404	-13.4552	-3.3144	-13.3728
11	2.384	-0.8884	-1.8961	3.8488	2.7905	6.6222	0.337	-0.1106	0.4931	-0.2385	0.1976	-0.6613	-0.6887	0.7373	-0.4777	0.4663	-0.0878	-0.0009	0.4854	-0.0006	0.4894	-12.3912	18.3274	0.2173

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 40 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 41 through 57 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 58 through 118 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 119 through 143 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 13 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 14 through 40 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 41 through 57 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 58 through 78 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 79 through 118 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 119 through 143 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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