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- PDB-8i05: Crystal structure of Escherichia coli glyoxylate carboligase doub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i05
タイトルCrystal structure of Escherichia coli glyoxylate carboligase double mutant
要素Glyoxylate carboligase
キーワードLIGASE / GCL
機能・相同性
機能・相同性情報


tartronate-semialdehyde synthase / tartronate-semialdehyde synthase activity / glycolate catabolic process / acetolactate synthase complex / glyoxylate catabolic process / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding ...tartronate-semialdehyde synthase / tartronate-semialdehyde synthase activity / glycolate catabolic process / acetolactate synthase complex / glyoxylate catabolic process / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Glyoxylate carboligase / Thiamine pyrophosphate enzyme / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / THIAMINE DIPHOSPHATE / 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-1,4-BENZOQUINONE / Glyoxylate carboligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Kim, J.H. / Kim, J.S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Engineering of two thiamine diphosphate-dependent enzymes for the regioselective condensation of C1-formaldehyde into C4-erythrulose.
著者: Kim, J.H. / Cheon, H. / Jo, H.J. / Kim, J.W. / Kim, G.Y. / Seo, H.R. / Seo, P.W. / Kim, J.S. / Park, J.B.
履歴
登録2023年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyoxylate carboligase
B: Glyoxylate carboligase
C: Glyoxylate carboligase
D: Glyoxylate carboligase
E: Glyoxylate carboligase
F: Glyoxylate carboligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)398,78040
ポリマ－389,0866
非ポリマー9,69434
水40,4442245
1
A: Glyoxylate carboligase
B: Glyoxylate carboligase
ヘテロ分子

A: Glyoxylate carboligase
B: Glyoxylate carboligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,88628
ポリマ－259,3914
非ポリマー6,49524
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area21610 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area69450 Å2
手法PISA
2
C: Glyoxylate carboligase
D: Glyoxylate carboligase
E: Glyoxylate carboligase
F: Glyoxylate carboligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,83726
ポリマ－259,3914
非ポリマー6,44722
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21620 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area69190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.172, 189.172, 246.506
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-704-

MG

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Glyoxylate carboligase / Tartronate-semialdehyde synthase


分子量: 64847.652 Da / 分子数: 6 / 変異: N283Q, R484M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: gcl, b0507, JW0495 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEP7, tartronate-semialdehyde synthase

-
非ポリマー , 5種, 2279分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-UQ0 / 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-1,4-BENZOQUINONE / 2,3-ジメトキシ-5-メチル-1,4-ベンゾキノン


分子量: 182.173 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10 mM Tris-HCl (pH 8.0), 0.5 M sodium chloride, 40 mM dithiothreitol, 0.5% (v/v) polyethylene glycol 6000 (PEG6K)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 253025 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 30.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.999 / Χ2: 0.06 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.149.51.697229450.399191.1
2.14-2.189.51.53229110.399191.4
2.18-2.229.51.422230440.4191.4
2.22-2.269.31.177230830.416191.5
2.26-2.318.81.152231900.409191.9
2.31-2.379.31.041233050.397192.9
2.37-2.429.70.924237070.426194.1
2.42-2.499.60.818240330.434195.3
2.49-2.569.50.673242910.455196.4
2.56-2.659.40.583245740.478197.6
2.65-2.749.30.517248100.482198.4
2.74-2.858.80.419246090.508197.9
2.85-2.989.90.344251220.555199.7
2.98-3.1410.20.259251400.638199.9
3.14-3.3310.50.21251850.723199.9
3.33-3.5910.40.154251650.846199.9
3.59-3.9510.50.124249700.993199
3.95-4.5211.60.101251700.962199.9
4.52-5.712.10.091249150.941199
5.7-5013.70.067250870.896199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
PHENIXv2.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→49.81 Å / SU ML: 0.2629 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.252
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 9966 3.95 %
Rwork0.2088 242271 -
obs0.2104 252237 96.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→49.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27239 0 640 2245 30124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00828457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.992338705
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06114314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01024992
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.711510331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.120.38712870.34666960X-RAY DIFFRACTION84.62
2.12-2.140.35413140.34027596X-RAY DIFFRACTION91.58
2.14-2.170.38553110.31987560X-RAY DIFFRACTION91.73
2.17-2.190.35323130.31687612X-RAY DIFFRACTION91.92
2.19-2.220.36373120.31057598X-RAY DIFFRACTION91.86
2.22-2.250.3113160.2917665X-RAY DIFFRACTION92.48
2.25-2.290.32493180.29417727X-RAY DIFFRACTION93.17
2.29-2.320.33253180.28767722X-RAY DIFFRACTION93.11
2.32-2.360.34043200.27247799X-RAY DIFFRACTION94.37
2.36-2.390.30243250.26347908X-RAY DIFFRACTION95.28
2.39-2.440.30673270.25957994X-RAY DIFFRACTION96.45
2.44-2.480.29153320.24058057X-RAY DIFFRACTION97.15
2.48-2.530.24123360.23758165X-RAY DIFFRACTION97.96
2.53-2.580.27963360.23848166X-RAY DIFFRACTION98.52
2.58-2.640.30233380.23148218X-RAY DIFFRACTION98.96
2.64-2.70.29443400.23348258X-RAY DIFFRACTION99.31
2.7-2.760.29093400.23388279X-RAY DIFFRACTION99.35
2.76-2.840.29483370.22758180X-RAY DIFFRACTION98.39
2.84-2.920.26763410.2238307X-RAY DIFFRACTION99.84
2.92-3.020.27783440.20598355X-RAY DIFFRACTION99.85
3.02-3.120.25223420.20218305X-RAY DIFFRACTION99.65
3.12-3.250.24273450.20678350X-RAY DIFFRACTION99.64
3.25-3.40.24213420.20058338X-RAY DIFFRACTION99.72
3.4-3.580.21653450.18998379X-RAY DIFFRACTION99.65
3.58-3.80.24123400.18258290X-RAY DIFFRACTION98.57
3.8-4.090.19783470.16528413X-RAY DIFFRACTION99.95
4.09-4.510.1863480.15148454X-RAY DIFFRACTION99.77
4.51-5.160.19363470.15358458X-RAY DIFFRACTION99.53
5.16-6.490.21613490.1818445X-RAY DIFFRACTION98.36
6.49-49.810.193560.1668713X-RAY DIFFRACTION97.63
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -47.7486482725 Å / Origin y: 55.698241923 Å / Origin z: -109.68559279 Å
111213212223313233
T0.289413029739 Å2-0.0393682695147 Å20.00912851418856 Å2-0.217364846894 Å20.00751778980813 Å2--0.29081886692 Å2
L0.132346202685 °2-0.0451069046977 °20.0335207929448 °2-0.0550313048989 °2-0.0475464559537 °2--0.11652221248 °2
S0.0134350400957 Å °0.0391935787651 Å °-0.0315777784696 Å °-0.0093812913063 Å °-0.00262661912988 Å °-0.0143103501562 Å °0.00486647143655 Å °-0.000713180652393 Å °-0.0089667340563 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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