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- PDB-8ikd: Structure of DNA binding domain of McrBC endonuclease bound to DN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ikd
タイトルStructure of DNA binding domain of McrBC endonuclease bound to DNA: Y41F-L68Y double mutant
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*C)-3')
  • Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit
キーワードDNA BINDING PROTEIN / McrB-NTD / 5-methylcytosine / restriction endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / DNA catabolic process / endonuclease activity / GTPase activity / GTP binding ...restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / DNA catabolic process / endonuclease activity / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit, DNA-binding domain / MrcB-like, N-terminal domain / : / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
DNA molecule (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Adhav, V.A. / Saikrishnan, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of target recognition by the DNA binding domain of McrBC
著者: Adhav, V.A. / Saikrishnan, K.
履歴
登録2023年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit
B: Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit
C: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7516
ポリマ－47,3324
非ポリマー4182
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.909, 68.410, 144.849
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit / EcoKMcrBC / 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B


分子量: 19693.938 Da / 分子数: 2 / 変異: Y41F,L68Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: mcrB, rglB, b4346, JW5871 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P15005, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4016.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*C)-3')


分子量: 3927.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#4: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.55 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1-0.2 M Bis-Tris pH 5.5 and 12-24% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→61.86 Å / Num. obs: 20321 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 32.05 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.853 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1594 / CC1/2: 0.603 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SSE

