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- EMDB-35316: Respiratory complex CIII2, focus-refined of type I, Wild type mou... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35316
タイトルRespiratory complex CIII2, focus-refined of type I, Wild type mouse under thermoneutral temperature
マップデータFocus-refined map, CIII2, Thermoneutral, Type I of Respiratory Supercomplex CI:CIII2
試料
  • 複合体: Respiratory complex
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 7種
キーワードRespiratory complex / Respiratory supercomplex / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


response to D-galactosamine / Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / response to mercury ion / Respiratory electron transport / pyramidal neuron development / thalamus development / mitochondrial respiratory chain complex III assembly ...response to D-galactosamine / Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / response to mercury ion / Respiratory electron transport / pyramidal neuron development / thalamus development / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / cellular respiration / Mitochondrial protein degradation / response to copper ion / response to alkaloid / respiratory chain complex III / response to glucagon / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / hypothalamus development / midbrain development / response to cobalamin / electron transport coupled proton transport / response to hyperoxia / animal organ regeneration / response to cadmium ion / response to hormone / hippocampus development / response to activity / respiratory electron transport chain / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to toxic substance / response to calcium ion / myelin sheath / response to ethanol / response to hypoxia / mitochondrial inner membrane / response to xenobiotic stimulus / heme binding / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Shin Y-C / Liao M
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)RO1 DK081418 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)RO1 DK089883 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Structural basis of respiratory complex adaptation to cold temperatures.
著者: Young-Cheul Shin / Pedro Latorre-Muro / Amina Djurabekova / Oleksii Zdorevskyi / Christopher F Bennett / Nils Burger / Kangkang Song / Chen Xu / Joao A Paulo / Steven P Gygi / Vivek Sharma / ...著者: Young-Cheul Shin / Pedro Latorre-Muro / Amina Djurabekova / Oleksii Zdorevskyi / Christopher F Bennett / Nils Burger / Kangkang Song / Chen Xu / Joao A Paulo / Steven P Gygi / Vivek Sharma / Maofu Liao / Pere Puigserver /
要旨: In response to cold, mammals activate brown fat for respiratory-dependent thermogenesis reliant on the electron transport chain. Yet, the structural basis of respiratory complex adaptation upon cold ...In response to cold, mammals activate brown fat for respiratory-dependent thermogenesis reliant on the electron transport chain. Yet, the structural basis of respiratory complex adaptation upon cold exposure remains elusive. Herein, we combined thermoregulatory physiology and cryoelectron microscopy (cryo-EM) to study endogenous respiratory supercomplexes from mice exposed to different temperatures. A cold-induced conformation of CI:III (termed type 2) supercomplex was identified with a ∼25° rotation of CIII around its inter-dimer axis, shortening inter-complex Q exchange space, and exhibiting catalytic states that favor electron transfer. Large-scale supercomplex simulations in mitochondrial membranes reveal how lipid-protein arrangements stabilize type 2 complexes to enhance catalytic activity. Together, our cryo-EM studies, multiscale simulations, and biochemical analyses unveil the thermoregulatory mechanisms and dynamics of increased respiratory capacity in brown fat at the structural and energetic level.
履歴
登録2023年2月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月18日-
マップ公開2024年9月18日-
更新2024年12月4日-
現状2024年12月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35316.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35316.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focus-refined map, CIII2, Thermoneutral, Type I of Respiratory Supercomplex CI:CIII2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.4 Å		1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.4 Å		1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.3696988 - 2.3626223
平均 (標準偏差)0.0017819643 (±0.075572096)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_35316_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Focus-refined map, CIII2, Thermoneutral, Type I of Respiratory...

ファイルemd_35316_half_map_1.map
注釈Focus-refined map, CIII2, Thermoneutral, Type I of Respiratory Supercomplex CI:CIII2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Focus-refined map, CIII2, Thermoneutral, Type I of Respiratory...

