PDB-8iqj: Crystal structure of SARS-CoV2 N-NTD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iqj

タイトル

Crystal structure of SARS-CoV2 N-NTD

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / nucleocapsid protein

機能・相同性

機能・相同性情報

: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hong, J.Y. / Hou, M.H.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2024
タイトル: Targeting protein-protein interaction interfaces with antiviral N protein inhibitor in SARS-CoV-2.
著者: Hong, J.Y. / Lin, S.C. / Kehn-Hall, K. / Zhang, K.M. / Luo, S.Y. / Wu, H.Y. / Chang, S.Y. / Hou, M.H.

履歴

登録	2023年3月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8iqj.ent.gz	178 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8iqj_validation.pdf.gz	467.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iqj_full_validation.pdf.gz	474.2 KB	表示
XML形式データ	8iqj_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	8iqj_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/8iqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/8iqj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8iv3C 8j6xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

C: Nucleoprotein

D: Nucleoprotein

68.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Nucleoprotein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
17.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Nucleoprotein

登録者が定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Nucleoprotein

登録者が定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Nucleoprotein

登録者が定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.801, 93.125, 97.608
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N 分子量: 17053.031 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.21 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.005 M Spermine tetrahydrochloride, 0.05 M Potassium Chloride, 0.05 M Bis-Tris HCl pH 7.0, 31 % PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 23778 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 20.772
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 3.77 / Num. unique obs: 2411 / CC_1/2: 0.915 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→30 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2888	1985	8.37 %
R_work	0.2319	-	-
obs	0.2365	23727	96.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3969	0	0	136	4105

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.625
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.727	1493
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	568
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	735

