PDB-8i01: Crystal structure of Escherichia coli glyoxylate carboligase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i01

タイトル

Crystal structure of Escherichia coli glyoxylate carboligase

要素

Glyoxylate carboligase

キーワード

LIGASE / GCL

機能・相同性

機能・相同性情報

tartronate-semialdehyde synthase / tartronate-semialdehyde synthase activity / glycolate catabolic process / acetolactate synthase complex / glyoxylate catabolic process / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Kim, J.H. / Kim, J.S.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Engineering of two thiamine diphosphate-dependent enzymes for the regioselective condensation of C1-formaldehyde into C4-erythrulose.
著者: Kim, J.H. / Cheon, H. / Jo, H.J. / Kim, J.W. / Kim, G.Y. / Seo, H.R. / Seo, P.W. / Kim, J.S. / Park, J.B.

履歴

登録	2023年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i01.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i01.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i01.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8i01_validation.pdf.gz	7.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8i01_full_validation.pdf.gz	7.3 MB	表示
XML形式データ	8i01_validation.xml.gz	147.6 KB	表示
CIF形式データ	8i01_validation.cif.gz	215.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/8i01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/8i01	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8i05C 8i07C 8i08C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (9) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glyoxylate carboligase

B: Glyoxylate carboligase

C: Glyoxylate carboligase

D: Glyoxylate carboligase

E: Glyoxylate carboligase

F: Glyoxylate carboligase

ヘテロ分子

399 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyoxylate carboligase

B: Glyoxylate carboligase

ヘテロ分子

A: Glyoxylate carboligase

B: Glyoxylate carboligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
266 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Glyoxylate carboligase

D: Glyoxylate carboligase

E: Glyoxylate carboligase

F: Glyoxylate carboligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
266 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	189.617, 189.617, 248.631
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Glyoxylate carboligase / Tartronate-semialdehyde synthase 分子量: 64841.590 Da / 分子数: 6 / 変異: M488L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: gcl, b0507, JW0495 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEP7, tartronate-semialdehyde synthase

#1: タンパク質

Glyoxylate carboligase / Tartronate-semialdehyde synthase

分子量: 64841.590 Da / 分子数: 6 / 変異: M488L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: gcl, b0507, JW0495 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEP7, tartronate-semialdehyde synthase

-
非ポリマー , 5種, 2619分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略) 分子量: 425.314 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-UQ0 / 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-1,4-BENZOQUINONE / 2,3-ジメトキシ-5-メチル-1,4-ベンゾキノン分子量: 182.173 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10 mM Tris-HCl (pH 8.0), 0.5 M sodium chloride, 40 mM dithiothreitol, 0.5% (v/v) polyethylene glycol 6000 (PEG6K), using hanging-drop vapor-diffusion method

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 243437 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / B_iso Wilson estimate: 26.26 Å² / R_merge(I) obs: 0.992 / Χ²: 0.085 / Net I/σ(I): 2.5 / Num. measured all: 5204950

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.15-2.19	9.7	1.581	23522	0.415	1	100
2.19-2.23	9.8	1.45	23486	0.425	1	100
2.23-2.27	9.7	1.261	23559	0.471	1	100
2.27-2.32	9.8	1.16	23589	0.455	1	100
2.32-2.37	9.8	1.077	23463	0.469	1	100
2.37-2.42	9.7	0.949	23566	0.489	1	100
2.42-2.48	9.3	0.824	23481	0.517	1	100
2.48-2.55	9.8	0.7	23459	0.556	1	100
2.55-2.62	10.8	0.642	23546	0.581	1	100
2.62-2.71	11	0.582	23538	0.605	1	100
2.71-2.81	11.1	0.508	23492	0.653	1	100
2.81-2.92	11.4	0.432	23565	0.722	1	100
2.92-3.05	11.5	0.363	23518	0.824	1	100
3.05-3.21	11	0.305	23514	0.899	1	100
3.21-3.41	11.8	0.253	23499	0.998	1	100
3.41-3.68	12.9	0.213	23536	1.006	1	100
3.68-4.05	12.9	0.184	23508	1.073	1	100
4.05-4.63	12.6	0.153	23572	1.046	1	100
4.63-5.83	13.2	0.135	23482	0.905	1	100
5.83-50	13.6	0.093	23581	0.746	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	v2.0	精密化
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→48.58 Å / SU ML: 0.2516 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.6745
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2311	9711	4 %
R_work	0.1911	233091	-
obs	0.1927	242802	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27243	0	640	2585	30468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	28461
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0253	38719
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0622	4320
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0108	4996
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.6205	10329

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.17	0.3226	317	0.3123	7590	X-RAY DIFFRACTION	98.43
2.17-2.2	0.3325	322	0.3047	7728	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.2-2.23	0.3258	319	0.2898	7658	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.23-2.26	0.3047	323	0.2897	7753	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.26-2.29	0.3237	322	0.2786	7708	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.29-2.32	0.3032	321	0.2583	7720	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.32-2.35	0.3065	320	0.2577	7673	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.35-2.38	0.3116	322	0.2532	7712	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.38-2.42	0.2984	323	0.2442	7744	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.42-2.46	0.2778	322	0.2286	7733	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.46-2.5	0.2635	321	0.2192	7705	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.5-2.55	0.27	321	0.213	7689	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.55-2.6	0.2528	324	0.2075	7760	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.6-2.65	0.2511	322	0.2065	7728	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.65-2.71	0.2196	321	0.1983	7743	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.71-2.77	0.2381	323	0.1973	7732	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.77-2.84	0.2493	322	0.2008	7758	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.84-2.92	0.2562	324	0.1936	7754	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.92-3	0.2295	324	0.1909	7769	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3-3.1	0.2421	323	0.1839	7755	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.1-3.21	0.2415	324	0.1857	7797	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.21-3.34	0.2402	325	0.1827	7768	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.34-3.49	0.217	324	0.1728	7787	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.49-3.68	0.1957	325	0.1646	7804	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.68-3.91	0.216	326	0.1615	7834	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.91-4.21	0.1874	328	0.1413	7864	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.21-4.63	0.1584	329	0.1314	7894	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4.63-5.3	0.1864	328	0.147	7884	X-RAY DIFFRACTION	99.55
5.3-6.68	0.2074	334	0.1749	8001	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.68-48.58	0.1742	332	0.1636	8046	X-RAY DIFFRACTION	96.42

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -47.799450529 Å / Origin y: 55.7337415966 Å / Origin z: -110.278491991 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.223618579929 Å²	-0.0288987816745 Å²	0.00842846446468 Å²	-	0.161419230615 Å²	0.0137663521402 Å²	-	-	0.21806707822 Å²
L	0.111503165123 °²	-0.041858908197 °²	0.0309794836815 °²	-	0.0551772365344 °²	-0.0294074697348 °²	-	-	0.0629474214733 °²
S	0.0140644285881 Å °	0.0245442207957 Å °	-0.00762803139439 Å °	-0.0074750514906 Å °	-0.00501022707024 Å °	-0.0170280717746 Å °	0.0043633263679 Å °	-0.00176200319819 Å °	-0.00739204039735 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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新型コロナ情報

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