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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hyc | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of B1 NDM-1 MBL in complex with 2-amino-5-(2-(thiophen-2-yl)ethyl)thiazole-4-carboxylic acid | ||||||||||||
![]() | Metallo-beta-lactamase type 2 | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / Beta-lactamase class B NDM-1 | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Yan, Y.-H. / Zhu, K.-R. / Li, G.-B. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: 2-Aminothiazole-4-carboxylic acids as cross-class metallo-beta-lactamase inhibitors by mimicking beta-lactam hydrolysate binding 著者: Yan, Y.-H. / Zhu, K.-R. / Yang, L.-L. / Li, G.-B. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8hybC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25574.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Depositor stated that they had conducted structure refinement for several times and the Rwork value was still about 0.2493, which may due to the trivial density in asymmetric units. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Bis-Tris, pH 6.0, 0.2 M Lithium sulfate, 25%-37% (v/v) Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1508→19.53 Å / Num. obs: 114363 / % possible obs: 77.6 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.1508→1.18 Å / Num. unique obs: 1646 / CC1/2: 0.032 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.151→19.526 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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