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- PDB-8hy5: Structure of D-amino acid oxidase mutant R38H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hy5
タイトルStructure of D-amino acid oxidase mutant R38H
要素D-amino-acid oxidaseD-アミノ酸オキシダーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALS (筋萎縮性側索硬化症) / amino acid (アミノ酸) / d-serine (セリン) / neurodegeneration (神経変性疾患) / schizophrenia (統合失調症)
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine catabolic process / D-アミノ酸オキシダーゼ / D-amino-acid oxidase activity / D-serine metabolic process / D-serine catabolic process / proline catabolic process / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / dopamine biosynthetic process / peroxisomal matrix ...D-alanine catabolic process / D-アミノ酸オキシダーゼ / D-amino-acid oxidase activity / D-serine metabolic process / D-serine catabolic process / proline catabolic process / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / dopamine biosynthetic process / peroxisomal matrix / 消化 / FAD binding / Peroxisomal protein import / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
D-amino acid oxidase, conserved site / D-アミノ酸オキシダーゼ / D-amino acid oxidases signature. / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase
類似検索 - ドメイン・相同性
安息香酸 / フラビンアデニンジヌクレオチド / D-アミノ酸オキシダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Khan, S. / Upadhyay, S. / Dave, U. / Kumar, A. / Gomes, J.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Other government インド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Structural and mechanistic insights into ALS patient derived mutations in D-amino acid oxidase.
著者: Khan, S. / Upadhyay, S. / Dave, U. / Kumar, A. / Gomes, J.
履歴
登録2023年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-amino-acid oxidase
B: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8268
ポリマ－83,9252
非ポリマー1,9006
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area25630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.756, 74.164, 99.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 D-amino-acid oxidase / D-アミノ酸オキシダーゼ / DAAO / DAMOX / DAO


分子量: 41962.555 Da / 分子数: 2 / 変異: R38H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAO, DAMOX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14920, D-アミノ酸オキシダーゼ

-
非ポリマー , 5種, 161分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸 / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 26% PEG 2000 methyl ether, 0.1M Potassium Thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97989 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.5 Å / Num. obs: 37081 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 32.77 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.1 Å / Num. unique obs: 2993 / CC1/2: 0.76

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DU8

2du8


解像度: 2.1→34.96 Å / SU ML: 0.2426 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.711
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 1754 4.74 %
Rwork0.2068 35249 -
obs0.2081 37003 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5333 0 129 155 5617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00295623
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58077679
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0446818
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005978
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2827740
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.160.29331270.26922679X-RAY DIFFRACTION99.93
2.16-2.220.38871060.29072720X-RAY DIFFRACTION99.93
2.22-2.290.41151070.36262715X-RAY DIFFRACTION98.77
2.29-2.370.29321340.26882676X-RAY DIFFRACTION99.96
2.37-2.470.30691690.25632692X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.580.2331640.24022676X-RAY DIFFRACTION99.89
2.58-2.720.30821380.24022698X-RAY DIFFRACTION99.82
2.72-2.890.27331470.2272701X-RAY DIFFRACTION99.93
2.89-3.110.24351310.21312714X-RAY DIFFRACTION99.93
3.11-3.420.2331280.20572726X-RAY DIFFRACTION99.93
3.42-3.920.1941290.17292737X-RAY DIFFRACTION99.93
3.92-4.930.18881590.15862710X-RAY DIFFRACTION99.83
4.93-34.960.18951150.17592805X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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27.59119086038-1.94170997702-4.488940885971.758098644520.384425949523.359708461990.07983651220850.46585351340.3992180723010.137943080166-0.155566517473-0.0787886986062-0.916094214739-0.3662100521730.0284784135940.4451172414760.053548582666-0.04066055686730.4131531933660.0002663861944770.331482268921-14.59850068097.82237995005-14.086048857
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71.488141262490.507530053531-0.1762247321830.9433492732690.3496370982533.141283230370.004904265832550.02904692620220.114649286905-0.02203007757780.0265730267719-0.164808085314-0.07859388603630.71618038328-0.06336566626990.278891778918-0.0592844665204-0.02925671934840.4757947975330.02573748869240.3823825869847.62339348247-1.3339261294-32.3505632451
82.59356716577-1.37592447194-1.191493488174.339760292742.56795369513.15990062544-0.230881653965-0.252240566522-0.009222632033171.19220745649-0.004889533784990.1146991718910.439464255209-0.2374996575650.1340788531270.516481123247-0.04436639038980.01575341866120.482922479613-0.0213775645920.276208704513-13.6520611392-5.87681364235-3.11018036343
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102.961312664410.0137515386159-1.378636009762.99934266257-0.5105268988084.39128876766-0.221038705260.191658733657-0.263200849942-0.2773023452050.14602214847-0.064445120780.3393377909260.2308955946950.08536720378950.229926879127-0.026397173007-0.01846209977250.245305169534-0.02987757209490.170269287476-0.0381310117885-6.6740579797-69.2969946175
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 23 )AA1 - 231 - 23
22chain 'A' and (resid 24 through 47 )AA24 - 4724 - 44
33chain 'A' and (resid 48 through 109 )AA48 - 10945 - 106
44chain 'A' and (resid 110 through 172 )AA110 - 172107 - 169
55chain 'A' and (resid 173 through 227 )AA173 - 227170 - 224
66chain 'A' and (resid 228 through 252 )AA228 - 252225 - 249
77chain 'A' and (resid 253 through 285 )AA253 - 285250 - 282
88chain 'A' and (resid 286 through 311 )AA286 - 311283 - 308
99chain 'A' and (resid 312 through 338 )AA312 - 338309 - 335
1010chain 'B' and (resid 1 through 78 )BE1 - 781 - 75
1111chain 'B' and (resid 79 through 195 )BE79 - 19576 - 192
1212chain 'B' and (resid 196 through 227 )BE196 - 227193 - 224
1313chain 'B' and (resid 228 through 338 )BE228 - 338225 - 335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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