+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8i58 | ||||||
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Title | Uroporphyrin I (UPI)-bound CfbA | ||||||
Components | Sirohydrochlorin cobaltochelatase | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Chelatase / Nickel | ||||||
Function / homology | Function and homology information sirohydrochlorin nickelchelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase / anaerobic cobalamin biosynthetic process / sirohydrochlorin cobaltochelatase activity / methanogenesis / cobalt ion binding / nickel cation binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanocaldococcus jannaschii (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.09 Å | ||||||
Authors | Ogawa, S. / Fujishiro, T. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: To be published Title: Substrate selectivity of CfbA Authors: Ogawa, S. / Hikita, M. / Fujishiro, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8i58.cif.gz | 114 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8i58.ent.gz | 88.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8i58.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/8i58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/8i58 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8i55C 8i56C 8i57C 8iyuC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16554.045 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (archaea) Gene: cbiX, cfbA, MJ0970 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): C41 References: UniProt: Q58380, sirohydrochlorin cobaltochelatase, sirohydrochlorin nickelchelatase #2: Chemical | ChemComp-UPI / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.8 Details: 0.3M Na-malonate, 0.1M Tris-HCl, 8% (w/v) Gamma-PGA |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 29, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.09→50 Å / Num. obs: 7206 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rrim(I) all: 0.189 / Net I/σ(I): 16.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.09→31.67 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / Phase error: 23.57 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.09→31.67 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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