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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hyb | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of B1 IMP-1 MBL in complex with 2-amino-5-phenethylthiazole-4-carboxylic acid | ||||||||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / Beta-lactamase class B IMP-1 | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.193 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yan, Y.-H. / Zhu, K.-R. / Li, G.-B. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 2-Aminothiazole-4-carboxylic acids as cross-class metallo-beta-lactamase inhibitors by mimicking beta-lactam hydrolysate binding 著者: Yan, Y.-H. / Zhu, K.-R. / Yang, L.-L. / Li, G.-B. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hyb.cif.gz | 185 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hyb.ent.gz | 147.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hyb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/8hyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/8hyb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8hycC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 24205.635 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaIMP-1, bla IMP, bla-imp, blaESP, imp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79MP6, beta-lactamase |
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-非ポリマー , 5種, 164分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-5ZX / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Sodium acetate, pH 4.5, 0.2 M Lithium sulfate, 20%-28% (v/v) Polyethylene glycol 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.38→19.41 Å / Num. obs: 134737 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 6.11 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.06→2.36 Å / 冗長度: 2.48 % / Rmerge(I) obs: 0.699 / Num. unique obs: 20554 / % possible all: 99.93 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.193→19.342 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.85 / 位相誤差: 27.79 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.193→19.342 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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