PDB-8ipf: Crystal structure of an ankyrin protein that can specifically rec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ipf

タイトル

Crystal structure of an ankyrin protein that can specifically recognize a parallel G-quadruplex

要素

DARPin (2E4)

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / G-quadruplex / parallel / DNA

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Ngo, K.H. / Liew, C.W. / Heddi, B. / Phan, A.T.

資金援助

シンガポール, 2件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Structural Basis for Parallel G-Quadruplex Recognition by an Ankyrin Protein.
著者: Ngo, K.H. / Liew, C.W. / Heddi, B. / Phan, A.T.

履歴

登録	2023年3月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ipf.cif.gz	200.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ipf.ent.gz	160.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ipf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ipf_validation.pdf.gz	475.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ipf_full_validation.pdf.gz	483.7 KB	表示
XML形式データ	8ipf_validation.xml.gz	38.5 KB	表示
CIF形式データ	8ipf_validation.cif.gz	55.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/8ipf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/8ipf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ippC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DARPin (2E4)

B: DARPin (2E4)

C: DARPin (2E4)

D: DARPin (2E4)

E: DARPin (2E4)

F: DARPin (2E4)

G: DARPin (2E4)

H: DARPin (2E4)

119 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.300, 59.068, 127.505
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.565, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	DARPin (2E4) 分子量: 14864.692 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 6% v/v ethylene glycol, 0.1 M citric acid pH 3.5, 10% w/v polyethylene glycol 6,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→49.25 Å / Num. obs: 62810 / % possible obs: 99.12 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 28.98 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 12.83
反射シェル	解像度: 2.01→2.082 Å / Num. unique obs: 6229 / CC_1/2: 0.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→49.25 Å / SU ML: 0.1695 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.9907
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2486	3105	4.97 %
R_work	0.2261	59397	-
obs	0.2273	62502	99.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→49.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7425	0	0	423	7848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	7620
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5029	10312
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0971	1155
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	1372
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.9366	2792

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.04	0.3815	145	0.3373	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.04-2.07	0.4151	138	0.3159	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.07-2.11	0.3654	127	0.3177	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.11-2.15	0.3088	113	0.3022	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.15-2.19	0.2869	137	0.3035	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.19-2.23	0.2894	143	0.2854	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.23-2.28	0.3317	136	0.2775	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.28-2.34	0.2886	130	0.2721	2639	X-RAY DIFFRACTION	98.96
2.34-2.39	0.2242	118	0.2531	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.39-2.46	0.2846	142	0.2456	2698	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.46-2.53	0.2629	138	0.2301	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.53-2.61	0.2667	156	0.2174	2656	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.61-2.71	0.2324	168	0.2192	2675	X-RAY DIFFRACTION	98.75
2.71-2.81	0.2565	165	0.2232	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.81-2.94	0.2369	147	0.2204	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.94-3.1	0.233	137	0.2294	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.1-3.29	0.2482	126	0.2148	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.24
3.29-3.55	0.247	148	0.2037	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.27
3.55-3.9	0.2153	137	0.1897	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.37
3.9-4.47	0.199	166	0.1829	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.65
4.47-5.62	0.2446	159	0.218	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.66
5.63-49.25	0.2246	129	0.2116	2795	X-RAY DIFFRACTION	97.56

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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