ファイルemd_35316_half_map_2.map
注釈Focus-refined map, CIII2, Thermoneutral, Type I of Respiratory Supercomplex CI:CIII2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Respiratory complex

全体名称: Respiratory complex
要素
  • 複合体: Respiratory complex
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

+
超分子 #1: Respiratory complex

超分子名称: Respiratory complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
分子 #1: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 52.910594 KDa
配列文字列: MAASAVCRAA CSGTQVLLRT RRSPALLRLP ALRGTATFAQ ALQSVPETQV SILDNGLRVA SEQSSHATCT VGVWIDAGSR YETEKNNGA GYFLEHLAFK GTKNRPGNAL EKEVESIGAH LNAYSTREHT AYLIKALSKD LPKVVELLAD IVQNSSLEDS Q IEKERDVI ...文字列:
MAASAVCRAA CSGTQVLLRT RRSPALLRLP ALRGTATFAQ ALQSVPETQV SILDNGLRVA SEQSSHATCT VGVWIDAGSR YETEKNNGA GYFLEHLAFK GTKNRPGNAL EKEVESIGAH LNAYSTREHT AYLIKALSKD LPKVVELLAD IVQNSSLEDS Q IEKERDVI LREMQENDAS MQNVVFDYLH ATAFQGTPLA QAVEGPSENV RRLSRTDLTD YLNRHYKAPR MVLAAAGGVE HQ QLLDLAQ KHLSSVSRVY EEDAVPGLTP CRFTGSEIRH RDDALPLAHV AIAVEGPGWA NPDNVTLQVA NAIIGHYDCT YGG GVHLSS PLASVAVANK LCQSFQTFNI SYSDTGLLGA HFVCDAMSID DMVFFLQGQW MRLCTSATES EVTRGKNILR NALV SHLDG TTPVCEDIGR SLLTYGRRIP LAEWESRIQE VDAQMLRDIC SKYFYDQCPA VAGYGPIEQL PDYNRIRSGM FWLRF

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

+
分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 48.28973 KDa
配列文字列: MKLLSRAGSF SRFYSLKVAP KVKTSAAPGG VPLQPQDLEF TKLPNGLVIA SLENYAPLSR IGLFVKAGSR YEDSNNLGTS HLLRLASSL TTKGASSFKI TRGIEAVGGK LSVTATRENM AYTVEGIRSD IEILMEFLLN VTTAPEFRRW EVAALRSQLK I DKAVAFQN ...文字列:
MKLLSRAGSF SRFYSLKVAP KVKTSAAPGG VPLQPQDLEF TKLPNGLVIA SLENYAPLSR IGLFVKAGSR YEDSNNLGTS HLLRLASSL TTKGASSFKI TRGIEAVGGK LSVTATRENM AYTVEGIRSD IEILMEFLLN VTTAPEFRRW EVAALRSQLK I DKAVAFQN SQTRIIENLH DVAYKNALAN PLYCPDYRMG KITSEELHYF VQNHFTSARM ALVGLGVSHS VLKQVAEQFL NM RGGLGLA GAKAKYRGGE IREQNGDNLV HAAIVAESAA IGNAEANAFS VLQHLLGAGP HIKRGNNTTS LLSQSVAKGS HQP FDVSAF NASYSDSGLF GIYTISQAAA AGEVINAAYN QVKAVAQGNL SSADVQAAKN KLKAGYLMSV ETSEGFLSEI GSQA LAAGS YMPPSTVLQQ IDSVADADVV KAAKKFVSGK KSMAASGNLG HTPFLDEL

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

+
分子 #3: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 43.240305 KDa
配列文字列: MTNMRKTHPL FKIINHSFID LPAPSNISSW WNFGSLLGVC LMVQIITGLF LAMHYTSDTM TAFSSVTHIC RDVNYGWLIR YMHANGASM FFICLFLHVG RGLYYGSYTF METWNIGVLL LFAVMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTT L VEWIWGGF ...文字列:
MTNMRKTHPL FKIINHSFID LPAPSNISSW WNFGSLLGVC LMVQIITGLF LAMHYTSDTM TAFSSVTHIC RDVNYGWLIR YMHANGASM FFICLFLHVG RGLYYGSYTF METWNIGVLL LFAVMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTT L VEWIWGGF SVDKATLTRF FAFHFILPFI IAALAIVHLL FLHETGSNNP TGLNSDADKI PFHPYYTIKD ILGILIMFLI LM TLVLFFP DMLGDPDNYM PANPLNTPPH IKPEWYFLFA YAILRSIPNK LGGVLALILS ILILALMPFL HTSKQRSLMF RPI TQILYW ILVANLLILT WIGGQPVEHP FIIIGQLASI SYFSIILILM PISGIIEDKM LKLYP

