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- PDB-8il8: Crystal structure of Pyruvic Oxime Dioxygenase (POD) from Alcalig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8il8
タイトルCrystal structure of Pyruvic Oxime Dioxygenase (POD) from Alcaligenes faecalis
要素Aldolase
キーワードOXIDOREDUCTASE / class II aldolase-like / dioxygenase / non-heme iron / His-triad
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 / actin filament binding / cytoskeleton / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Class II aldolase/adducin N-terminal / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Alcaligenes faecalis subsp. faecalis NBRC 13111 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.769 Å
データ登録者Tsujino, S. / Yamada, Y. / Fujiwara, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)21K12220 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)17K00517 日本
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2025
タイトル: Structural characterization of pyruvic oxime dioxygenase, a key enzyme in heterotrophic nitrification.
著者: Tsujino, S. / Yamada, Y. / Senda, M. / Nakamura, A. / Senda, T. / Fujiwara, T.
履歴
登録2023年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldolase
B: Aldolase
C: Aldolase
D: Aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,7798
ポリマ－116,5564
非ポリマー2234
水12,484693
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12470 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area32970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.002, 107.552, 87.794
Angle α, β, γ (deg.)90, 128.07, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Aldolase / Pyruvic oxime dioxygenase


分子量: 29138.920 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis subsp. faecalis NBRC 13111 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A2N3A3
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 36% (v/v) PEG 400, 0.2M calcium acetate, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→76.44 Å / Num. obs: 55281 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.76→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.565 / Num. unique obs: 2766

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
REFMAC5.8.0352精密化
Coot0.9.8.3モデル構築
autoPROC1.0.5data processing
MOLREP11.9.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.769→76.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.233 / SU Rfree Blow DPI: 0.172 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.171
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2121 2653 -RANDOM
Rwork0.1822 ---
obs0.1836 55281 56.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.2813 Å20 Å26.2908 Å2
2---4.1832 Å20 Å2
3----0.0981 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.769→76.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7116 0 4 693 7813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097292HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.929954HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2414SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1250HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7292HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion980SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6952SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.03
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.84 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2981 52 -
Rwork0.2466 --
obs0.249 1106 10.23 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96270.04650.00210.7123-0.06830.73860.0694-0.0082-0.2036-0.0082-0.0017-0.0377-0.2036-0.0377-0.06780.06980.02040.116-0.1253-0.00810.004820.834421.559523.1555
20.8717-0.2639-0.14170.50760.01740.7697-0.0344-0.18570.055-0.18570.02240.06130.0550.06130.0120.1109-0.01070.1276-0.09540.0111-0.067237.16424.78852.5431
30.77580.19410.04980.9416-0.05850.8331-0.1-0.00560.0898-0.00560.04180.02970.08980.02970.05820.07680.00210.1019-0.1172-0.0298-0.019526.8233-21.55915.9098
40.70870.0217-0.1860.6130.31811.09870.01260.09590.0420.09590.00230.06130.0420.0613-0.01490.0241-0.02560.1365-0.07980.0088-0.006710.6246-4.716136.6085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A29 - 258
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A301
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B29 - 258
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B301
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C29 - 258
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C301
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D29 - 258
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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