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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i5m | ||||||
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タイトル | Rat Kir4.1 in complex with PIP2 | ||||||
要素 | ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / kir4.1 / ion channel (イオンチャネル) / transport protein (運搬体タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate reuptake / Potassium transport channels / L-glutamate import / response to blue light / central nervous system myelination / regulation of resting membrane potential / response to mineralocorticoid / cellular response to potassium ion / oligodendrocyte development / astrocyte projection ...glutamate reuptake / Potassium transport channels / L-glutamate import / response to blue light / central nervous system myelination / regulation of resting membrane potential / response to mineralocorticoid / cellular response to potassium ion / oligodendrocyte development / astrocyte projection / inward rectifier potassium channel activity / potassium ion homeostasis / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / membrane hyperpolarization / non-motile cilium assembly / optic nerve development / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / adult walking behavior / monoatomic ion channel complex / ciliary base / potassium ion import across plasma membrane / 微絨毛 / potassium channel activity / response to glucocorticoid / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / 視覚 / establishment of localization in cell / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / potassium ion transport / presynapse / cell body / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / signaling receptor binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, C. / Guo, J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Pharmacological inhibition of astrocytic Kir4.1 channel evokes rapid-onset antidepressant responses 著者: Zhao, C. / Guo, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8i5m.cif.gz | 420.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8i5m.ent.gz | 349.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8i5m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/8i5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/8i5m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 35195MC 8i5nC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38791.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcnj10, Kab-2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49655 #2: 化合物 | ChemComp-PIO / [( 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Rat Kir4.1 in complex with PIP2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 62 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22786 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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