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万見
- PDB-8i5m: Rat Kir4.1 in complex with PIP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i5m
タイトルRat Kir4.1 in complex with PIP2
要素ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10
キーワードMEMBRANE PROTEIN / kir4.1 / ion channel / transport protein
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate reuptake / Potassium transport channels / L-glutamate import / central nervous system myelination / response to blue light / regulation of resting membrane potential / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / potassium ion homeostasis / inward rectifier potassium channel activity / non-motile cilium assembly ...glutamate reuptake / Potassium transport channels / L-glutamate import / central nervous system myelination / response to blue light / regulation of resting membrane potential / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / potassium ion homeostasis / inward rectifier potassium channel activity / non-motile cilium assembly / optic nerve development / oligodendrocyte development / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / membrane hyperpolarization / cellular response to potassium ion / adult walking behavior / response to mineralocorticoid / astrocyte projection / ciliary base / potassium ion import across plasma membrane / microvillus / monoatomic ion channel complex / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / visual perception / response to glucocorticoid / regulation of membrane potential / establishment of localization in cell / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / potassium ion transport / presynapse / cell body / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / signaling receptor binding / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir1.2 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PIO / ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Zhao, C. / Guo, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, China)Frontier Science Center for Brain Science & Brain-Machine Integration, Zhejiang University 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Pharmacological inhibition of Kir4.1 evokes rapid-onset antidepressant responses.
著者: Xiaoyu Zhou / Cheng Zhao / Haiyan Xu / Yixiang Xu / Li Zhan / Pei Wang / Jingyi He / Taotao Lu / Yueling Gu / Yan Yang / Chanjuan Xu / Yiyang Chen / Yuxuan Liu / Yue Zeng / Fuyun Tian / Qian ...著者: Xiaoyu Zhou / Cheng Zhao / Haiyan Xu / Yixiang Xu / Li Zhan / Pei Wang / Jingyi He / Taotao Lu / Yueling Gu / Yan Yang / Chanjuan Xu / Yiyang Chen / Yuxuan Liu / Yue Zeng / Fuyun Tian / Qian Chen / Xin Xie / Jianfeng Liu / Hailan Hu / Jian Li / Yueming Zheng / Jiangtao Guo / Zhaobing Gao /
要旨: Major depressive disorder, a prevalent and severe psychiatric condition, necessitates development of new and fast-acting antidepressants. Genetic suppression of astrocytic inwardly rectifying ...Major depressive disorder, a prevalent and severe psychiatric condition, necessitates development of new and fast-acting antidepressants. Genetic suppression of astrocytic inwardly rectifying potassium channel 4.1 (Kir4.1) in the lateral habenula ameliorates depression-like phenotypes in mice. However, Kir4.1 remains an elusive drug target for depression. Here, we discovered a series of Kir4.1 inhibitors through high-throughput screening. Lys05, the most potent one thus far, effectively suppressed native Kir4.1 channels while displaying high selectivity against established targets for rapid-onset antidepressants. Cryogenic-electron microscopy structures combined with electrophysiological characterizations revealed Lys05 directly binds in the central cavity of Kir4.1. Notably, a single dose of Lys05 reversed the Kir4.1-driven depression-like phenotype and exerted rapid-onset (as early as 1 hour) antidepressant actions in multiple canonical depression rodent models with efficacy comparable to that of (S)-ketamine. Overall, we provided a proof of concept that Kir4.1 is a promising target for rapid-onset antidepressant effects.
履歴
登録2023年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年2月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年2月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年6月25日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10
B: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10
C: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10
D: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,1538
ポリマ－155,1674
非ポリマー2,9864
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10 / ATP-sensitive inward rectifier potassium channel KAB-2 / BIR10 / Brain-specific inwardly rectifying ...ATP-sensitive inward rectifier potassium channel KAB-2 / BIR10 / Brain-specific inwardly rectifying K(+) channel 1 / BIRK1 / Inward rectifier K(+) channel Kir4.1 / Potassium channel / inwardly rectifying subfamily J member 10


分子量: 38791.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcnj10, Kab-2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49655
#2: 化合物
ChemComp-PIO / [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸


分子量: 746.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49O19P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rat Kir4.1 in complex with PIP2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 62 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22786 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00820396
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59436912
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.6528148
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0461652
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032900

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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