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- PDB-8ifg: Cryo-EM structure of the Clr6S (Clr6-HDAC) complex from S. pombe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ifg
タイトルCryo-EM structure of the Clr6S (Clr6-HDAC) complex from S. pombe
要素
  • Chromatin modification-related protein eaf3
  • Cph1
  • Cph2
  • Histone deacetylase clr6
  • Paired amphipathic helix protein pst2
  • RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1
キーワードTRANSCRIPTION / Rpd3S / Histone deacetylase / HDAC / Clr6 / Rpd3 / Clr6S / Clr6 HDAC
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K5 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K8 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K14 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / HDACs deacetylate histones / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / SUMOylation of chromatin organization proteins / H3-H4 histone complex chaperone activity / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / Rpd3L complex ...histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K5 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K8 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K14 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / HDACs deacetylate histones / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / SUMOylation of chromatin organization proteins / H3-H4 histone complex chaperone activity / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / Rpd3L complex / Rpd3L-Expanded complex / Rpd3S complex / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / DNA repair-dependent chromatin remodeling / NuA4 histone acetyltransferase complex / Sin3-type complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / epigenetic regulation of gene expression / mitotic spindle / transcription corepressor activity / heterochromatin formation / histone binding / molecular adaptor activity / chromatin remodeling / DNA repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / MSL3 chromodomain-like / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix ...: / : / MSL3 chromodomain-like / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile. / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / Histone deacetylase / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / WD domain, G-beta repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Paired amphipathic helix protein pst2 / Chromatin modification-related protein eaf3 / RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1 / Histone deacetylase clr6 / Uncharacterized protein C2F7.07c / Uncharacterized protein C16C9.05
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhang, H.Q. / Wang, X. / Wang, Y.N. / Liu, S.M. / Zhang, Y. / Xu, K. / Ji, L.T. / Kornberg, R.D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Class I histone deacetylase complex: Structure and functional correlates.
著者: Xiao Wang / Yannan Wang / Simiao Liu / Yi Zhang / Ke Xu / Liting Ji / Roger D Kornberg / Heqiao Zhang /
要旨: The Clr6S complex, a class I histone deacetylase complex, functions as a zinc-dependent enzyme to remove acetyl groups from lysine residues in histone tails. We report here the cryo-EM structure of ...The Clr6S complex, a class I histone deacetylase complex, functions as a zinc-dependent enzyme to remove acetyl groups from lysine residues in histone tails. We report here the cryo-EM structure of Clr6S alone and a cryo-EM map of Clr6S in complex with a nucleosome. The active center, revealed at near-atomic resolution, includes features important for catalysis-A water molecule coordinated by zinc, the likely nucleophile for attack on the acetyl-lysine bond, and a loop that may position the substrate for catalysis. The cryo-EM map in the presence of a nucleosome reveals multiple Clr6S-nucleosome contacts and a high degree of relative motion of Clr6S and the nucleosome. Such flexibility may be attributed to interaction at a site in the flexible histone tail and is likely important for the function of the deacetylase, which acts at multiple sites in other histone tails.
履歴
登録2023年2月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月23日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1
A: Paired amphipathic helix protein pst2
C: Histone deacetylase clr6
E: Chromatin modification-related protein eaf3
D: Chromatin modification-related protein eaf3
F: Cph1
P: Cph2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)411,81010
ポリマ－411,6147
非ポリマー1963
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 6種, 7分子 BACEDFP

#1: タンパク質 RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1


分子量: 48528.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: prw1, SPAC29A4.18 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O14021
#2: タンパク質 Paired amphipathic helix protein pst2 / SIN3 homolog 2


分子量: 125011.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: pst2, SPAC23C11.15 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O13919
#3: タンパク質 Histone deacetylase clr6 / Cryptic loci regulator 6


分子量: 45773.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: clr6, SPBC36.05c / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O59702, histone deacetylase
#4: タンパク質 Chromatin modification-related protein eaf3 / Altered polarity protein 13 / ESA1-associated factor 3


分子量: 39191.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: alp13, eaf3, SPAC23H4.12 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O13953
#5: タンパク質 Cph1


分子量: 45046.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: SPAC16C9.05 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q09819
#6: タンパク質 Cph2


分子量: 68871.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: SPAC2F7.07c / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q09698

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非ポリマー , 2種, 4分子

#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of the Clr6-HDAC (Clr6S) complex from S. pombe
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.6 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 721645 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01219542
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.71326495
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.5682557
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0462873
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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