PDB-7yhl: Crystal Structure of the ring nuclease Sso2081 from Saccharolobus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yhl

タイトル

Crystal Structure of the ring nuclease Sso2081 from Saccharolobus solfataricus in complex with free phosphate

要素

CRISPR system ring nuclease SSO2081

キーワード

HYDROLASE / Sso2081 / ring nuclease / wild type / free phosphate

機能・相同性

CRISPR-assoc protein, NE0113/Csx13 / CRISPR-associated protein NE0113 (Cas_NE0113) / Restriction endonuclease type II-like / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / defense response to virus / lyase activity / cytoplasm / PHOSPHATE ION / CRISPR system ring nuclease SSO2081

機能・相同性情報

生物種

Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Lin, Z. / Du, L. / Luo, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of stepwise cyclic tetra-adenylate cleavage by the type III CRISPR ring nuclease Crn1/Sso2081.
著者: Du, L. / Zhang, D. / Luo, Z. / Lin, Z.

履歴

登録	2022年7月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年3月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yhl.cif.gz	193.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yhl.ent.gz	121 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yhl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yhl_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yhl_full_validation.pdf.gz	463.9 KB	表示
XML形式データ	7yhl_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	7yhl_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/7yhl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/7yhl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yghC 7yglC 8htwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CRISPR system ring nuclease SSO2081

B: CRISPR system ring nuclease SSO2081

ヘテロ分子

41.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.027, 38.376, 69.798
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.412, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CRISPR system ring nuclease SSO2081 分子量: 20431.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: SSO2081 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q7LYJ6, 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; -
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate, pH 4.5, 25% w/v Polyethylene glycol 1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97919 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97919 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.9185
pseudo-merohedral	2	2	-L, -K, -H	2	0.0815

反射

解像度: 2.7→40.95 Å / Num. obs: 9099 / % possible obs: 95.55 % / 冗長度: 5.29 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 5.32 % / R_merge(I) obs: 0.748 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 924 / CC_1/2: 0.805 / % possible all: 95.55

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→40.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 47.161 / SU ML: 0.451 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.453 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2877	483	5.309 %
R_work	0.2631	8615	-
all	0.264	-	-
obs	-	9098	93.862 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 117.165 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.966 Å²	0 Å²	2.857 Å²
2-	-	-2.26 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.036 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→40.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2697	0	10	3	2710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.018	0.016	2626
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0	0.1	43032
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.802	1.639	3694
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.633	1.563	6131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.505	5	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.48	10	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.973	10	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.479	10	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3031
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	481
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	545
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.218	0.2	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.029	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.16	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.257	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	12.983	8.743	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	12.98	8.743	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	18.559	13.111	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	18.553	13.113	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.966	9.401	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	12.931	9.408	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	19.041	13.837	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	19.069	13.854	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	28.921	323.764	43078
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	28.921	323.759	43079

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.767	0.347	33	0.279	652	X-RAY DIFFRACTION	95.9384
2.767-2.842	0.371	31	0.314	639	X-RAY DIFFRACTION	96.6811
2.842-2.924	0.351	35	0.331	605	X-RAY DIFFRACTION	96.3855
2.924-3.014	0.364	29	0.374	579	X-RAY DIFFRACTION	95.899
3.014-3.112	0.455	33	0.348	574	X-RAY DIFFRACTION	95.4403
3.112-3.221	0.36	36	0.342	547	X-RAY DIFFRACTION	93.28
3.221-3.341	0.407	28	0.334	524	X-RAY DIFFRACTION	94.198
3.341-3.477	0.396	28	0.328	516	X-RAY DIFFRACTION	95.6063
3.477-3.63	0.411	21	0.374	497	X-RAY DIFFRACTION	95.9259
3.63-3.806	0.398	24	0.297	470	X-RAY DIFFRACTION	94.4551
3.806-4.01	0.282	30	0.29	432	X-RAY DIFFRACTION	94.6721
4.01-4.251	0.252	28	0.24	424	X-RAY DIFFRACTION	94.3633
4.251-4.541	0.26	30	0.251	385	X-RAY DIFFRACTION	93.4685
4.541-4.899	0.285	22	0.23	354	X-RAY DIFFRACTION	91.0412
4.899-5.359	0.222	16	0.255	342	X-RAY DIFFRACTION	91.0941
5.359-5.979	0.322	21	0.24	292	X-RAY DIFFRACTION	90.4624
5.979-6.88	0.312	13	0.235	266	X-RAY DIFFRACTION	87.1875
6.88-8.367	0.123	12	0.21	231	X-RAY DIFFRACTION	90.6716
8.367-11.593	0.392	3	0.16	189	X-RAY DIFFRACTION	87.6712
11.593-40.95	0.178	10	0.271	97	X-RAY DIFFRACTION	78.6765

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6832	0.283	0.2801	0.1492	-0.5912	2.8407	0.0588	0.2067	0.3908	-0.0751	-0.1181	0.0286	0.3798	0.579	0.0593	0.0821	0.0466	-0.0361	0.173	0.0007	0.3783	20.0434	-1.0183	15.0201
2	3.8108	0.0227	1.4403	0.2823	-0.7562	2.8079	-0.2334	-0.1775	0.398	-0.0724	0.4225	0.0306	0.1858	-1.3317	-0.1891	0.0592	-0.1319	-0.1223	0.771	0.0947	0.3597	-6.6171	-0.6415	17.7878

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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