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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ikd | ||||||
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タイトル | Structure of DNA binding domain of McrBC endonuclease bound to DNA: Y41F-L68Y double mutant | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / McrB-NTD / 5-methylcytosine / restriction endonuclease | ||||||
機能・相同性 | ![]() restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / DNA catabolic process / endonuclease activity / GTPase activity / GTP binding ...restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / DNA catabolic process / endonuclease activity / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() DNA molecule (その他) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Adhav, V.A. / Saikrishnan, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of target recognition by the DNA binding domain of McrBC 著者: Adhav, V.A. / Saikrishnan, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 233.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 154 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19693.938 Da / 分子数: 2 / 変異: Y41F,L68Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P15005, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ #2: DNA鎖 | | 分子量: 4016.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他) #3: DNA鎖 | | 分子量: 3927.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他) #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.55 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1-0.2 M Bis-Tris pH 5.5 and 12-24% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→61.86 Å / Num. obs: 20321 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 32.05 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.853 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1594 / CC1/2: 0.603 / % possible all: 93 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3SSE 解像度: 2.1→39.45 Å / SU ML: 0.2893 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2208 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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