PDB-8hy8: Bacterial STING from Epilithonimonas lactis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hy8

タイトル

Bacterial STING from Epilithonimonas lactis

要素

CD-NTase-associated protein 12

キーワード

SIGNALING PROTEIN / CD-NTase-associated protein 12

機能・相同性

: / Prokaryotic STING domain / Prokaryotic STING domain / CD-NTase-associated protein 12/Pycsar effector protein, TIR domain / CAP12/Pycsar effector protein, TIR domain / NAD+ glycohydrolase / nucleotide binding / CD-NTase-associated protein 12

機能・相同性情報

生物種

Epilithonimonas lactis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.568 Å

データ登録者

Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the regulation, ligand recognition, and oligomerization of bacterial STING.
著者: Hou, M.H. / Wang, Y.C. / Yang, C.S. / Liao, K.F. / Chang, J.W. / Shih, O. / Yeh, Y.Q. / Sriramoju, M.K. / Weng, T.W. / Jeng, U.S. / Hsu, S.D. / Chen, Y.

履歴

登録	2023年1月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hy8.cif.gz	47.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hy8.ent.gz	31.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hy8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hy8_validation.pdf.gz	426.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hy8_full_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示
XML形式データ	8hy8_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	8hy8_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/8hy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/8hy8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hwiC 8hwjC 8hy9C 8hynC 7eblS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CD-NTase-associated protein 12

18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CD-NTase-associated protein 12

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.981, 56.981, 187.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-239- HOH

#1: タンパク質	CD-NTase-associated protein 12 分子量: 18813.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The GLU5 should be re-indexed as GLU152. Thank you very much! 由来: (組換発現) Epilithonimonas lactis (バクテリア) 遺伝子: IO89_10965 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A085BE66
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MOPSO/Bis-Tris pH 7.5, 90 mM lithium/sodium/potassium sulfate, 15 % (w/v) PEG 3000, 20 % (v/v) 1, 2, 4-Butanetriol, 1 % (w/v) NDSB 256

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.56→30 Å / Num. obs: 6344 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 18.8 % / R_merge(I) obs: 0.178 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 2.56→2.65 Å / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 1.09 / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 572 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP	11.7.03	位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7EBL

7ebl

解像度: 2.568→23.873 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 9.867 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.873 / ESU R Free: 0.311 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	290	4.908 %
R_work	0.2073	5619	-
all	0.209	-	-
obs	-	5909	93.158 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.987 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.101 Å²	-0.05 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.101 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.326 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.568→23.873 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1235	0	0	41	1276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.406	1.641	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.189	1.583	2849
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.543	5	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.274	24.677	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.293	15	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.323	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	266
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	590
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	627
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.132	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.183	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.079	3.94	610
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.073	3.938	609
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.497	5.882	759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.494	5.884	760
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.451	4.621	644
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.447	4.621	641
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.434	6.672	933
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.432	6.671	932
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.655	44.68	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.653	44.696	1326

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.568-2.634	0.432	7	0.307	218	X-RAY DIFFRACTION	50.1114
2.634-2.706	0.237	13	0.276	284	X-RAY DIFFRACTION	66.7416
2.706-2.784	0.198	17	0.276	367	X-RAY DIFFRACTION	94.1176
2.784-2.869	0.334	21	0.264	387	X-RAY DIFFRACTION	96.4539
2.869-2.962	0.369	26	0.235	373	X-RAY DIFFRACTION	100
2.962-3.065	0.392	16	0.218	370	X-RAY DIFFRACTION	100
3.065-3.179	0.194	20	0.248	373	X-RAY DIFFRACTION	100
3.179-3.308	0.24	24	0.188	334	X-RAY DIFFRACTION	100
3.308-3.453	0.127	12	0.207	331	X-RAY DIFFRACTION	100
3.453-3.619	0.228	13	0.188	336	X-RAY DIFFRACTION	100
3.619-3.811	0.289	14	0.169	313	X-RAY DIFFRACTION	99.6951
3.811-4.039	0.232	18	0.177	282	X-RAY DIFFRACTION	99.3378
4.039-4.312	0.205	19	0.157	275	X-RAY DIFFRACTION	99.661
4.312-4.649	0.124	13	0.164	262	X-RAY DIFFRACTION	99.6377
4.649-5.081	0.243	19	0.186	244	X-RAY DIFFRACTION	100
5.081-5.66	0.226	11	0.251	230	X-RAY DIFFRACTION	100
5.66-6.498	0.295	9	0.26	202	X-RAY DIFFRACTION	99.5283
6.498-7.866	0.71	7	0.236	186	X-RAY DIFFRACTION	99.4845
7.866-10.761	0.226	8	0.18	149	X-RAY DIFFRACTION	99.3671
10.761-23.873	0.068	3	0.23	103	X-RAY DIFFRACTION	92.1739

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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