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- PDB-8iq1: Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iq1
タイトルCrystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in reduced state
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Platelet degranulation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / positive regulation of catalytic activity / neurofilament cytoskeleton organization / protein phosphatase 2B binding / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization ...Platelet degranulation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / positive regulation of catalytic activity / neurofilament cytoskeleton organization / protein phosphatase 2B binding / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / superoxide metabolic process / heart contraction / superoxide dismutase / transmission of nerve impulse / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ovarian follicle development / dendrite cytoplasm / embryo implantation / glutathione metabolic process / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of cytokine production / locomotory behavior / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / regulation of blood pressure / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / peroxisome / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / response to ethanol / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular iron ion homeostasis / positive regulation of MAPK cascade / copper ion binding / neuronal cell body / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / HYDROSULFURIC ACID / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhou, J.H. / Huang, W.X. / Cheng, R.X. / Zhang, P.J. / Zhu, Y.C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071446 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Hydrogen sulfide functions as a micro-modulator bound at the copper active site of Cu/Zn-SOD to regulate the catalytic activity of the enzyme.
著者: Wu, D.D. / Jin, S. / Cheng, R.X. / Cai, W.J. / Xue, W.L. / Zhang, Q.Q. / Yang, L.J. / Zhu, Q. / Li, M.Y. / Lin, G. / Wang, Y.Z. / Mu, X.P. / Wang, Y. / Zhang, I.Y. / Zhang, Q. / Chen, Y. / ...著者: Wu, D.D. / Jin, S. / Cheng, R.X. / Cai, W.J. / Xue, W.L. / Zhang, Q.Q. / Yang, L.J. / Zhu, Q. / Li, M.Y. / Lin, G. / Wang, Y.Z. / Mu, X.P. / Wang, Y. / Zhang, I.Y. / Zhang, Q. / Chen, Y. / Cai, S.Y. / Tan, B. / Li, Y. / Chen, Y.Q. / Zhang, P.J. / Sun, C. / Yin, Y. / Wang, M.J. / Zhu, Y.Z. / Tao, B.B. / Zhou, J.H. / Huang, W.X. / Zhu, Y.C.
履歴
登録2023年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,37055
ポリマ－124,5878
非ポリマー2,78347
水20,8791159
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,88114
ポリマ－31,1472
非ポリマー73412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,82013
ポリマ－31,1472
非ポリマー67311
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,85014
ポリマ－31,1472
非ポリマー70312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,82014
ポリマ－31,1472
非ポリマー67312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.126, 69.961, 91.345
Angle α, β, γ (deg.)98.690, 94.830, 103.310
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 8 or (resid 9...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 2 or (resid 3...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 8 or (resid 9...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 1 through 2 or (resid 3...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 1 through 8 or (resid 9...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 1 through 2 or (resid 3...
d_7ens_1(chain "G" and (resid 1 through 8 or (resid 9...
d_8ens_1(chain "H" and (resid 1 through 2 or (resid 3...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ALAALAGLYGLYAA1 - 541 - 54
d_12THRTHRGLYGLYAA56 - 12556 - 125
d_13ASNASNALAALAAA129 - 143129 - 143
d_14GLYGLYLYSLYSAA145 - 151145 - 151
d_21ALAALAGLYGLYBB1 - 541 - 54
d_22THRTHRGLYGLYBB56 - 12556 - 125
d_23ASNASNALAALABB129 - 143129 - 143
d_24GLYGLYLYSLYSBB145 - 151145 - 151
d_31ALAALAGLYGLYCC1 - 541 - 54
d_32THRTHRGLYGLYCC56 - 12556 - 125
d_33ASNASNALAALACC129 - 143129 - 143
d_34GLYGLYLYSLYSCC145 - 151145 - 151
d_41ALAALAGLYGLYDD1 - 541 - 54
d_42THRTHRGLYGLYDD56 - 12556 - 125
d_43ASNASNALAALADD129 - 143129 - 143
d_44GLYGLYLYSLYSDD145 - 151145 - 151
d_51ALAALAGLYGLYEE1 - 541 - 54
d_52THRTHRGLYGLYEE56 - 12556 - 125
d_53ASNASNALAALAEE129 - 143129 - 143
d_54GLYGLYLYSLYSEE145 - 151145 - 151
d_61ALAALAGLYGLYFF1 - 541 - 54
d_62THRTHRGLYGLYFF56 - 12556 - 125
d_63ASNASNALAALAFF129 - 143129 - 143
d_64GLYGLYLYSLYSFF145 - 151145 - 151
d_71ALAALAGLYGLYGG1 - 541 - 54
d_72THRTHRALAALAGG56 - 14356 - 143
d_73GLYGLYLYSLYSGG145 - 151145 - 151
d_81ALAALAGLYGLYHH1 - 541 - 54
d_82THRTHRGLYGLYHH56 - 12556 - 125
d_83ASNASNALAALAHH129 - 143129 - 143
d_84GLYGLYLYSLYSHH145 - 151145 - 151

