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- PDB-8hui: Crystal structure of DFA I-forming Inulin Lyase from Streptomyces... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hui
タイトルCrystal structure of DFA I-forming Inulin Lyase from Streptomyces peucetius subsp. caesius ATCC 27952 in complex with GF4, DFA I, and fructose
要素Fructotransferase
キーワードLYASE / right-handed beta-helix protein / DFA I-forming inulin lyase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity
類似検索 - 分子機能
Inulin fructotransferase, beta helix repeat / Beta helix repeat of Inulin fructotransferase / Periplasmic copper-binding protein NosD, beta helix domain / Periplasmic copper-binding protein (NosD) / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-fructofuranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Fructotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces peucetius subsp. caesius ATCC 27952 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Cheng, M. / Rao, Y.J. / Mu, W.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31922073 中国
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into the Catalytic Cycle of Inulin Fructotransferase: From Substrate Anchoring to Product Releasing.
著者: Cheng, M. / Hou, X. / Huang, Z. / Chen, Z. / Ni, D. / Zhang, W. / Rao, Y. / Mu, W.
履歴
登録2022年12月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月8日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructotransferase
B: Fructotransferase
C: Fructotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,80113
ポリマ－128,2583
非ポリマー4,54310
水16,988943
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22290 Å2
ΔGint67 kcal/mol
Surface area31230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.760, 105.600, 131.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Fructotransferase / inulin lyase [DFA I-forming]


分子量: 42752.516 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces peucetius subsp. caesius ATCC 27952 (バクテリア)
遺伝子: CGZ69_03210 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2D3U3Z1, inulin fructotransferase (DFA-I-forming)

-
糖 , 3種, 7分子

#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-fructofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DFrufaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,2/[ha122h-2a_2-5]/1-1/a1-b2_a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 多糖
beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D- ...beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DFrufb2-1DFrufb2-1DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1a_1-5][ha122h-2b_2-5]/1-2-2-2-2/a1-b2_b1-c2_c1-d2_d1-e2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DFrufbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrufIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 946分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 943 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES monohydrate, 12% Polyethylene glycol 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→45.84 Å / Num. obs: 247198 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.44→1.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.921 / Num. unique obs: 24175 / CC1/2: 0.837 / Rrim(I) all: 0.962

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEBUILT=20220220データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSBUILT=20220220データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.44→45.84 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1681 1991 -
Rwork0.1539 --
obs0.154 247095 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→45.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8892 0 303 943 10138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089589
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1913171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9081321
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0861586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071675
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.44-1.470.36631440.30817011X-RAY DIFFRACTION98
1.47-1.510.2451410.233717433X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.560.24841450.223517348X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.610.18421370.183517467X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.660.20331430.168317384X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.730.20221480.150517463X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.810.18541340.143117447X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.90.14581450.145617469X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.020.20181430.161417500X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.180.14531360.14717480X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.40.16141430.149717516X-RAY DIFFRACTION99
2.4-2.750.14021470.134517606X-RAY DIFFRACTION100
2.75-3.460.15451410.137117751X-RAY DIFFRACTION100
3.46-45.840.13161440.135618229X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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