PDB-7ygl: Crystal Structure of the ring nuclease Sso2081 from Saccharolobus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ygl

タイトル

Crystal Structure of the ring nuclease Sso2081 from Saccharolobus solfataricus in complex with A4>p cleavage intermediate

要素

CRISPR system ring nuclease SSO2081
RNA (5'-R(*AP*AP*AP*(A23))-3')

キーワード

HYDROLASE / Sso2081 S11A mutant / ring nuclease / cyclic-tetraadenylates(cA4) / protein-cA4 complex

機能・相同性

CRISPR-assoc protein, NE0113/Csx13 / CRISPR-associated protein NE0113 (Cas_NE0113) / Restriction endonuclease type II-like / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / defense response to virus / lyase activity / cytoplasm / RNA / CRISPR system ring nuclease SSO2081

機能・相同性情報

生物種

Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Lin, Z. / Du, L. / Luo, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of stepwise cyclic tetra-adenylate cleavage by the type III CRISPR ring nuclease Crn1/Sso2081.
著者: Du, L. / Zhang, D. / Luo, Z. / Lin, Z.

履歴

登録	2022年7月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年3月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ygl.cif.gz	91.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ygl.ent.gz	65.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ygl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ygl_validation.pdf.gz	473.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ygl_full_validation.pdf.gz	482.7 KB	表示
XML形式データ	7ygl_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	7ygl_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/7ygl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/7ygl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yghC 7yhlSC 8htwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CRISPR system ring nuclease SSO2081

B: CRISPR system ring nuclease SSO2081

C: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*(A23))-3')

42.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.510, 39.144, 74.088
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.178, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CRISPR system ring nuclease SSO2081 分子量: 20796.131 Da / 分子数: 2 / 変異: S11A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: SSO2081 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q7LYJ6, 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; -
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(APAPAP(A23))-3') 分子量: 1333.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate, pH 5.0, 20% w/v Polyethylene glycol 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 13097 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 32.22
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.851 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique obs: 1285 / CC_1/2: 0.897 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX		モデル構築
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7YHL

7yhl

解像度: 2.5→28.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 17.303 / SU ML: 0.357 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.454 / ESU R Free: 0.347 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2786	683	5.218 %	RANDOM
R_work	0.2578	12407	-	-
all	0.259	-	-	-
obs	-	13090	98.785 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 114.148 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.444 Å²	0 Å²	0.787 Å²
2-	-	7.902 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.259 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2856	88	0	6	2950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2995
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.016	2868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.759	1.645	4043
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.626	1.564	6703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.437	5	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.953	10	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.693	10	586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.47	10	123
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	468
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	528
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.155	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	2826
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.013	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.103	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.234	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.259	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	18.545	11.256	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	18.544	11.256	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	24.183	16.841	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	24.177	16.843	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	18.532	12.078	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	18.53	12.079	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	25.293	17.684	2239
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	25.287	17.683	2240
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	30.288	218.499	11623
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	30.287	218.485	11624

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.502-2.567	0.406	60	0.402	820	X-RAY DIFFRACTION	90.535
2.567-2.636	0.438	46	0.395	874	X-RAY DIFFRACTION	99.1379
2.636-2.712	0.47	40	0.385	884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.712-2.795	0.349	60	0.37	839	X-RAY DIFFRACTION	99.4469
2.795-2.886	0.365	49	0.342	781	X-RAY DIFFRACTION	99.2823
2.886-2.986	0.394	36	0.287	807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.986-3.097	0.308	44	0.279	741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.097-3.222	0.396	31	0.317	762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.222-3.364	0.268	24	0.296	705	X-RAY DIFFRACTION	99.863
3.364-3.525	0.381	33	0.308	687	X-RAY DIFFRACTION	99.8613
3.525-3.713	0.32	38	0.284	629	X-RAY DIFFRACTION	98.2327
3.713-3.934	0.242	38	0.255	610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.934-4.2	0.333	26	0.261	565	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-4.529	0.227	32	0.255	547	X-RAY DIFFRACTION	100
4.529-4.949	0.347	27	0.231	509	X-RAY DIFFRACTION	99.8138
4.949-5.513	0.218	16	0.26	445	X-RAY DIFFRACTION	97.2574
5.513-6.328	0.246	28	0.245	404	X-RAY DIFFRACTION	100
6.328-7.659	0.246	26	0.243	349	X-RAY DIFFRACTION	100
7.659-10.47	0.114	13	0.172	278	X-RAY DIFFRACTION	98.3108
10.47-28.91	0.324	16	0.213	171	X-RAY DIFFRACTION	96.8912

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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