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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ihz | |||||||||
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タイトル | FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA in complex with (5-(1-(3-(4-chlorophenyl)propyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)-3-hydroxypicolinoyl)glycine | |||||||||
要素 | Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / factor-inhibiting hypoxia-inducible factor / FIH / 2OG dependent dioxygenase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity / Notch binding / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å | |||||||||
データ登録者 | Nakashima, Y. / Corner, T. / Zhang, X. / Schofield, C.J. | |||||||||
資金援助 | 中国, 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024 タイトル: A Small-Molecule Inhibitor of Factor Inhibiting HIF Binding to a Tyrosine-flip Pocket for the Treatment of Obesity. 著者: Wu, Y. / Chen, Y. / Corner, T. / Nakashima, Y. / Salah, E. / Li, Z. / Zhang, L. / Yang, L. / Tumber, A. / Sun, Z. / Wen, Y. / Zhong, A. / Yang, F. / Li, X. / Zhang, Z. / Schofield, C. / Zhang, X. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ihz.cif.gz | 254.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ihz.ent.gz | 174.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ihz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ihz_validation.pdf.gz | 718.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ihz_full_validation.pdf.gz | 725.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ihz_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ihz_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/8ihz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/8ihz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ii0C 1h2kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | ChemComp-P1X / | 分子量: 415.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18ClN5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.05 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.6 M AMMONIUM SULPHATE, 6% PEG 400, 0.1 M HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97624 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.22→74.65 Å / Num. obs: 28505 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.6 % / Biso Wilson estimate: 73.37 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 2.22→2.26 Å / 冗長度: 26.6 % / Rmerge(I) obs: 5.601 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 1381 / CC1/2: 0.285 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1H2K 解像度: 2.22→61.22 Å / SU ML: 0.3589 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.5713 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 96.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22→61.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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