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- PDB-8ib9: Respiratory complex CI:CIII2, type IB, Wild type mouse under cold... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8ib9
タイトルRespiratory complex CI:CIII2, type IB, Wild type mouse under cold temperature
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 8
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 12
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ...) x 11
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ...) x 3
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ...) x 7
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • Acyl carrier protein, mitochondrial
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
キーワードELECTRON TRANSPORT / Respiratory complex / Respiratory supercomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / subthalamus development / pons development / pyramidal neuron development / Mitochondrial protein import / cerebellar Purkinje cell layer development / response to injury involved in regulation of muscle adaptation / reproductive system development / Protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation ...Complex III assembly / subthalamus development / pons development / pyramidal neuron development / Mitochondrial protein import / cerebellar Purkinje cell layer development / response to injury involved in regulation of muscle adaptation / reproductive system development / Protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Complex I biogenesis / RHOG GTPase cycle / Respiratory electron transport / response to mercury ion / protein insertion into mitochondrial inner membrane / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / thalamus development / blastocyst hatching / circulatory system development / respiratory chain complex III / respiratory system process / psychomotor behavior / ubiquinone-6 biosynthetic process / Mitochondrial protein degradation / response to light intensity / cellular response to oxygen levels / : / iron-sulfur cluster assembly complex / : / : / mitochondrial large ribosomal subunit binding / response to alkaloid / gliogenesis / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / quinol-cytochrome-c reductase / response to copper ion / cellular response to glucocorticoid stimulus / neural precursor cell proliferation / cardiac muscle tissue development / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / response to glucagon / [2Fe-2S] cluster assembly / oxygen sensor activity / adult walking behavior / positive regulation of mitochondrial membrane potential / cellular respiration / midbrain development / response to hydroperoxide / : / hypothalamus development / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / iron-sulfur cluster assembly / positive regulation of ATP biosynthetic process / adult behavior / response to cobalamin / dopamine metabolic process / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / positive regulation of execution phase of apoptosis / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / apoptotic mitochondrial changes / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / respiratory chain complex I / : / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / electron transport coupled proton transport / neuron development / acyl binding / response to hyperoxia / animal organ regeneration / acyl carrier activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / cellular response to interferon-beta / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ATP synthesis coupled electron transport / quinone binding / response to cadmium ion / cellular response to retinoic acid / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / muscle contraction / extrinsic apoptotic signaling pathway / ionotropic glutamate receptor binding / tricarboxylic acid cycle / Neutrophil degranulation / aerobic respiration / visual perception / response to hormone / neurogenesis / respiratory electron transport chain / cerebellum development / reactive oxygen species metabolic process / kidney development / regulation of mitochondrial membrane potential / response to cocaine / hippocampus development / response to activity / synaptic membrane / mitochondrion organization
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / NmrA-like domain / NmrA-like family / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Complex1_LYR-like ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / NmrA-like domain / NmrA-like family / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Complex1_LYR-like / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) / NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / Rieske iron-sulphur protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / : / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / Chem-EHZ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / Chem-EHZ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / UBIQUINONE-10 / UBIQUINONE-1 / Chem-UQ6 / Ubiquinone-9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Cytochrome b / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / Acyl carrier protein, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Shin, Y.-C. / Liao, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)RO1 DK081418 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)RO1 DK089883 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Structural basis of respiratory complex adaptation to cold temperatures.
著者: Young-Cheul Shin / Pedro Latorre-Muro / Amina Djurabekova / Oleksii Zdorevskyi / Christopher F Bennett / Nils Burger / Kangkang Song / Chen Xu / Joao A Paulo / Steven P Gygi / Vivek Sharma / ...著者: Young-Cheul Shin / Pedro Latorre-Muro / Amina Djurabekova / Oleksii Zdorevskyi / Christopher F Bennett / Nils Burger / Kangkang Song / Chen Xu / Joao A Paulo / Steven P Gygi / Vivek Sharma / Maofu Liao / Pere Puigserver /
要旨: In response to cold, mammals activate brown fat for respiratory-dependent thermogenesis reliant on the electron transport chain. Yet, the structural basis of respiratory complex adaptation upon cold ...In response to cold, mammals activate brown fat for respiratory-dependent thermogenesis reliant on the electron transport chain. Yet, the structural basis of respiratory complex adaptation upon cold exposure remains elusive. Herein, we combined thermoregulatory physiology and cryoelectron microscopy (cryo-EM) to study endogenous respiratory supercomplexes from mice exposed to different temperatures. A cold-induced conformation of CI:III (termed type 2) supercomplex was identified with a ∼25° rotation of CIII around its inter-dimer axis, shortening inter-complex Q exchange space, and exhibiting catalytic states that favor electron transfer. Large-scale supercomplex simulations in mitochondrial membranes reveal how lipid-protein arrangements stabilize type 2 complexes to enhance catalytic activity. Together, our cryo-EM studies, multiscale simulations, and biochemical analyses unveil the thermoregulatory mechanisms and dynamics of increased respiratory capacity in brown fat at the structural and energetic level.
履歴
登録2023年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
B: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
C: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
D: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
E: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
F: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
G: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
H: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
I: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
J: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
K: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
M: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
N: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
O: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
P: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
Q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
R: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
S: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
T: Acyl carrier protein, mitochondrial
U: Acyl carrier protein, mitochondrial
V: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
W: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
X: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
Y: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
Z: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
a: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
b: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
c: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
d: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
e: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
f: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
g: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
h: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
i: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
j: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
k: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
l: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
m: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
n: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
o: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
p: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
r: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
s: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
AA: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
AB: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
AC: Cytochrome b
AD: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
AE: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
AF: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
AG: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
AH: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
AI: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
AJ: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
AK: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
Aa: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
Ab: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
Ac: Cytochrome b
Ad: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
Ae: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
Af: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
Ag: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
Ah: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
Aj: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
Ak: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,630,469121
ポリマ－1,589,93566
非ポリマー40,53455
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 AHJKLMN

