PDB-8i08: Crystal structure of Escherichia coli glyoxylate carboligase quad...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i08

タイトル

Crystal structure of Escherichia coli glyoxylate carboligase quadruple mutant

要素

Glyoxylate carboligase

キーワード

LIGASE / GCL

機能・相同性

機能・相同性情報

tartronate-semialdehyde synthase / tartronate-semialdehyde synthase activity / glycolate catabolic process / acetolactate synthase complex / glyoxylate catabolic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Kim, J.H. / Kim, J.S.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Engineering of two thiamine diphosphate-dependent enzymes for the regioselective condensation of C1-formaldehyde into C4-erythrulose.
著者: Kim, J.H. / Cheon, H. / Jo, H.J. / Kim, J.W. / Kim, G.Y. / Seo, H.R. / Seo, P.W. / Kim, J.S. / Park, J.B.

履歴

登録	2023年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i08.cif.gz	1.8 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i08.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8i08_validation.pdf.gz	11.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8i08_full_validation.pdf.gz	11.1 MB	表示
XML形式データ	8i08_validation.xml.gz	162.7 KB	表示
CIF形式データ	8i08_validation.cif.gz	241.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/8i08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/8i08	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8i01C 8i05C 8i07C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (9) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glyoxylate carboligase

B: Glyoxylate carboligase

C: Glyoxylate carboligase

D: Glyoxylate carboligase

E: Glyoxylate carboligase

F: Glyoxylate carboligase

ヘテロ分子

399 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyoxylate carboligase

B: Glyoxylate carboligase

ヘテロ分子

A: Glyoxylate carboligase

B: Glyoxylate carboligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
266 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glyoxylate carboligase

D: Glyoxylate carboligase

E: Glyoxylate carboligase

F: Glyoxylate carboligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
266 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	188.565, 188.565, 246.486
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-704- MG
2	1	A-1232- HOH
3	1	B-1327- HOH

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Glyoxylate carboligase / Tartronate-semialdehyde synthase 分子量: 64847.652 Da / 分子数: 6 / 変異: N283Q, L478M, R484M, M488L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: gcl / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEP7, tartronate-semialdehyde synthase

#1: タンパク質

Glyoxylate carboligase / Tartronate-semialdehyde synthase

分子量: 64847.652 Da / 分子数: 6 / 変異: N283Q, L478M, R484M, M488L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: gcl / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEP7, tartronate-semialdehyde synthase

-
非ポリマー , 5種, 3852分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-UQ0 / 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-1,4-BENZOQUINONE / 2,3-ジメトキシ-5-メチル-1,4-ベンゾキノン分子量: 182.173 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3818 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10 mM Tris-HCl (pH 8.0), 0.5 M sodium chloride, 40 mM dithiothreitol, 0.5% (v/v) polyethylene glycol 6000 (PEG6K)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 337289 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 19.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.989 / Χ²: 0.089 / Net I/σ(I): 2.1 / Num. measured all: 4914883

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.91-1.94	5.5	0.964	32608	0.33	1	99.3
1.94-1.98	5.8	0.957	32575	0.326	1	99.5
1.98-2.02	6.1	0.924	32666	0.33	1	99.5
2.02-2.06	6.3	0.891	32659	0.339	1	99.7
2.06-2.1	6.5	0.855	32674	0.35	1	99.7
2.1-2.15	6.5	0.795	32744	0.36	1	99.7
2.15-2.2	6.1	0.743	32588	0.36	1	99.5
2.2-2.26	6.9	0.698	32742	0.395	1	99.6
2.26-2.33	7.2	0.661	32646	0.394	1	99.7
2.33-2.41	7.3	0.595	32655	0.414	1	99.6
2.41-2.49	7.3	0.542	32603	0.443	1	99.5
2.49-2.59	7.3	0.469	32569	0.485	1	99.4
2.59-2.71	6.8	0.417	32637	0.501	1	99.5
2.71-2.85	8	0.365	32667	0.548	1	99.5
2.85-3.03	8.1	0.302	32593	0.631	1	99.5
3.03-3.27	8.3	0.243	32718	0.747	1	99.7
3.27-3.59	8.3	0.183	32723	0.948	1	99.8
3.59-4.11	9.8	0.144	32729	1.096	1	99.8
4.11-5.18	10	0.11	32729	1.191	1	99.8
5.18-50	12.2	0.074	32837	0.813	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	v2.0	精密化
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.91→49.92 Å / SU ML: 0.305 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.8011
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2717	9986	2.96 %
R_work	0.2254	326923	-
obs	0.2268	336909	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→49.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27239	0	640	3818	31697

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0077	28457
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9955	38705
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0611	4314
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0101	4992
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.945	10331

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.91-1.93	0.3892	316	0.3844	10336	X-RAY DIFFRACTION	95.09
1.93-1.96	0.3825	330	0.3762	10804	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.96-1.98	0.3925	330	0.3736	10822	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.98-2.01	0.3586	332	0.3634	10835	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.01-2.03	0.3652	330	0.3564	10784	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.03-2.06	0.3573	330	0.3525	10800	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.06-2.09	0.3845	331	0.3477	10868	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.09-2.12	0.3561	332	0.3299	10872	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.12-2.15	0.3452	331	0.3181	10845	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.15-2.19	0.3303	331	0.3078	10820	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.19-2.23	0.3381	331	0.2953	10853	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.23-2.27	0.3654	332	0.2893	10870	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.27-2.31	0.3057	331	0.272	10822	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.31-2.36	0.2976	334	0.2646	10913	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.36-2.41	0.3208	331	0.2579	10825	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.41-2.46	0.2855	332	0.2468	10866	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.46-2.53	0.2883	332	0.2414	10863	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.53-2.59	0.2958	331	0.2294	10855	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.59-2.67	0.2796	332	0.2245	10876	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.67-2.76	0.2795	332	0.2161	10881	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.76-2.86	0.2508	334	0.1953	10904	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.86-2.97	0.2434	332	0.1908	10903	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.97-3.11	0.2609	333	0.1876	10954	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.11-3.27	0.2258	333	0.1734	10927	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.27-3.47	0.2288	337	0.1606	10987	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.47-3.74	0.233	337	0.1561	11010	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.74-4.12	0.1776	337	0.1396	11066	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.12-4.71	0.1993	338	0.138	11086	X-RAY DIFFRACTION	99.43
4.71-5.94	0.207	341	0.159	11195	X-RAY DIFFRACTION	99.7
5.94-49.92	0.2087	353	0.1744	11481	X-RAY DIFFRACTION	98.65

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -47.5326656329 Å / Origin y: 55.8064711339 Å / Origin z: -109.266986153 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.185745994608 Å²	-0.0139154664093 Å²	-0.00417283380777 Å²	-	0.154413426895 Å²	0.00255787136035 Å²	-	-	0.185544109054 Å²
L	0.0601197366062 °²	-0.0267182992848 °²	0.0235818861151 °²	-	0.0773772420304 °²	-0.0588741064069 °²	-	-	0.0418912455492 °²
S	0.0315900177253 Å °	0.0844084279706 Å °	-0.0465435995573 Å °	-0.0673832339327 Å °	-0.0210248845784 Å °	0.00186624642316 Å °	0.0200506934762 Å °	0.0076167201973 Å °	-0.00901559288181 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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新型コロナ情報

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