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万見
- PDB-8iss: Cryo-EM structure of wild-type human tRNA Splicing Endonuclease C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iss
タイトルCryo-EM structure of wild-type human tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG at 3.19 A resolution
要素
  • (tRNA-splicing endonuclease subunit ...) x 4
  • RNA (88-MER)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / tRNA splicing / TSEN / Cryo-EM / endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-intron endonuclease complex / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA processing in the nucleus / mRNA processing / nucleic acid binding / lyase activity / centrosome ...tRNA-intron endonuclease complex / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA processing in the nucleus / mRNA processing / nucleic acid binding / lyase activity / centrosome / nucleolus / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA-splicing endonuclease, SEN2 subunit / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54, N-terminal / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term / tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease ...tRNA-splicing endonuclease, SEN2 subunit / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54, N-terminal / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term / tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / tRNA endonuclease-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Sun, Y. / Zhang, Y. / Yuan, L. / Han, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Recognition and cleavage mechanism of intron-containing pre-tRNA by human TSEN endonuclease complex.
著者: Ling Yuan / Yaoyao Han / Jiazheng Zhao / Yixiao Zhang / Yadong Sun /
要旨: Removal of introns from transfer RNA precursors (pre-tRNAs) occurs in all living organisms. This is a vital phase in the maturation and functionality of tRNA. Here we present a 3.2 Å-resolution cryo- ...Removal of introns from transfer RNA precursors (pre-tRNAs) occurs in all living organisms. This is a vital phase in the maturation and functionality of tRNA. Here we present a 3.2 Å-resolution cryo-EM structure of an active human tRNA splicing endonuclease complex bound to an intron-containing pre-tRNA. TSEN54, along with the unique regions of TSEN34 and TSEN2, cooperatively recognizes the mature body of pre-tRNA and guides the anticodon-intron stem to the correct position for splicing. We capture the moment when the endonucleases are poised for cleavage, illuminating the molecular mechanism for both 3' and 5' cleavage reactions. Two insertion loops from TSEN54 and TSEN2 cover the 3' and 5' splice sites, respectively, trapping the scissile phosphate in the center of the catalytic triad of residues. Our findings reveal the molecular mechanism for eukaryotic pre-tRNA recognition and cleavage, as well as the evolutionary relationship between archaeal and eukaryotic TSENs.
履歴
登録2023年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
B: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2
C: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
D: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54
E: RNA (88-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,6996
ポリマ－194,6755
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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TRNA-splicing endonuclease subunit ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / tRNA splicing endonuclease subunit 15 / SEN15 homolog / HsSEN15 / tRNA-intron endonuclease Sen15


分子量: 19760.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN15, C1orf19, SEN15 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8WW01
#2: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 / tRNA splicing endonuclease subunit 2 / tRNA-intron endonuclease Sen2 / HsSen2


分子量: 53326.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN2, SEN2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NCE0, tRNA-intron lyase
#3: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34 / tRNA splicing endonuclease subunit 34 / Leukocyte receptor cluster member 5 / tRNA-intron ...tRNA splicing endonuclease subunit 34 / Leukocyte receptor cluster member 5 / tRNA-intron endonuclease Sen34 / HsSen34


分子量: 33694.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN34, LENG5, SEN34 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BSV6, tRNA-intron lyase
#4: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 / tRNA splicing endonuclease subunit 54 / SEN54 homolog / HsSEN54 / tRNA-intron endonuclease Sen54


分子量: 59451.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GST tag was removed by TEV protease / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN54, SEN54 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7Z6J9

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RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 2分子 E

#5: RNA鎖 RNA (88-MER)


分子量: 28440.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human pre-tRNA splicing complex TSEN with substrate RNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mM2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acidHEPES1
31 mMMagnesium chlorideMgCl21
45 mMDithiothreitolDTT1
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Protein was incubated with RNA on ice for 45 minutes
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 49.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 335714 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: predicted / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0059189
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59312832
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.2091935
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0371479
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051347

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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