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万見
- PDB-8ih4: Crystal Structure of Intracellular B30.2 Domain of BTN2A2 Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ih4
タイトルCrystal Structure of Intracellular B30.2 Domain of BTN2A2 Mutant
要素Butyrophilin subfamily 2 member A2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Butyrophilin
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Butyrophilin (BTN) family interactions / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of cytokine production / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of cytokine production ...: / : / Butyrophilin (BTN) family interactions / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of cytokine production / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of cytokine production / ERK1 and ERK2 cascade / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / G1/S transition of mitotic cell cycle / T cell receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. ...Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Butyrophilin subfamily 2 member A2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Yang, Y.Y. / Yi, S.M. / Zhang, M.T. / Chen, C.C. / Guo, R.T. / Zhang, Y.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Phosphoantigens glue butyrophilin 3A1 and 2A1 to activate V gamma 9V delta 2 T cells.
著者: Yuan, L. / Ma, X. / Yang, Y. / Qu, Y. / Li, X. / Zhu, X. / Ma, W. / Duan, J. / Xue, J. / Yang, H. / Huang, J.W. / Yi, S. / Zhang, M. / Cai, N. / Zhang, L. / Ding, Q. / Lai, K. / Liu, C. / ...著者: Yuan, L. / Ma, X. / Yang, Y. / Qu, Y. / Li, X. / Zhu, X. / Ma, W. / Duan, J. / Xue, J. / Yang, H. / Huang, J.W. / Yi, S. / Zhang, M. / Cai, N. / Zhang, L. / Ding, Q. / Lai, K. / Liu, C. / Zhang, L. / Liu, X. / Yao, Y. / Zhou, S. / Li, X. / Shen, P. / Chang, Q. / Malwal, S.R. / He, Y. / Li, W. / Chen, C. / Chen, C.C. / Oldfield, E. / Guo, R.T. / Zhang, Y.
履歴
登録2023年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Butyrophilin subfamily 2 member A2
B: Butyrophilin subfamily 2 member A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8232
ポリマ－48,8232
非ポリマー00
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.673, 59.843, 127.612
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Butyrophilin subfamily 2 member A2


分子量: 24411.643 Da / 分子数: 2 / 変異: W374R, M506T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTN2A2, BT2.2, BTF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WVV5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→29.94 Å / Num. obs: 24957 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.62 % / Rmerge(I) obs: 0.1057 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.12→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.4876 / Num. unique obs: 1012

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
SADABSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
SAINTデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZXK

5zxk


解像度: 2.12→29.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 6.93 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2603 1227 4.9 %RANDOM
Rwork0.2042 ---
obs0.2071 23654 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.9 Å2 / Biso mean: 36.295 Å2 / Biso min: 17.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.43 Å20 Å20 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3----1.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3158 0 0 134 3292
Biso mean---35.8 -
残基数----392
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133297
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.6534485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.221.5736917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1985400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.14119.423208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.81715523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5861541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02807
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.175 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 99 -
Rwork0.286 1697 -
all-1796 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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