- PDB-8htx: Crystal structure of BANP in complex with methylated DNA -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 8htx
タイトル
Crystal structure of BANP in complex with methylated DNA
要素
DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*(5CM)P*GP*CP*GP*AP*GP*AP*G)-3')
Protein BANP
キーワード
DNA BINDING PROTEIN / BANP / BEN Domain
機能・相同性
機能・相同性情報
Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / protein localization to nucleus / negative regulation of protein catabolic process / chromatin organization / nuclear body / cell cycle / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding 類似検索 - 分子機能
Protein BANP / BEN domain / BEN domain / BEN domain profile. / BEN 類似検索 - ドメイン・相同性
#221 - 2018年5月 ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1)
-
集合体
登録構造単位
A: Protein BANP C: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*(5CM)P*GP*CP*GP*AP*GP*AP*G)-3') D: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*(5CM)P*GP*CP*GP*AP*GP*AP*G)-3') B: Protein BANP E: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*(5CM)P*GP*CP*GP*AP*GP*AP*G)-3') F: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*(5CM)P*GP*CP*GP*AP*GP*AP*G)-3')
ProteinBANP / BEN domain-containing protein 1 / Btg3-associated nuclear protein / Scaffold/matrix-associated ...BEN domain-containing protein 1 / Btg3-associated nuclear protein / Scaffold/matrix-associated region-1-binding protein
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.8→38.51 Å / Num. obs: 12915 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル
解像度: 2.8→2.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 1818 / CC1/2: 0.979
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
PHENIX
1.19
精密化
autoPROC
dataprocessing
XDS
データスケーリング
PHASER
位相決定
XDS
データ削減
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: The solved BANP structure in this study 解像度: 2.8→31.76 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.2723
646
5.09 %
Rwork
0.2322
-
-
obs
0.2344
12691
98.29 %
溶媒の処理
減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.8→31.76 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
1906
976
0
0
2882
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
数
X-RAY DIFFRACTION
f_bond_d
0.004
3040
X-RAY DIFFRACTION
f_angle_d
0.636
4303
X-RAY DIFFRACTION
f_dihedral_angle_d
25.779
709
X-RAY DIFFRACTION
f_chiral_restr
0.037
459
X-RAY DIFFRACTION
f_plane_restr
0.005
384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)
Rfactor Rfree
Num. reflection Rfree
Rfactor Rwork
Num. reflection Rwork
Refine-ID
% reflection obs (%)
2.8-3.02
0.4866
129
0.368
2381
X-RAY DIFFRACTION
99
3.02-3.32
0.3929
125
0.3333
2291
X-RAY DIFFRACTION
96
3.32-3.8
0.3292
120
0.2466
2372
X-RAY DIFFRACTION
97
3.8-4.78
0.2642
125
0.2074
2447
X-RAY DIFFRACTION
100
4.78-31.76
0.202
147
0.1948
2554
X-RAY DIFFRACTION
99
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: 10.9571 Å / Origin y: 24.8565 Å / Origin z: 12.579 Å