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- PDB-8ipp: Crystal structure of the complex between an ankyrin and a paralle... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ipp
タイトルCrystal structure of the complex between an ankyrin and a parallel G-quadruplex
要素
  • 93del-T12
  • DARPin protein 2E4
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / G-quadruplex / DARPins / parallel / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.007 Å
データ登録者Ngo, K.H. / Liew, C.W. / Heddi, B. / Phan, A.T.
資金援助 シンガポール, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2017-09 シンガポール
Ministry of Education (MoE, Singapore)MOE2018-T2-2-029 シンガポール
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Structural Basis for Parallel G-Quadruplex Recognition by an Ankyrin Protein.
著者: Ngo, K.H. / Liew, C.W. / Heddi, B. / Phan, A.T.
履歴
登録2023年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 93del-T12
B: DARPin protein 2E4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1627
ポリマ－19,9962
非ポリマー1665
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8330 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)76.759, 83.587, 31.858
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-103-

K

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要素

#1: DNA鎖 93del-T12


分子量: 5131.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 DARPin protein 2E4


分子量: 14864.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium chloride, 0.01 M magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M MES monohydrate pH 5.6, 5% w/v polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953732 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953732 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.007→38.41 Å / Num. obs: 14343 / % possible obs: 99.11 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.34
反射 シェル解像度: 2.01→2.082 Å / Num. unique obs: 1383 / CC1/2: 0.979

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.007→38.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 10.58 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.147
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2238 661 4.62 %
Rwork0.2109 13645 -
all0.212 --
obs-14306 98.25 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 48.066 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.306 Å20 Å2-0 Å2
2--12.252 Å2-0 Å2
3----6.947 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.007→38.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数962 342 5 86 1395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0121375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9711.6711937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1685129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.38823.96253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.13615173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.314155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02938
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3680.2722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.2900
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.6270.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1650.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1614.669510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3236.959638
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1614.784863
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8717.0461298
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.00160.1812412
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.007-2.0590.438380.446951X-RAY DIFFRACTION97.0559
2.059-2.1150.363590.38977X-RAY DIFFRACTION99.6154
2.115-2.1760.398390.374921X-RAY DIFFRACTION99.8959
2.176-2.2430.271340.339932X-RAY DIFFRACTION99.8966
2.243-2.3170.296420.341888X-RAY DIFFRACTION99.7854
2.317-2.3980.274480.339844X-RAY DIFFRACTION100
2.398-2.4880.326350.339841X-RAY DIFFRACTION100
2.488-2.590.285310.268792X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.7050.17370.219795X-RAY DIFFRACTION100
2.705-2.8360.227410.209723X-RAY DIFFRACTION100
2.836-2.9890.323440.201693X-RAY DIFFRACTION100
2.989-3.170.246370.173672X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.3880.198350.157616X-RAY DIFFRACTION100
3.388-3.6590.223190.153606X-RAY DIFFRACTION100
3.659-4.0060.19250.146560X-RAY DIFFRACTION100
4.006-4.4760.192240.116498X-RAY DIFFRACTION100
4.476-5.1630.15300.13445X-RAY DIFFRACTION100
5.163-6.310.139180.16387X-RAY DIFFRACTION100
6.31-8.8690.12170.128306X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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