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- PDB-8ijp: Structure of DNA binding domain of McrBC endonuclease bound to DN... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ijp | ||||||
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Title | Structure of DNA binding domain of McrBC endonuclease bound to DNA: L68Y mutant | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / McrB-NTD / 5-methylcytosine / restriction endonuclease | ||||||
Function / homology | ![]() restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / DNA restriction-modification system / DNA catabolic process / endonuclease activity / GTPase activity / GTP binding ...restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / DNA restriction-modification system / DNA catabolic process / endonuclease activity / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() DNA molecule (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Adhav, V.A. / Saikrishnan, K. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structural basis of target recognition by the DNA binding domain of McrBC Authors: Adhav, V.A. / Saikrishnan, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 240.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 159 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ijoC ![]() 8ik4C ![]() 8ik8C ![]() 8ikdC ![]() 3sseS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 19709.938 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: L68Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P15005, Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters #2: DNA chain | | Mass: 4016.623 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) DNA molecule (others) #3: DNA chain | | Mass: 3927.561 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) DNA molecule (others) #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.89 Å3/Da / Density % sol: 34.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 / Details: 0.1-0.2 M Bis-Tris pH 5.5 and 12-24% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jan 27, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.55→68.91 Å / Num. obs: 53142 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 20.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 15.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.58 Å / Redundancy: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.869 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2591 / CC1/2: 0.916 / % possible all: 99.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3SSE Resolution: 1.55→62.15 Å / SU ML: 0.1618 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 19.6861 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→62.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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