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.60409619363, -0.770004079093, 0.205332674025), (-0.76049570021, 0.48002772582, -0.437286716475), (0.238147178871, -0.420317856656, -0.875567713299)-31.7621586709, -3.71080819699, 43.6861754587
2given(0.854253805419, 0.453710878328, 0.253765393257), (0.445857213429, -0.890450552042, 0.0911545917751), (0.267323364413, 0.0352739741971, -0.962961040532)16.8520729723, -84.8555736785, 24.2183625294
3given(-0.797911564199, -0.554197701693, -0.23706970105), (0.434639388828, -0.801482579173, 0.41074843513), (-0.417643074165, 0.224701096393, 0.880388368779)-1.3029752451, -91.7652828371, -26.1036493117
4given(0.751910548339, 0.657666809667, -0.0458791320538), (0.513252743109, -0.540283398549, 0.666832415936), (0.413765814183, -0.524945917895, -0.743794080575)25.3366406798, -100.518588281, 45.288103812
5given(-0.972804371029, -0.218909191014, -0.0756995495194), (0.231379196716, -0.933549431063, -0.273768382193), (-0.0107388563146, -0.283838379806, 0.95881199988)-2.65790274613, -84.5060376702, 1.13967548827
6given(-0.757986107878, -0.65129687324, 0.0356292460162), (-0.621327237876, 0.737574197406, 0.264455604581), (-0.198518320909, 0.178316253408, -0.963739482451)-22.0554414257, -8.84856624829, 18.7211306606
7given(0.973612566339, 0.213836749442, 0.0797020404678), (-0.108852299449, 0.74211968562, -0.661369449794), (-0.200573546539, 0.635241856936, 0.74581367353)5.23432312795, 19.8341521472, -18.5037477747

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量: 15573.337 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00442, superoxide dismutase

-
非ポリマー , 8種, 1206分子

#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% PEG 4000, 150 mM amimonium sulfate and 100 mM MES, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 100956 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 17.98 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 99.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.546 / Num. unique obs: 4846 / CC1/2: 0.783

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→38.28 Å / SU ML: 0.1984 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.7476
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2167 4588 4.99 %
Rwork0.1836 87435 -
obs0.1853 92023 90.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8586 0 114 1159 9859
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00828838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.012111951
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06751365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00721605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1593092
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.429074338723
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.303801948722
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.471865211005
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.39304570536
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.44128673872
ens_1d_7AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.446405347384
ens_1d_8AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.416235424425
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.820.308980.27791831X-RAY DIFFRACTION57.43
1.82-1.840.3176990.26092237X-RAY DIFFRACTION68.67
1.84-1.860.27171230.24392358X-RAY DIFFRACTION73.53
1.86-1.890.3021250.23422478X-RAY DIFFRACTION78.22
1.89-1.910.27181570.22862717X-RAY DIFFRACTION84.18
1.91-1.940.24751570.22682825X-RAY DIFFRACTION88.57
1.94-1.970.26951500.22352955X-RAY DIFFRACTION92.63
1.97-20.251570.22083010X-RAY DIFFRACTION93.67
2-2.030.27421570.22442966X-RAY DIFFRACTION93.59
2.03-2.060.24731660.21682938X-RAY DIFFRACTION90.63
2.06-2.090.27031620.21193029X-RAY DIFFRACTION94.19
2.09-2.130.25081670.20963076X-RAY DIFFRACTION96.83
2.13-2.170.2251680.20223106X-RAY DIFFRACTION97.09
2.17-2.220.21971620.20693100X-RAY DIFFRACTION96.85
2.22-2.270.24221660.19993102X-RAY DIFFRACTION97.03
2.27-2.320.26241480.20283128X-RAY DIFFRACTION96.47
2.32-2.380.24551730.1973049X-RAY DIFFRACTION96.44
2.38-2.440.25031760.20533018X-RAY DIFFRACTION94.69
2.44-2.510.23471440.19772889X-RAY DIFFRACTION90.24
2.51-2.590.25171580.20433171X-RAY DIFFRACTION97.34
2.59-2.690.2281740.20423113X-RAY DIFFRACTION97.51
2.69-2.790.23531520.19583095X-RAY DIFFRACTION96.72
2.79-2.920.23491570.20013111X-RAY DIFFRACTION96.8
2.92-3.080.2261790.1913047X-RAY DIFFRACTION95.39
3.08-3.270.21911520.17942845X-RAY DIFFRACTION89.12
3.27-3.520.17381500.16343156X-RAY DIFFRACTION97.26
3.52-3.870.19161490.15233111X-RAY DIFFRACTION97.23
3.88-4.430.17671650.13393030X-RAY DIFFRACTION94.95
4.44-5.580.14231410.1282968X-RAY DIFFRACTION92.42
5.59-38.280.14621560.14962976X-RAY DIFFRACTION92.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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