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 13223.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P03899, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#8: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 36077.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P03888, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#10: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 18628.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P03925, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#11: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 10609.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P03903, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#12: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 68519.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P03921, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#13: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 51915.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P03911, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#14: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 38772.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P03893, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 7種, 7分子 BCDIQRe

#2: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / Complex I-20kD / CI-20kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit


分子量: 24715.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q9DC70, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#3: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / Complex I-30kD / CI-30kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 30 kDa subunit


分子量: 30191.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q9DCT2, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#4: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / Complex I-49kD / CI-49kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 49 kDa subunit


分子量: 52693.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q91WD5, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#9: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / Complex I-23kD / CI-23kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit


分子量: 24068.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q8K3J1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#17: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Complex I-18 kDa / CI-18 kDa / Complex I-AQDQ / CI-AQDQ / NADH-ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit


分子量: 19814.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CXZ1
#18: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Complex I-13kD-A / CI-13kD-A / NADH-ubiquinone oxidoreductase 13 kDa-A subunit


分子量: 13041.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P52503
#30: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / Complex I-15 kDa / CI-15 kDa / NADH-ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit


分子量: 12675.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q99LY9

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 3種, 3分子 EFs

#5: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit


分子量: 27318.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q9D6J6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#6: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / Complex I-51kD / CI-51kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51 kDa subunit


分子量: 50904.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q91YT0, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#44: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Complex I-9kD / CI-9kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit


分子量: 11833.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BK30

-
タンパク質 , 4種, 7分子 GTUACAcADAd

#7: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / Complex I-75kD / CI-75kD


分子量: 79866.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q91VD9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#20: タンパク質 Acyl carrier protein, mitochondrial / ACP / CI-SDAP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 17390.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CR21
#47: タンパク質 Cytochrome b / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit


分子量: 43240.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P00158
#48: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome c1 subunit / Cytochrome c-1


分子量: 35374.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D0M3, quinol-cytochrome-c reductase

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NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 12種, 12分子 OPSVWXYZabqr

#15: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / Complex I-42kD / CI-42kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 42 kDa subunit


分子量: 40657.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q99LC3
#16: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / Complex I-39kD / CI-39kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit


分子量: 42588.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DC69
#19: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / Complex I-B8 / CI-B8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B8 subunit


分子量: 10932.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQ75
#21: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / Complex I subunit B13 / Complex I-13kD-B / CI-13kD-B / NADH-ubiquinone oxidoreductase 13 kDa-B subunit


分子量: 13380.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CPP6
#22: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / Complex I-B14 / CI-B14 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B14 subunit


分子量: 15311.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQZ5
#23: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / Complex I-19kD / CI-19kD / Complex I-PGIV / CI-PGIV / NADH-ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit


分子量: 20025.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DCJ5
#24: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / Complex I-B14.7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.7


分子量: 15130.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: G5E814
#25: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Cell death regulatory protein GRIM-19 / Complex I-B16.6 / CI-B16.6 / Gene associated with retinoic ...Cell death regulatory protein GRIM-19 / Complex I-B16.6 / CI-B16.6 / Gene associated with retinoic and interferon-induced mortality 19 protein / GRIM-19 / Gene associated with retinoic and IFN-induced mortality 19 protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase B16.6 subunit


