+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8hy5 | ||||||
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Title | Structure of D-amino acid oxidase mutant R38H | ||||||
Components | D-amino-acid oxidaseD-amino acid oxidase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / ALS / amino acid / d-serine / neurodegeneration / schizophrenia | ||||||
Function / homology | Function and homology information D-alanine catabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-serine metabolic process / proline catabolic process / D-serine catabolic process / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / dopamine biosynthetic process / peroxisomal matrix ...D-alanine catabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-serine metabolic process / proline catabolic process / D-serine catabolic process / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / dopamine biosynthetic process / peroxisomal matrix / digestion / FAD binding / Peroxisomal protein import / identical protein binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Khan, S. / Upadhyay, S. / Dave, U. / Kumar, A. / Gomes, J. | ||||||
Funding support | India, 1items
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Citation | Journal: Int.J.Biol.Macromol. / Year: 2023 Title: Structural and mechanistic insights into ALS patient derived mutations in D-amino acid oxidase. Authors: Khan, S. / Upadhyay, S. / Dave, U. / Kumar, A. / Gomes, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8hy5.cif.gz | 343.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8hy5.ent.gz | 230.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8hy5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/8hy5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/8hy5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2du8S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 41962.555 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: R38H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DAO, DAMOX / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P14920, D-amino-acid oxidase |
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-Non-polymers , 5 types, 161 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.91 Å3/Da / Density % sol: 35.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 26% PEG 2000 methyl ether, 0.1M Potassium Thiocyanate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: RRCAT INDUS-2 / Beamline: PX-BL21 / Wavelength: 0.97989 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 22, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97989 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→49.5 Å / Num. obs: 37081 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 32.77 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.1 Å / Num. unique obs: 2993 / CC1/2: 0.76 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2DU8 Resolution: 2.1→34.96 Å / SU ML: 0.2426 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.711 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→34.96 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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