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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8is2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a polyketide aromatase/cyclase Abx(+)D from Actinomycetes sp. MA7150. | ||||||
要素 | Cyclase | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / aromatase (アロマターゼ) / cyclase / polyketide (ポリケチド) | ||||||
機能・相同性 | Polyketide synthesis cyclase / Polyketide synthesis cyclase superfamily / Polyketide synthesis cyclase / polyketide biosynthetic process / Dimeric alpha-beta barrel / Cyclase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | uncultured actinomycete (環境試料) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å | ||||||
データ登録者 | Luo, S. / Chen, X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024 タイトル: An unusual aromatase/cyclase programs the formation of the phenyldimethylanthrone framework in anthrabenzoxocinones and fasamycin. 著者: Jiang, K. / Chen, X. / Yan, X. / Li, G. / Lin, Z. / Deng, Z. / Luo, S. / Qu, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8is2.cif.gz | 103.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8is2.ent.gz | 78.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8is2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/8is2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/8is2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13440.099 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The sequence reference for Actinomycetes sp. MA7150 is not available at the time of biocuration. Current reference is A0A2U3TEK9. 由来: (組換発現) uncultured actinomycete (環境試料) 遺伝子: abxD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U3TEK9 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.78 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8.1 / 詳細: 0.25 M Hepes, 60% Tacsimate, 0.17 M NDSB-211 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979191 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979191 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.32→38 Å / Num. obs: 49575 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.32→1.39 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 7369 / CC1/2: 0.765 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.32→21.05 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 35.8 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.32→21.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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