分子量: 16881.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9ERS2
#26: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Complex I-MWFE / CI-MWFE / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit


分子量: 8149.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O35683
#27: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / Complex I-B9 / CI-B9 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B9 subunit


分子量: 9338.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQ91
#42: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Complex I-B17.2 / CI-B17.2 / CIB17.2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B17.2


分子量: 17112.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q7TMF3
#43: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / Complex I-B14.5a / CI-B14.5a / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a


分子量: 12595.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9Z1P6

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 cd

#28: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / Complex I-KFYI / CI-KFYI / NADH-ubiquinone oxidoreductase KFYI subunit


分子量: 8636.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQY9
#29: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / Complex I-B14.5b / CI-B14.5b / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5b


分子量: 14185.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQ54

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 11種, 11分子 fghijklmnop

#31: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / Complex I-MNLL / CI-MNLL / NADH-ubiquinone oxidoreductase MNLL subunit


分子量: 6965.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P0DN34
#32: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / Complex I-ESSS / CI-ESSS / NADH-ubiquinone oxidoreductase ESSS subunit / Neuronal protein 15.6 / ...Complex I-ESSS / CI-ESSS / NADH-ubiquinone oxidoreductase ESSS subunit / Neuronal protein 15.6 / Np15.6 / p15.6


分子量: 17463.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O09111
#33: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / Complex I-SGDH / CI-SGDH / NADH-ubiquinone oxidoreductase SGDH subunit


分子量: 21742.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQH3
#34: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / Complex I-B17 / CI-B17 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B17 subunit


分子量: 15540.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q3UIU2
#35: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / Complex I-AGGG / CI-AGGG / NADH-ubiquinone oxidoreductase AGGG subunit


分子量: 11982.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CPU2
#36: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / Complex I-B12 / CI-B12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit


分子量: 11714.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQZ6
#37: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Complex I-ASHI / CI-ASHI / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit


分子量: 21903.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D6J5
#38: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / Complex I-B15 / CI-B15 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit


分子量: 15105.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQC7
#39: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Complex I-B22 / CI-B22 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B22 subunit


分子量: 22020.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQJ8
#40: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Complex I-B18 / CI-B18 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit


分子量: 16360.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CR61
#41: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / Complex I-PDSW / CI-PDSW / NADH-ubiquinone oxidoreductase PDSW subunit


分子量: 21054.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DCS9

-
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 8種, 17分子 AAAaABAbAEAIAeAFAfAGAgAHAhAJAjAKAk

#45: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Complex III subunit 1 / Core protein I / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 1


分子量: 52910.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CZ13
#46: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Complex III subunit 2 / Core protein II / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2


分子量: 48289.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DB77
#49: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Complex III subunit 5 / Cytochrome b-c1 complex subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / ...Complex III subunit 5 / Cytochrome b-c1 complex subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Rieske protein UQCRFS1 / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit


分子量: 29406.635 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CR68, quinol-cytochrome-c reductase
#50: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7


分子量: 13587.532 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQB4
#51: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Complex III subunit 8 / Complex III subunit VIII / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 9.5 kDa ...Complex III subunit 8 / Complex III subunit VIII / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 9.5 kDa protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C


分子量: 9783.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQ69
#52: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Complex III subunit 6 / Complex III subunit VIII / Cytochrome c1 non-heme 11 kDa protein / ...Complex III subunit 6 / Complex III subunit VIII / Cytochrome c1 non-heme 11 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein


分子量: 10452.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P99028
#53: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7 kDa protein / Ubiquinol- ...Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7 kDa protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein


分子量: 7457.526 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8R1I1
#54: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Complex III subunit 10 / Complex III subunit XI / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.4 kDa protein


分子量: 6546.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CPX8

-
非ポリマー , 16種, 55分子

#55: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#56: 化合物 ChemComp-UQ1 / UBIQUINONE-1 / ユビキノン1


分子量: 250.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#57: 化合物 ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#58: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#59: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#60: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#61: 化合物 ChemComp-UQ9 / Ubiquinone-9 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(2E,6E,10E,14Z,18E,22E,26E,30Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35-nonamethylhexatriaconta-2,6,10,14,18 ,22,26,30,34-nonaen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione


分子量: 795.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H82O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#62: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#63: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#64: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#65: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#66: 化合物 ChemComp-EHZ / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate


分子量: 584.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O9PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#67: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#68: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#69: 化合物 ChemComp-UQ6 / 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL


分子量: 592.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H60O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#70: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Respiratory Supercomplex CI:CIII2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#54 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.32 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.33 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1146.1GATAN K3 (6k x 4k)
2145.9GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37608 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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