UniProtKB: Cytochrome b

+
分子 #4: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 35.374652 KDa
配列文字列: MAAAAASLRR TVLGPRGVGL PGASAPGLLG GARSRQLPLR TPQAVSLSSK SGPSRGRKVM LSALGMLAAG GAGLAVALHS AVSASDLEL HPPSYPWSHR GLLSSLDHTS IRRGFQVYKQ VCSSCHSMDY VAYRHLVGVC YTEEEAKALA EEVEVQDGPN D DGEMFMRP ...文字列:
MAAAAASLRR TVLGPRGVGL PGASAPGLLG GARSRQLPLR TPQAVSLSSK SGPSRGRKVM LSALGMLAAG GAGLAVALHS AVSASDLEL HPPSYPWSHR GLLSSLDHTS IRRGFQVYKQ VCSSCHSMDY VAYRHLVGVC YTEEEAKALA EEVEVQDGPN D DGEMFMRP GKLSDYFPKP YPNPEAARAA NNGALPPDLS YIVRARHGGE DYVFSLLTGY CEPPTGVSLR EGLYFNPYFP GQ AIGMAPP IYTEVLEYDD GTPATMSQVA KDVATFLRWA SEPEHDHRKR MGLKMLLMMG LLLPLTYAMK RHKWSVLKSR KLA YRPPK

UniProtKB: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 29.406635 KDa
配列文字列: MLSVAARSGP FAPVLSATSR GVAGALRPLL QGAVPAASEP PVLDVKRPFL CRESLSGQAA ARPLVATVGL NVPASVRFSH TDVKVPDFS DYRRAEVLDS TKSSKESSEA RKGFSYLVTA TTTVGVAYAA KNVVSQFVSS MSASADVLAM SKIEIKLSDI P EGKNMAFK ...文字列:
MLSVAARSGP FAPVLSATSR GVAGALRPLL QGAVPAASEP PVLDVKRPFL CRESLSGQAA ARPLVATVGL NVPASVRFSH TDVKVPDFS DYRRAEVLDS TKSSKESSEA RKGFSYLVTA TTTVGVAYAA KNVVSQFVSS MSASADVLAM SKIEIKLSDI P EGKNMAFK WRGKPLFVRH RTKKEIDQEA AVEVSQLRDP QHDLDRVKKP EWVILIGVCT HLGCVPIANA GDFGGYYCPC HG SHYDASG RIRKGPAPLN LEVPAYEFTS DDVVVVG

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.587532 KDa
配列文字列:
MAGRSAVSAS SKWLDGFRKW YYNAAGFNKL GLMRDDTLHE TEDVKEAIRR LPEDLYNDRM FRIKRALDLT MRHQILPKDQ WTKYEEDKF YLEPYLKEVI RERKEREEWA KK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

+
分子 #7: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 9.783245 KDa
配列文字列:
MGREFGNLAR IRHVISYSLS PFEQRAFPSY FSKGIPNVLR RTRERILRVA PPFVVVYLIY TWGNQEFEQS KRKNPAMYEN DK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 10.452694 KDa
配列文字列:
MGLEDERKML TGSGDPKEEE EEELVDPLTT VREHCEQLEK CVKARERLEL CDNRVSSRSQ TEEDCTEELF DFLHARDHCV AHKLFKNLK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

+
分子 #9: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 7.457526 KDa
配列文字列:
MSSPTIPSRL YSLLFRRTST FALTIAVGAL FFERAFDQGA DAIYEHINEG KLWKHIKHKY ENKE

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

+
分子 #10: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 6.546627 KDa
配列文字列:
MLSRFLGPRY RELARNWIPT AGMWGTVGAV GLVWATDWRL ILDWVPYING KFKKDD

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

+
分子 #11: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 6 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #12: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #13: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

+
分子 #14: 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)...

分子名称: 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: UQ6
分子量理論値: 592.891 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ6:
5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL

+
分子 #15: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #16: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 5 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #17: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.33 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 46.6 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7o3h

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 85845
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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