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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ipp | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the complex between an ankyrin and a parallel G-quadruplex | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / G-quadruplex / DARPins / parallel / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | : / DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.007 Å | |||||||||
データ登録者 | Ngo, K.H. / Liew, C.W. / Heddi, B. / Phan, A.T. | |||||||||
資金援助 | シンガポール, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024 タイトル: Structural Basis for Parallel G-Quadruplex Recognition by an Ankyrin Protein. 著者: Ngo, K.H. / Liew, C.W. / Heddi, B. / Phan, A.T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ipp.cif.gz | 54.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ipp.ent.gz | 33.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ipp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ipp_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ipp_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ipp_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ipp_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/8ipp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/8ipp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ipfC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5131.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 14864.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M potassium chloride, 0.01 M magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M MES monohydrate pH 5.6, 5% w/v polyethylene glycol 8,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953732 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.953732 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.007→38.41 Å / Num. obs: 14343 / % possible obs: 99.11 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.34 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.082 Å / Num. unique obs: 1383 / CC1/2: 0.979 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.007→38.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 10.58 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.147 詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.066 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.007→38.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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