PDB-8iqv: Asterias forbesii ferritin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iqv

タイトル

Asterias forbesii ferritin

要素

Ferritin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Asterias forbesii ferritin

機能・相同性

機能・相同性情報

ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Asterias forbesi (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Zhao, G. / Zhang, C. / Zang, J. / Zhang, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Foods / 年: 2023
タイトル: Preparation and Unique Three-Dimensional Self-Assembly Property of Starfish Ferritin.
著者: Zhang, C. / Chen, X. / Liu, B. / Zang, J. / Zhang, T. / Zhao, G.

履歴

登録	2023年3月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iqv.cif.gz	127.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iqv.ent.gz	82 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iqv_validation.pdf.gz	417 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iqv_full_validation.pdf.gz	417.2 KB	表示
XML形式データ	8iqv_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	8iqv_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/8iqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/8iqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iqwC 8iqxC 8iqyC 8iqzC 8ir0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (7) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Ferritin

A: Ferritin

B: Ferritin

58.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Ferritin

A: Ferritin

B: Ferritin

x 8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
465 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_665	-x+1,-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_655	-y+1,x,z	1
crystal symmetry operation	4_565	y,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	5_655	-x+1,y,-z	1
crystal symmetry operation	6_565	x,-y+1,-z	1
crystal symmetry operation	7_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	8_665	-y+1,-x+1,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.520, 116.520, 205.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422
Space group name Hall	I42
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: x,-y,-z #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

#1: タンパク質	Ferritin 分子量: 19383.650 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Asterias forbesi (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O02384, ferroxidase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM imidazole (pH 8.0), 15%(v/v) reagent alcohol, 200 mM magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.2915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→43.61 Å / Num. obs: 103947 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 25.84 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.91→2.01 Å / Num. unique obs: 103947 / CC_1/2: 0.997

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.91→43.61 Å / SU ML: 0.2931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.767
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2484	3792	3.65 %
R_work	0.2193	100155	-
obs	0.2203	103947	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→43.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3993	0	0	0	3993

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4068
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8267	5493
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0481	600
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	714
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2906	534

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.91-1.93	0.4006	122	0.379	3255	X-RAY DIFFRACTION	87.01
1.93-1.96	0.3958	125	0.37	3463	X-RAY DIFFRACTION	92.02
1.96-1.99	0.4093	138	0.3432	3613	X-RAY DIFFRACTION	96.2
1.99-2.01	0.3537	137	0.3062	3698	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.01-2.04	0.3573	136	0.2997	3767	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.04-2.08	0.2908	142	0.2859	3693	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.08-2.11	0.2721	141	0.2634	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.15	0.3237	141	0.2465	3702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.19	0.2567	143	0.2547	3758	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.19-2.23	0.2974	144	0.2456	3747	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.23-2.27	0.2726	142	0.2522	3774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.3104	144	0.247	3707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.2558	141	0.2384	3757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.2203	145	0.2439	3752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.5	0.2701	143	0.2384	3714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.58	0.2758	143	0.2363	3781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.66	0.2767	137	0.2323	3713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.75	0.2313	143	0.2238	3747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.86	0.2696	146	0.238	3747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3	0.2667	136	0.2306	3777	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.15	0.2666	144	0.2321	3722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.35	0.2365	144	0.209	3749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.61	0.254	144	0.2051	3723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.97	0.2115	143	0.1838	3753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-4.55	0.1986	144	0.1534	3762	X-RAY DIFFRACTION	100
4.55-5.72	0.1883	140	0.1751	3753	X-RAY DIFFRACTION	100
5.73-43.61	0.1808	144	0.1737	3736	X-RAY DIFFRACTION	99.67

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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