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- PDB-8ix6: Crystal structure of Pyruvic Oxime Dioxygenase (POD) from Bradyrh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ix6
タイトルCrystal structure of Pyruvic Oxime Dioxygenase (POD) from Bradyrhizobium sp. WSM3983
要素Aldolase
キーワードOXIDOREDUCTASE / class II aldolase-like / dioxygenase / non-heme iron / His-triad
機能・相同性NICKEL (II) ION
機能・相同性情報
生物種Bradyrhizobium sp. WSM3983 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Tsujino, S. / Yamada, Y. / Fujiwara, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)21K12220 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)17K00517 日本
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2025
タイトル: Structural characterization of pyruvic oxime dioxygenase, a key enzyme in heterotrophic nitrification.
著者: Tsujino, S. / Yamada, Y. / Senda, M. / Nakamura, A. / Senda, T. / Fujiwara, T.
履歴
登録2023年3月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8495
ポリマ－29,5021
非ポリマー3474
水37821
1
A: Aldolase
ヘテロ分子

A: Aldolase
ヘテロ分子

A: Aldolase
ヘテロ分子

A: Aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,39720
ポリマ－118,0104
非ポリマー1,38816
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
Buried area12590 Å2
ΔGint-267 kcal/mol
Surface area29730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.896, 153.896, 153.896
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Space group name HallI423
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-z,y
#3: x,z,-y
#4: z,y,-x
#5: -z,y,x
#6: -y,x,z
#7: y,-x,z
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y,-z,x
#11: z,-x,-y
#12: -y,z,-x
#13: -z,-x,y
#14: -z,x,-y
#15: y,-z,-x
#16: x,-y,-z
#17: -x,y,-z
#18: -x,-y,z
#19: y,x,-z
#20: -y,-x,-z
#21: z,-y,x
#22: -z,-y,-x
#23: -x,z,y
#24: -x,-z,-y
#25: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#26: x+1/2,-z+1/2,y+1/2
#27: x+1/2,z+1/2,-y+1/2
#28: z+1/2,y+1/2,-x+1/2
#29: -z+1/2,y+1/2,x+1/2
#30: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#31: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#32: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#33: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#34: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#35: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#36: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#37: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#38: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#39: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#40: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#41: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#42: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#43: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#44: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
#45: z+1/2,-y+1/2,x+1/2
#46: -z+1/2,-y+1/2,-x+1/2
#47: -x+1/2,z+1/2,y+1/2
#48: -x+1/2,-z+1/2,-y+1/2

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要素

#1: タンパク質 Aldolase


分子量: 29502.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bradyrhizobium sp. WSM3983 (根粒菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.56M ammonium sulfate, 25% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 2.7 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→76.95 Å / Num. obs: 11546 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.1 % / Biso Wilson estimate: 60.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 43.9
反射 シェル解像度: 2.47→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 1.766 / Num. unique obs: 569

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCdata processing
CRANK2位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.47→76.95 Å / SU ML: 0.2418 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.2428
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2577 575 5 %
Rwork0.2299 10927 -
obs0.2314 11502 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→76.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1684 0 16 21 1721
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211740
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51422380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.566240
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.47-2.720.36231260.28652694X-RAY DIFFRACTION99.89
2.72-3.110.29741330.30252687X-RAY DIFFRACTION99.86
3.11-3.920.29311470.24692710X-RAY DIFFRACTION99.3
3.92-76.950.22621690.19932836X-RAY DIFFRACTION99.44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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