PDB-8iqx: ferritin mutant-P156H

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iqx

タイトル

ferritin mutant-P156H

要素

Ferritin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Asterias forbesii ferritin / mutant-P156H

機能・相同性

機能・相同性情報

ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Asterias forbesi (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Zhao, G. / Zhang, C. / Zang, J. / Zhang, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Foods / 年: 2023
タイトル: Preparation and Unique Three-Dimensional Self-Assembly Property of Starfish Ferritin.
著者: Zhang, C. / Chen, X. / Liu, B. / Zang, J. / Zhang, T. / Zhao, G.

履歴

登録	2023年3月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iqx.cif.gz	341.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iqx.ent.gz	225.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iqx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/8iqx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/8iqx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iqvC 8iqwC 8iqyC 8iqzC 8ir0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (7) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Ferritin

J: Ferritin

A: Ferritin

B: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

F: Ferritin

155 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Ferritin

J: Ferritin

A: Ferritin

B: Ferritin

H: Ferritin

J: Ferritin

A: Ferritin

B: Ferritin

H: Ferritin

J: Ferritin

A: Ferritin

B: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

F: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

F: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

F: Ferritin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
466 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	14_445	-x-1/2,-y-1/2,z+1/2	1
crystal symmetry operation	18_544	z+1/2,-x-1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	22_454	-y-1/2,z+1/2,-x-1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	229.157, 229.157, 229.157
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23
Space group name Hall	I223
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: z,x,y #3: y,z,x #4: -y,-z,x #5: z,-x,-y #6: -y,z,-x #7: -z,-x,y #8: -z,x,-y #9: y,-z,-x #10: x,-y,-z #11: -x,y,-z #12: -x,-y,z #13: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #14: z+1/2,x+1/2,y+1/2 #15: y+1/2,z+1/2,x+1/2 #16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2 #17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2 #18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2 #19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2 #20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2 #21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2 #22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-210- HOH
2	1	B-217- HOH
3	1	C-229- HOH
4	1	C-248- HOH

#1: タンパク質	Ferritin 分子量: 19424.682 Da / 分子数: 8 / 変異: P156H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Asterias forbesi (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O02384
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM imidazole, 15%(v/v) reagent alcohol, 200 mM magnesium chloride, 2.0 mM nickel chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→28.64 Å / Num. obs: 1269561 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 18.5 % / B_iso Wilson estimate: 32.23 Å² / R_merge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 2.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 68784 / CC_1/2: 0.929

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→28.64 Å / SU ML: 0.3235 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.2095
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2583	3898	2.91 %
R_work	0.208	130178	-
obs	0.2095	134076	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10672	0	0	500	11172

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0085	10872
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9814	14672
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0535	1600
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	1904
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5109	1424

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.3569	134	0.2606	4671	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.53-2.56	0.271	136	0.2502	4653	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.56-2.6	0.3658	144	0.2469	4677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.63	0.2902	140	0.2472	4560	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.63-2.67	0.318	136	0.2447	4721	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.67-2.71	0.322	136	0.25	4644	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.71-2.75	0.3181	146	0.2386	4651	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.75-2.8	0.2848	142	0.232	4679	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.8-2.84	0.345	132	0.2425	4594	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.85-2.9	0.3002	146	0.2408	4675	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.9-2.95	0.2993	142	0.2248	4684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.01	0.2889	132	0.2186	4662	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.01-3.08	0.2785	140	0.2325	4639	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.08-3.15	0.2598	142	0.2242	4678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.23	0.2093	140	0.2099	4620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.32	0.2843	138	0.2085	4635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.41	0.2879	144	0.2131	4672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.52	0.2997	135	0.2076	4658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.65	0.2448	136	0.1983	4670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.79	0.2452	142	0.1829	4681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-3.97	0.2444	148	0.1877	4652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-4.17	0.2413	134	0.1874	4633	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.43	0.236	142	0.1808	4632	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.44-4.78	0.2122	142	0.1702	4673	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-5.25	0.1982	139	0.19	4668	X-RAY DIFFRACTION	100
5.26-6.01	0.2859	146	0.2167	4627	X-RAY DIFFRACTION	99.98
6.01-7.55	0.2126	128	0.2102	4688	X-RAY DIFFRACTION	99.94
7.56-28.64	0.2065	136	0.1957	4481	X-RAY DIFFRACTION	96.03

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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