PDB-8i07: Crystal structure of Escherichia coli glyoxylate carboligase doub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i07

タイトル

Crystal structure of Escherichia coli glyoxylate carboligase double mutant in complex with glycolaldehyde

要素

Glyoxylate carboligase

キーワード

LIGASE / GCL

機能・相同性

機能・相同性情報

tartronate-semialdehyde synthase / tartronate-semialdehyde synthase activity / glycolate catabolic process / acetolactate synthase complex / glyoxylate catabolic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Kim, J.H. / Kim, J.S.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Engineering of two thiamine diphosphate-dependent enzymes for the regioselective condensation of C1-formaldehyde into C4-erythrulose.
著者: Kim, J.H. / Cheon, H. / Jo, H.J. / Kim, J.W. / Kim, G.Y. / Seo, H.R. / Seo, P.W. / Kim, J.S. / Park, J.B.

履歴

登録	2023年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i07.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i07.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i07.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8i07_validation.pdf.gz	12.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8i07_full_validation.pdf.gz	12.8 MB	表示
XML形式データ	8i07_validation.xml.gz	155.8 KB	表示
CIF形式データ	8i07_validation.cif.gz	226.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/8i07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/8i07	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8i01C 8i05C 8i08C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (9) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (9)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (2)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glyoxylate carboligase

B: Glyoxylate carboligase

C: Glyoxylate carboligase

D: Glyoxylate carboligase

E: Glyoxylate carboligase

F: Glyoxylate carboligase

ヘテロ分子

400 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyoxylate carboligase

B: Glyoxylate carboligase

ヘテロ分子

A: Glyoxylate carboligase

B: Glyoxylate carboligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
267 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glyoxylate carboligase

D: Glyoxylate carboligase

E: Glyoxylate carboligase

F: Glyoxylate carboligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
267 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	189.299, 189.299, 246.982
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-602- MG

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Glyoxylate carboligase / Tartronate-semialdehyde synthase 分子量: 64847.652 Da / 分子数: 6 / 変異: N283Q, R484M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: gcl, b0507, JW0495 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEP7, tartronate-semialdehyde synthase

#1: タンパク質

Glyoxylate carboligase / Tartronate-semialdehyde synthase

分子量: 64847.652 Da / 分子数: 6 / 変異: N283Q, R484M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: gcl, b0507, JW0495 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEP7, tartronate-semialdehyde synthase

-
非ポリマー , 6種, 2950分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE 分子量: 425.314 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-DW3 / 2-oxidanylethanal 分子量: 60.052 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-UQ1 / UBIQUINONE-1 分子量: 250.290 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₈O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2910 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10 mM Tris-HCl (pH 8.0), 0.5 M sodium chloride, 40 mM dithiothreitol, 0.5% (v/v) polyethylene glycol 6000 (PEG6K)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 302448 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.998 / Χ²: 0.068 / Net I/σ(I): 2.5 / Num. measured all: 6178989

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.99-2.02	9.8	1.837	29063	0.402	1	99.2
2.02-2.06	10	1.641	29232	0.413	1	99.2
2.06-2.1	10	1.464	29139	0.44	1	99.2
2.1-2.14	9.9	1.312	29127	0.432	1	99.1
2.14-2.19	9.9	1.135	29065	0.443	1	99.2
2.19-2.24	9.7	1.016	29147	0.459	1	99.2
2.24-2.3	9.2	0.889	29206	0.503	1	99.5
2.3-2.36	9.8	0.797	29264	0.458	1	99.5
2.36-2.43	10.3	0.695	29312	0.494	1	99.7
2.43-2.51	10.3	0.598	29286	0.513	1	99.8
2.51-2.6	10.3	0.486	29334	0.547	1	99.8
2.6-2.7	10.2	0.434	29338	0.569	1	99.9
2.7-2.82	9.6	0.352	29446	0.585	1	99.9
2.82-2.97	10.8	0.285	29318	0.625	1	100
2.97-3.16	11	0.216	29384	0.694	1	100
3.16-3.4	11.2	0.166	29345	0.798	1	100
3.4-3.74	10.8	0.126	29381	0.993	1	100
3.74-4.29	12.3	0.098	29380	1.139	1	100
4.29-5.4	12.3	0.082	29379	1.151	1	100
5.4-50	13.6	0.062	29426	0.917	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	v2.0	精密化
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→49.89 Å / SU ML: 0.2504 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.7185
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2422	9975	3.31 %
R_work	0.2077	291687	-
obs	0.2088	301662	99.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→49.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27240	0	664	2910	30814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	28476
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9032	38718
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0579	4314
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0098	4992
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.3879	10338

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.01	0.4034	321	0.3763	9424	X-RAY DIFFRACTION	97.17
2.01-2.04	0.3864	330	0.3549	9608	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.04-2.06	0.326	328	0.3367	9595	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.06-2.09	0.3633	327	0.3224	9564	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.09-2.11	0.3484	329	0.316	9628	X-RAY DIFFRACTION	99.17
2.11-2.14	0.3393	330	0.3011	9644	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.14-2.17	0.3296	328	0.295	9591	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.17-2.21	0.3182	331	0.2851	9640	X-RAY DIFFRACTION	99.11
2.21-2.24	0.3055	328	0.2719	9596	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.24-2.28	0.3173	331	0.2698	9669	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.28-2.32	0.3001	328	0.257	9648	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.32-2.36	0.3095	333	0.2487	9692	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.36-2.41	0.2822	331	0.2446	9702	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.41-2.45	0.2657	331	0.2327	9699	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.45-2.51	0.2739	332	0.2228	9682	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.51-2.57	0.2735	332	0.2113	9747	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.57-2.63	0.2772	332	0.2183	9724	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.63-2.7	0.2452	333	0.2128	9725	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.7-2.78	0.2469	333	0.2063	9760	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.78-2.87	0.2672	333	0.2015	9746	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.87-2.97	0.2121	334	0.1962	9752	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.97-3.09	0.2318	331	0.1995	9766	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.09-3.23	0.2284	334	0.1963	9773	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.23-3.4	0.2228	335	0.1852	9796	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.4-3.62	0.2166	336	0.1769	9834	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.62-3.9	0.2105	336	0.174	9834	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.9-4.29	0.1789	338	0.1493	9880	X-RAY DIFFRACTION	99.83
4.29-4.91	0.1762	340	0.1398	9907	X-RAY DIFFRACTION	99.59
4.91-6.18	0.1862	343	0.1625	10017	X-RAY DIFFRACTION	99.77
6.18-49.89	0.1826	347	0.1626	10044	X-RAY DIFFRACTION	96.43

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -47.5704644243 Å / Origin y: 55.6386860196 Å / Origin z: -109.40948927 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.210523927061 Å²	-0.041638765137 Å²	0.0133878491221 Å²	-	0.146154150846 Å²	0.00914385471885 Å²	-	-	0.21744627256 Å²
L	0.146052782577 °²	-0.0497720878529 °²	0.0753131173488 °²	-	0.0546118345822 °²	-0.079652044991 °²	-	-	0.139171950756 °²
S	0.0132025098026 Å °	0.0382516299731 Å °	-0.0249661220508 Å °	5.56055542829E-5 Å °	0.00135494534729 Å °	-0.0208965391867 Å °	0.00379819339703 Å °	0.00623208530866 Å °	-0.0119078651218 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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