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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iab | |||||||||
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タイトル | The Arabidopsis CLCa transporter bound with chloride, ATP and PIP2 | |||||||||
要素 | Chloride channel protein CLC-a | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Transporter (運搬体タンパク質) / ATP (アデノシン三リン酸) / PIP2 (ホスファチジルイノシトール4,5-ビスリン酸) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrate:proton symporter activity / nitrate transmembrane transport / nitrate transmembrane transporter activity / response to nitrate / plant-type vacuole membrane / voltage-gated chloride channel activity / chloride transport / chloride channel complex 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang, Z. / Zhang, X. / Zhang, P. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Molecular mechanism underlying regulation of Arabidopsis CLCa transporter by nucleotides and phospholipids. 著者: Zhao Yang / Xue Zhang / Shiwei Ye / Jingtao Zheng / Xiaowei Huang / Fang Yu / Zhenguo Chen / Shiqing Cai / Peng Zhang / 要旨: Chloride channels (CLCs) transport anion across membrane to regulate ion homeostasis and acidification of intracellular organelles, and are divided into anion channels and anion/proton antiporters. ...Chloride channels (CLCs) transport anion across membrane to regulate ion homeostasis and acidification of intracellular organelles, and are divided into anion channels and anion/proton antiporters. Arabidopsis thaliana CLCa (AtCLCa) transporter localizes to the tonoplast which imports NO and to a less extent Cl from cytoplasm. The activity of AtCLCa and many other CLCs is regulated by nucleotides and phospholipids, however, the molecular mechanism remains unclear. Here we determine the cryo-EM structures of AtCLCa bound with NO and Cl, respectively. Both structures are captured in ATP and PI(4,5)P bound conformation. Structural and electrophysiological analyses reveal a previously unidentified N-terminal β-hairpin that is stabilized by ATP binding to block the anion transport pathway, thereby inhibiting the AtCLCa activity. While AMP loses the inhibition capacity due to lack of the β/γ- phosphates required for β-hairpin stabilization. This well explains how AtCLCa senses the ATP/AMP status to regulate the physiological nitrogen-carbon balance. Our data further show that PI(4,5)P or PI(3,5)P binds to the AtCLCa dimer interface and occupies the proton-exit pathway, which may help to understand the inhibition of AtCLCa by phospholipids to facilitate guard cell vacuole acidification and stomatal closure. In a word, our work suggests the regulatory mechanism of AtCLCa by nucleotides and phospholipids under certain physiological scenarios and provides new insights for future study of CLCs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8iab.cif.gz | 250.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8iab.ent.gz | 201.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8iab.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/8iab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/8iab | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 35299MC 8iadC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 85488.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: CLC-A, CBSCLC5, At5g40890, MHK7.12 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P92941 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The Arabidopsis CLCa transporter / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
由来(組換発現) | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 56.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 135900 / 対称性のタイプ: POINT |