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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8isq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of extended-spectrum class A beta-lactamase, CESS-1 E166Q acylated by ampicillin | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / extended-spectrum Class A beta-lactamase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Stenotrophomonas sp. KCTC 12332 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å | ||||||
データ登録者 | Jeong, B.G. / Kim, M.Y. / Jeong, C.S. / Do, H.W. / Lee, J.H. / Cha, S.S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Antimicrob Agents / 年: 2024 タイトル: Characterization of the extended substrate spectrum of the class A beta-lactamase CESS-1 from Stenotrophomonas sp. and structure-based investigation into its substrate preference. 著者: Jeong, B.G. / Kim, M.Y. / Jeong, C.S. / Do, H. / Hwang, J. / Lee, J.H. / Cha, S.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8isq.cif.gz | 82.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8isq.ent.gz | 47.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8isq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8isq_validation.pdf.gz | 880.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8isq_full_validation.pdf.gz | 882.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8isq_validation.xml.gz | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8isq_validation.cif.gz | 19.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/8isq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/8isq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28652.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Stenotrophomonas sp. KCTC 12332 (バクテリア) 遺伝子: AXG53_04720 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A126NGE0, beta-lactamase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZZ7 / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-BTB / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) monomethyl ether (MME) 5000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.00003 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月26日 |
放射 | モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.24→30 Å / Num. obs: 13572 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.1 % / Biso Wilson estimate: 33.69 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.82 |
反射 シェル | 解像度: 2.24→2.31 Å / Num. unique obs: 1167 / CC1/2: 0.736 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8ISO 解像度: 2.24→28.104 Å / SU ML: 0.249 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5135 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.24→28.104 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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