PDB-8htw: Crystal Structure of the ring nuclease Sso2081 Y133F mutant from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8htw

タイトル

Crystal Structure of the ring nuclease Sso2081 Y133F mutant from Saccharolobus solfataricus in its apo form

要素

CRISPR system ring nuclease SSO2081

キーワード

HYDROLASE / Sso2081 / ring nuclease / mutant / Y133F

機能・相同性

CRISPR-assoc protein, NE0113/Csx13 / CRISPR-associated protein NE0113 (Cas_NE0113) / Restriction endonuclease type II-like / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / defense response to virus / lyase activity / cytoplasm / CRISPR system ring nuclease SSO2081

機能・相同性情報

生物種

Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lin, Z. / Du, L. / Luo, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of stepwise cyclic tetra-adenylate cleavage by the type III CRISPR ring nuclease Crn1/Sso2081.
著者: Du, L. / Zhang, D. / Luo, Z. / Lin, Z.

履歴

登録	2022年12月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年3月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8htw.cif.gz	88.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8htw.ent.gz	63.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8htw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8htw_validation.pdf.gz	428.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8htw_full_validation.pdf.gz	429.7 KB	表示
XML形式データ	8htw_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	8htw_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/8htw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/8htw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yghC 7yglC 7yhlSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CRISPR system ring nuclease SSO2081

B: CRISPR system ring nuclease SSO2081

41.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.747, 95.253, 45.836
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.803, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CRISPR system ring nuclease SSO2081 分子量: 20538.842 Da / 分子数: 2 / 変異: Y133F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: SSO2081 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q7LYJ6, 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; -
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.15 M Potassium bromide, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 24137 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 1.183 / Num. unique obs: 1778

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7YHL

7yhl

解像度: 2→47.626 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 6.784 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2556	1177	4.881 %
R_work	0.2241	22937	-
all	0.226	-	-
obs	-	24114	99.76 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.345 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.979 Å²	0 Å²	1.075 Å²
2-	-	0.663 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.762 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.626 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2849	0	0	62	2911

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2889
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	2820
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.6	1.644	3879
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.505	1.565	6595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.701	5	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.703	5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.364	10	589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.335	10	125
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.037	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	517
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.174	0.2	479
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	2593
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.13	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.225	4.62	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.224	4.62	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.889	6.92	1789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.887	6.921	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.798	5.478	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.797	5.476	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.65	7.876	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.647	7.877	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.68	92.243	11497
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.681	92.246	11492

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.378	77	0.365	1698	0.365	1775	0.891	0.9	100	0.352
2.052-2.108	0.367	68	0.333	1673	0.334	1741	0.892	0.918	100	0.312
2.108-2.169	0.332	70	0.301	1610	0.302	1681	0.919	0.934	99.9405	0.279
2.169-2.236	0.336	89	0.276	1526	0.279	1619	0.925	0.945	99.7529	0.252
2.236-2.309	0.29	77	0.265	1545	0.266	1623	0.939	0.952	99.9384	0.243
2.309-2.39	0.352	64	0.282	1447	0.285	1513	0.907	0.951	99.8678	0.256
2.39-2.48	0.359	80	0.266	1378	0.272	1460	0.931	0.955	99.863	0.243
2.48-2.581	0.315	58	0.261	1403	0.263	1463	0.945	0.958	99.8633	0.236
2.581-2.695	0.374	86	0.259	1287	0.266	1374	0.918	0.96	99.9272	0.235
2.695-2.826	0.296	76	0.259	1207	0.261	1285	0.951	0.959	99.8444	0.242
2.826-2.979	0.336	46	0.264	1201	0.267	1251	0.918	0.957	99.6803	0.249
2.979-3.158	0.289	62	0.249	1126	0.251	1194	0.941	0.962	99.4975	0.244
3.158-3.375	0.233	56	0.228	1054	0.228	1115	0.964	0.969	99.5516	0.229
3.375-3.644	0.254	66	0.215	968	0.218	1037	0.962	0.971	99.7107	0.224
3.644-3.99	0.216	58	0.195	890	0.196	955	0.969	0.976	99.267	0.207
3.99-4.457	0.189	50	0.164	809	0.166	861	0.979	0.983	99.7677	0.191
4.457-5.139	0.184	32	0.154	727	0.155	762	0.976	0.987	99.6063	0.186
5.139-6.276	0.205	20	0.206	629	0.206	656	0.987	0.979	98.9329	0.242
6.276-8.799	0.189	28	0.175	489	0.176	517	0.982	0.984	100	0.222
8.799-47.626	0.132	14	0.173	270	0.171	290	0.978	0.979	97.931	0.226

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関連情報:EMDBヘッダ

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