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- PDB-8hum: X-ray structure of human PPAR gamma ligand binding domain-lanifib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hum
タイトルX-ray structure of human PPAR gamma ligand binding domain-lanifibranor-SRC1 coactivator peptide co-crystals obtained by co-crystallization
要素
  • 15-meric peptide from Nuclear receptor coactivator 1
  • Isoform 1 of Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor / Protein-ligand complex / PPAR
機能・相同性
機能・相同性情報


labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / male mating behavior / hypothalamus development / progesterone receptor signaling pathway / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts ...labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / male mating behavior / hypothalamus development / progesterone receptor signaling pathway / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / protein-lysine-acetyltransferase activity / nuclear retinoid X receptor binding / estrous cycle / Recycling of bile acids and salts / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cellular response to hormone stimulus / estrogen receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / lactation / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / response to progesterone / positive regulation of adipose tissue development / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / positive regulation of neuron differentiation / SUMOylation of transcription cofactors / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / cerebellum development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / hippocampus development / Heme signaling / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / cerebral cortex development / mRNA transcription by RNA polymerase II / male gonad development / RNA polymerase II transcription regulator complex / response to estradiol / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / protein-containing complex binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : ...Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BJB / Isoform 1 of Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Kamata, S. / Honda, A. / Machida, Y. / Uchii, K. / Shiiyama, Y. / Masuda, R. / Oyama, T. / Ishii, I.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K15049 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H05577 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101071 日本
引用ジャーナル: Antioxidants / 年: 2023
タイトル: Functional and Structural Insights into the Human PPAR alpha / delta / gamma Targeting Preferences of Anti-NASH Investigational Drugs, Lanifibranor, Seladelpar, and Elafibranor.
著者: Kamata, S. / Honda, A. / Ishikawa, R. / Akahane, M. / Fujita, A. / Kaneko, C. / Miyawaki, S. / Habu, Y. / Shiiyama, Y. / Uchii, K. / Machida, Y. / Oyama, T. / Ishii, I.
履歴
登録2022年12月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 1 of Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: 15-meric peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1463
ポリマ－33,7112
非ポリマー4351
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.862, 63.728, 123.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Isoform 1 of Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma


分子量: 31862.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231-2
#2: タンパク質・ペプチド 15-meric peptide from Nuclear receptor coactivator 1


分子量: 1848.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-BJB / 4-[1-(1,3-benzothiazol-6-ylsulfonyl)-5-chloro-indol-2-yl]butanoic acid


分子量: 434.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H15ClN2O4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 1.0 M trisodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月20日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→46.23 Å / Num. obs: 18352 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 48.93 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 21.6 / Num. measured all: 117464
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.29-2.376.50.3553.917970.9840.150.38699.9
8.87-46.235.60.01637810.0070.01899.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.96 Å46.23 Å
Translation5.96 Å46.23 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.11.1-2575-000精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WM0

1wm0


解像度: 2.29→39.27 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 28.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2504 1744 5.12 %
Rwork0.2057 32292 -
obs0.2081 18258 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.6 Å2 / Biso mean: 60.6091 Å2 / Biso min: 39.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→39.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2297 0 42 4 2343
Biso mean--67.2 48.14 -
残基数----287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082400
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0283244
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6081470
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.29-2.35740.30391630.2563267899
2.3574-2.43350.30751210.2461269599
2.4335-2.52040.31291650.2414270799
2.5204-2.62130.33791480.24752692100
2.6213-2.74060.30281520.25122668100
2.7406-2.8850.33391220.24512733100
2.885-3.06570.29251330.25842686100
3.0657-3.30230.32771140.2399272199
3.3023-3.63440.25811650.20882677100
3.6344-4.15980.19391360.18372707100
4.1598-5.2390.21721640.1704265799
5.239-39.270.23051610.1848267199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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