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.35	0.4204	140	0.3399	1508	X-RAY DIFFRACTION	95
2.35-2.42	0.4093	140	0.32	1577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.49	0.346	143	0.3248	1602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.57	0.3985	160	0.3272	1570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.66	0.3243	134	0.3136	1591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.76	0.3293	151	0.2954	1590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.89	0.3359	144	0.2854	1595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.04	0.329	148	0.2792	1597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.23	0.3095	141	0.257	1589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.48	0.3381	156	0.2455	1618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.83	0.2987	97	0.2184	1113	X-RAY DIFFRACTION	69
3.83-4.38	0.2453	125	0.1862	1404	X-RAY DIFFRACTION	86
4.38-5.52	0.2252	146	0.1768	1655	X-RAY DIFFRACTION	100
5.52-30	0.221	160	0.1793	1733	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0013	1.0715	-1.2668	5.8712	-3.4802	7.4838	-0.3907	-0.213	-0.3646	0.4471	0.2979	-0.7594	0.7719	-0.1808	0.3429	0.3795	0.094	-0.1158	0.4929	-0.0228	0.5527	13.8702	-8.1153	-11.5832
2	2.2373	-0.5558	-1.9493	9.3419	-0.4703	2.5918	-0.2103	-0.5139	0.6024	0.4521	0.0712	-0.4642	-0.1395	0.0874	0.0992	0.2366	0.0525	-0.1379	0.5959	-0.0623	0.5095	7.9225	1.7006	-11.7513
3	4.4223	1.4027	-2.8416	5.0585	4.5029	8.1969	-0.7056	-0.3473	-0.7952	0.134	0.973	1.3283	1.2961	-0.5176	-0.1161	0.6871	-0.1338	-0.22	0.5294	0.2331	1.0268	18.79	-24.7522	-9.5431
4	7.5831	0.23	0.2937	6.6537	0.2611	4.059	-0.1408	-1.0736	-0.3112	0.3278	0.041	0.1035	0.1601	0.0103	0.0804	0.249	0.0733	0.0089	0.5748	0.0371	0.2702	3.7107	-5.8599	-13.5086
5	2.0962	-0.1025	-0.3647	8.7424	-1.3023	2.7292	-0.1498	0.2792	0.9362	0.1052	-0.0006	0.8571	-0.6706	-0.137	0.0835	0.3067	0.1134	-0.0213	0.5903	-0.056	0.4092	-0.1361	6.3682	-16.2542
6	6.7095	-1.013	1.6578	5.4426	-1.6119	0.8207	-0.3183	0.2785	0.2304	-0.3096	0.3341	-1.0932	-0.7886	0.0138	-0.0317	0.2556	-0.0108	0.0194	0.506	-0.0488	0.4166	14.9701	0.9599	-19.8683
7	6.7408	0.7606	4.6043	8.9288	-3.3344	5.0426	-0.107	-0.4121	0.2424	0.8373	-0.505	0.0496	-0.4175	0.2889	0.4029	1.0457	0.3347	-0.3914	0.8445	-0.2251	0.6112	17.0201	-3.4308	-2.571
8	6.4667	-1.2105	-3.4408	2.7171	-0.9763	4.0854	-0.112	0.9125	-0.3257	-0.6206	0.2836	-0.3431	-0.1594	-0.7066	0.0368	0.3366	-0.067	-0.0432	0.4049	0.0706	0.3553	10.2553	-37.3831	-31.9914
9	8.3531	0.2806	-1.4584	7.5174	-0.8871	7.3227	0.2449	-0.0159	0.2758	0.562	0.1408	-2.0246	-0.8234	0.1766	-0.1664	0.5911	-0.066	-0.0626	0.3499	0.0412	0.7475	16.4678	-26.4594	-25.4538
10	3.4676	-0.127	-0.0276	6.1517	0.5713	3.9572	0.2674	0.1711	0.3133	0.1142	0.0908	0.1997	-0.5212	-0.519	-0.3551	0.3174	0.0633	0.0566	0.2922	0.0562	0.2539	3.8179	-28.8793	-27.7897
11	2.5614	-2.9625	0.532	3.4552	-0.9139	3.824	-1.1037	0.5577	-1.5451	-1.0864	-0.0835	-1.2329	-0.0195	0.6715	0.1234	0.7954	-0.2534	0.4694	0.7168	-0.0733	0.8549	19.9572	-23.9528	-38.7877
12	5.545	3.7399	-0.5606	6.3374	1.5759	2.5348	0.0828	0.0439	-0.4483	-0.1332	0.2033	-2.5302	-0.2379	0.0361	-0.1284	0.3323	0.0261	-0.0015	0.2928	0.0001	0.839	16.7138	-37.737	-30.3281
13	3.2648	4.0972	3.4252	6.9392	1.7548	7.1715	-0.0998	-0.7619	-1.3962	1.9129	0.2481	-1.3102	0.2421	-0.4102	-0.2365	0.8683	-0.0468	-0.044	0.4128	0.1117	0.6565	14.0595	-27.281	-15.3764
14	3.7069	-2.8962	-1.6243	5.6291	-2.8293	5.6306	0.0757	0.0992	-1.0751	0.5169	-0.0659	-0.6366	-0.098	0.2678	0.2718	0.0953	-0.1511	-0.0713	0.3741	0.0361	1.0425	32.0272	-2.9988	-15.2048
15	0.2638	1.2749	-0.6871	9.9096	-5.2882	2.9092	0.2349	-0.9973	-0.1172	-0.6692	-0.6137	-0.0703	2.3176	0.782	0.4453	0.8992	0.0801	0.0404	0.7374	0.1294	0.8747	33.6959	-23.9663	-10.6247
16	1.9419	2.346	-0.3971	4.5897	-1.5093	1.4582	-0.2469	0.464	-0.5604	-1.2479	0.2786	0.4999	0.4999	-0.1848	-0.7359	0.7964	-0.122	-0.2225	0.209	-0.263	1.6188	39.1022	-20.9342	-23.6136
17	6.1507	1.1362	-1.1453	1.3731	2.2729	5.6859	-0.7756	0.7514	-0.4995	-0.388	-0.3275	0.6571	-0.1019	-0.4437	0.8945	0.3766	-0.0225	-0.1401	0.4788	-0.1207	0.9841	37.255	-10.0952	-24.1452
18	9.3607	-1.2286	1.9181	7.6567	3.973	3.6015	-0.9786	-1.1297	0.1226	2.2815	-0.6268	-0.7515	-0.2759	0.0057	1.7687	1.059	0.1726	-0.007	0.6071	0.0381	0.7488	28.7856	-16.7718	2.4599
19	7.7178	1.5915	-0.8664	3.7487	-0.3866	2.8815	-0.3281	0.1406	-1.19	-0.1303	0.0099	0.9087	0.4291	-0.1948	0.4414	0.3165	-0.0147	0.0125	0.3737	-0.0608	0.8491	43.1721	-10.8733	-19.9727
20	7.4222	0.2544	-0.9514	4.2379	-2.3596	1.9856	-0.0606	0.3116	-0.0822	-0.762	-0.2577	-0.2803	0.0609	-0.6315	-0.0448	0.2952	-0.0435	-0.108	0.4792	-0.1567	0.9885	30.1382	-6.194	-21.9228
21	7.8735	-0.9078	0.4195	8.2176	-4.8056	8.6303	1.2972	-1.7364	-0.3539	-0.0956	-0.9367	0.7498	0.993	-0.8976	-0.4845	0.7649	-0.3173	-0.0537	0.604	0.0685	1.1598	29.901	-23.1385	-17.2022
22	6.0727	-2.6863	0.498	7.2247	-1.0682	5.594	-0.0786	0.5551	-0.782	-0.6331	-0.7017	1.0755	0.3799	-0.1563	0.5777	0.5899	0.0958	0.0534	0.4693	-0.101	0.3241	-4.2407	-7.5848	-32.8034
23	1.9268	-0.41	-0.2095	2.9311	-0.455	2.9711	0.3231	0.8154	0.01	-2.4817	-0.7683	0.3105	-0.3194	-0.0118	0.3162	1.4417	0.4623	-0.1899	0.4522	-0.073	0.3961	-1.99	0.0099	-44.1969
24	3.4487	1.5166	-0.1196	3.2034	-2.73	5.0728	0.5738	0.5753	1.3765	-0.1149	0.262	1.7842	0.3978	-1.2681	-0.3035	0.6925	0.1172	-0.4065	0.7054	-0.0454	1.4613	-25.205	4.6196	-30.8903
25	0.9919	1.0051	-0.0072	2.8031	-0.3586	1.7953	0.3742	0.0493	0.045	-2.0557	-0.2008	0.2207	0.3745	-0.3365	0.1577	1.2747	0.284	-0.1817	0.3773	-0.0793	0.435	-5.296	-6.9763	-41.797
26	1.3217	-1.2237	2.3221	3.3806	-1.5286	4.1932	0.0889	0.1804	0.1079	-1.6502	-0.1901	0.2789	-0.7973	-0.0334	0.4785	1.1035	0.1937	0.0217	0.49	-0.0096	0.1952	-0.8167	7.2617	-40.1581

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 49 through 64 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 91 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 92 through 107 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 108 through 135 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 136 through 145 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 146 through 165 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 166 through 175 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 48 through 57 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 58 through 84 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 85 through 135 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 136 through 145 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 146 through 165 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 166 through 175 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 47 through 56 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 57 through 64 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 65 through 74 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 75 through 91 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 92 through 107 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 108 through 145 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 146 through 165 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 166 through 175 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 48 through 56 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 57 through 91 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 92 through 101 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 102 through 155 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 156 through 175 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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