3sse


解像度: 2.1→39.45 Å / SU ML: 0.2893 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2208
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 1978 9.77 %
Rwork0.1988 18259 -
obs0.2037 20237 93.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2508 486 28 202 3224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00233727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47555253
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0359548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0018506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.4239827
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.38151210.31691255X-RAY DIFFRACTION91.19
2.15-2.210.36611420.28541267X-RAY DIFFRACTION93.06
2.21-2.280.3841250.32181243X-RAY DIFFRACTION89.82
2.28-2.350.28961440.25821262X-RAY DIFFRACTION93.61
2.35-2.430.29331380.24251259X-RAY DIFFRACTION91.79
2.43-2.530.28911400.23951283X-RAY DIFFRACTION92.76
2.53-2.650.28921330.23531267X-RAY DIFFRACTION92.53
2.65-2.790.29081390.23171271X-RAY DIFFRACTION90.85
2.79-2.960.25031370.20991265X-RAY DIFFRACTION92.18
2.96-3.190.26481340.20711279X-RAY DIFFRACTION91.46
3.19-3.510.25821500.18421332X-RAY DIFFRACTION95.67
3.51-4.020.20371510.1631396X-RAY DIFFRACTION97.54
4.02-5.060.19171400.13891419X-RAY DIFFRACTION98.86
5.06-39.450.19731840.17831461X-RAY DIFFRACTION97.05
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.853741533621.89485149728-1.045205118456.14042297181-0.07454084608066.79029498430.04126879824260.1827450322440.494231153581-0.01650737012620.113893524138-0.569101714697-0.1218579892580.796591706709-0.1522434665530.1994676941580.0148789207114-0.02497976263160.2847046253290.02610376526350.2670289614536.704982331946.97022609232-17.6194703589
25.5233169857-4.208197710490.1423054131746.216019641640.4639843111282.692806753310.01452308827250.2124669615270.0699161400544-0.0047275324305-0.329637311962-0.109092962972-0.3530782857930.1264195866840.2725505600480.254803733172-0.009743431617450.01184497713980.328730006114-0.03388756638260.254212960277-3.2372296533611.2411708067-25.3218713596
33.72142560075-0.7658928292540.3981904149554.95068924145-1.211734853763.766608305610.1243067687880.812164042472-0.323310810193-0.647444685161-0.196321906617-0.06792221139040.443238395830.0772290899580.0139591680640.305567280243-0.05644825453990.01976602430930.391754710496-0.09281439166480.268550325403-8.31143844936-1.36313997204-29.4362262752
40.7397344221280.363618484517-0.2848007229021.96027632256-0.03707852766521.81219647718-0.182897140938-0.0734749604169-0.419305396619-0.1257860371850.2909595789630.04278369979860.514682325125-0.1868038182480.07088593919650.528966247245-0.253007448330.01844677500390.5607926679710.2073085650020.603780374383-3.9943626522-2.022897645223.16918880918
50.2562522032330.226094504622-0.4102217601491.027502500380.4942589474222.96905234593-0.2074434787810.0384854809654-0.132247909249-0.08082008287470.127317889476-0.0635962421440.536632277109-0.0377151327220.1953107928730.3746872280040.214593117753-0.06359257840670.371848266401-0.2348276840190.109070331281-3.98296678591-1.955401864113.18329337975
62.082566639520.54134947651-0.1481478424022.51169297131-0.8216818833134.83861830497-0.02817600347760.2010773984440.04244702037290.0332968169134-0.00830391428774-0.185311717103-0.1735905781530.4707007183580.006766040480940.157546944265-0.0312065878799-0.01637536674440.249078082897-0.0002160187064670.2169893558958.533249791333.8164799256623.2854578591
72.468700856320.221895997141-0.6462324301912.188130227141.79830079441.75446660054-0.151843055711-0.253865610099-0.1529979923490.2080985016230.164391571366-0.01929580706480.3858445975060.1926044949890.02904791704790.2754596157470.0348333595959-0.0119409604840.3116172992850.03401936310290.316845145567.19922132122-9.1189835919924.5824526852
81.555735890080.602515284442-0.357917909391.41422580521-0.2718893182582.44283939335-0.0613240475741-0.013778120212-0.06104736103160.08504760252960.0634228936918-0.1755608079270.06701760258260.115728281750.006338402141450.2227538771590.02657383878520.003302629312230.1841048154620.011622509150.181745549924-2.74417735321-2.1318230772321.7566886215
93.02334144608-0.796723606308-0.9211025399793.84768902956-0.444157046995.782234698-0.0603923511438-0.0865378649029-0.730796705650.3099607643840.1729840194560.05618211258720.733852183144-0.311728753599-0.1412863539510.377046352217-0.148946796442-0.0588267371690.2814042851670.03468067354470.427446341216-11.4043815961-12.750659109126.1002743396
104.68562416168-1.28437313098-2.078966293172.52324523380.6413572892615.489516190030.189256053657-0.2569722086460.205314433537-0.1190510473180.1026987808470.112438209513-0.188614798336-0.298343780006-0.2647125485230.17877547808-0.0195127936935-0.02136075798750.1950780047670.01355676339810.189967433324-14.87560633231.9229157974625.3779346531
114.309579295853.775023420790.2957757323285.07103553681-0.4855115967111.059126408760.0808780195702-0.2554084329310.1385127598360.4660047162230.0468199650335-0.158075615759-0.00106136416545-0.0708385216629-0.107973432750.230272284510.0236346535204-0.03167073203080.242817367633-0.02648601609860.305299964049-4.92191207214.5382957054533.5794728832
122.23592247318-0.1700375047-0.4436079002462.26561182684-0.6092598711081.72633549367-0.0222640919538-0.151238674002-0.282341240390.353252026825-0.04831068249760.06755018082890.403880268195-0.07921426770670.1024375982050.2524085949940.0143033023253-0.0181056436390.2825659159320.01103597167890.292783489144-0.699936143194-11.91012958232.4493646722
133.868612465931.225123477151.718130114111.49997716816-0.2942319423042.28094364971-0.03694665934070.4915472076240.326839936003-0.231860121383-0.02513447992350.387827990139-0.244704982594-0.4068058076170.07168080804110.2672709812070.102428314945-0.005010138967730.4436276718120.05390192801780.418184165549-16.51421527068.73942384205-19.3033255897
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181.66365144272-1.030655290271.979976058522.04242232676-0.9458304253822.435046359640.3413406216930.0197709968808-0.428463776854-0.09993996610020.0404728435548-0.4814779026390.9285730631840.49706696194-0.2837680108290.4031098772230.0569382451858-0.00340434123310.3451024988780.07666958887970.4225024397531.55637132613-9.62469953933-15.718908841
193.063602886131.80870549005-0.5696670059191.16057593195-0.9339377187553.95705295098-0.06793095757880.603671776878-0.339083148199-0.7203763966210.0117391257066-0.0796891770684-0.0917672074647-0.1736857253990.07551461245470.3975709899040.1016426860750.04704762155460.369526410363-0.09103773192780.3759782159476.10780085119-2.86295250309-29.2662158197
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 102 through 120 )BB102 - 120101 - 119
22chain 'B' and (resid 121 through 133 )BB121 - 133120 - 132
33chain 'B' and (resid 134 through 151 )BB134 - 151133 - 150
44chain 'C' and (resid 2 through 13 )CC2 - 13
55chain 'D' and (resid 2 through 13 )DD2 - 13
66chain 'A' and (resid 2 through 27 )AA2 - 271 - 26
77chain 'A' and (resid 28 through 38 )AA28 - 3827 - 37
88chain 'A' and (resid 39 through 82 )AA39 - 8238 - 81
99chain 'A' and (resid 83 through 101 )AA83 - 10182 - 100
1010chain 'A' and (resid 102 through 120 )AA102 - 120101 - 119
1111chain 'A' and (resid 121 through 133 )AA121 - 133120 - 132
1212chain 'A' and (resid 134 through 160 )AA134 - 160133 - 159
1313chain 'B' and (resid 1 through 17 )BB1 - 171 - 17
1414chain 'B' and (resid 18 through 27 )BB18 - 2718 - 27
1515chain 'B' and (resid 28 through 38 )BB28 - 3828 - 38
1616chain 'B' and (resid 39 through 73 )BB39 - 7339 - 73
1717chain 'B' and (resid 74 through 82 )BB74 - 8274 - 82
1818chain 'B' and (resid 83 through 92 )BB83 - 9283 - 92
1919chain 'B' and (resid 93 through 101 )BB93 - 10193 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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