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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8i57 | ||||||
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Title | Uroporphyrin III (UPIII)-bound CfbA | ||||||
![]() | Sirohydrochlorin cobaltochelatase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() sirohydrochlorin nickelchelatase / ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ogawa, S. / Fujishiro, T. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Substrate selectivity of CfbA Authors: Ogawa, S. / Hikita, M. / Fujishiro, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 112.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 86.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8i55C ![]() 8i56C ![]() 8i58C ![]() 8iyuC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 16554.045 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: cbiX, cfbA, MJ0970 / Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q58380, ![]() #2: Chemical | ChemComp-UP3 / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.65 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.8 Details: 0.3M Na-malonate, 0.1M Tris-HCl, 8% (w/v) Gamma-PGA |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: May 15, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.81→50 Å / Num. obs: 9294 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 23.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.81→35.35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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