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万見
- PDB-8i55: Wild-type CfbA at 1.99 angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i55
タイトルWild-type CfbA at 1.99 angstrom resolution
要素Sirohydrochlorin cobaltochelatase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Chelatase / Nickel
機能・相同性
機能・相同性情報


sirohydrochlorin nickelchelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase activity / anaerobic cobalamin biosynthetic process / methanogenesis / cobalt ion binding / nickel cation binding
類似検索 - 分子機能
Sirohydrochlorin cobaltochelatase / : / Sirohydrochlorin cobaltochelatase CbiX-like / CbiX
類似検索 - ドメイン・相同性
Sirohydrochlorin cobaltochelatase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Ogawa, S. / Fujishiro, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04639 日本
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the recognition of tetrapyrrole substrates by ancestral class II chelatase CfbA.
著者: Ogawa, S. / Hikita, M. / Fujishiro, T.
履歴
登録2023年1月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sirohydrochlorin cobaltochelatase
B: Sirohydrochlorin cobaltochelatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1082
ポリマ－33,1082
非ポリマー00
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.720, 67.720, 82.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Sirohydrochlorin cobaltochelatase / CbiXS / Sirohydrochlorin nickelchelatase


分子量: 16554.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
遺伝子: cbiX, cfbA, MJ0970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: Q58380, sirohydrochlorin cobaltochelatase, sirohydrochlorin nickelchelatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.3M Na-malonate, 0.1M Tris-HCl, 8% (w/v) Gamma-PGA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月1日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 25589 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.44 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 14.87
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.99-2.090.99934880.7561.0641
2.09-2.190.56128590.9060.5961
2.19-2.30.36626190.9570.3861
2.3-2.50.22336550.9840.2351
2.5-30.11554250.9960.1211
3-3.50.07327690.9970.0771
3.5-40.06415730.9960.0681
4-50.06415430.9970.0681
5-60.0646970.9970.0681
6-100.0737460.9960.0771
10-500.082150.9910.0851

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→47.89 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2023 1279 5 %
Rwork0.1803 --
obs0.1814 25575 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→47.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1887 0 0 79 1966
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091935
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4882618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d33.548262
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.070.30731420.26362692X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.160.27281410.21822686X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.280.22911410.19462673X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.420.2431420.18582700X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.610.20071420.19322705X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.870.27221420.20882689X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.280.17261420.18412697X-RAY DIFFRACTION100
3.29-4.140.1931430.15812708X-RAY DIFFRACTION100
4.14-47.890.18291440.17312746X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7215-1.5223-2.3877.26471.93286.8991-0.0104-0.2965-0.32560.7349-0.07950.39370.33140.16360.0780.4741-0.0085-0.07120.30780.07170.3042-20.476415.676214.228
25.34380.45811.18742.552-0.49217.89480.342-0.31020.09690.4921-0.07470.3418-0.4773-1.5553-0.15040.4260.04080.030.4560.04570.4043-31.787620.65110.4053
38.8973-2.0038-4.5224.74921.75429.20980.20920.33450.732-0.0470.0739-0.3753-0.89830.3676-0.32710.3647-0.097-0.0610.33680.04490.4016-15.193621.5515-1.222
47.5268-1.1352-1.63265.2252.56286.0246-0.09490.6356-0.2515-0.18930.00960.2888-0.1209-0.33640.07160.282-0.01-0.07160.46140.08480.2875-18.180713.4116-15.1373
52.7078-0.5178-0.60763.28681.76437.165-0.01350.2068-0.12030.09920.1776-0.22030.4520.712-0.20430.27460.0157-0.03630.36620.04720.3365-12.87029.2093-6.1634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 118 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 119 through 143 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 57 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 58 through 143 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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